La nouvelle ordonnance sur la protection de l'air (OPair) est entrée en vigueur suite à l'approbation du Conseil fédéral. L'ordonnance a subi quelques modifications pour tenir compte de l'état actuel de la technique et pour améliorer la qualité de l'air. Des valeurs limites pour les poussières fines ont été notamment définies pour les petites installations de chauffage de bois. Dorénavant, ces installations subiront des contrôles périodiques. Ceux pour les chauffages au gaz seront espacés en raison des progrès techniques. L'ordonnance révisée intègre également des nouvelles prescriptions européennes pour les nouveaux appareils et machines à moteur à combustion, et étend les contrôles antipollution pour les machines de chantier à tous les types de machines. Des dispositions relatives aux installations industrielles et artisanales, et aux combustibles liquides sont modifiées. La Suisse s'aligne sur les recommandations de l'organisation de la santé (OMS) en introduisant une valeur limite d'immission pour les poussières fines d'un diamètre inférieur à 2.5 micromètres. Les normes sur la mise dans le commerce d'installations de chauffage sont reprises dans l'ordonnance sur les exigences relatives à l'efficacité énergétique (OEEE).
Lors de la procédure de consultation, le projet de révision avait rencontré globalement un large soutien. Seuls les cantons du Jura et de Lucerne rejetaient en grande partie le projet. Le canton alémanique jugeait les restrictions prévues pour les chauffages au bois contre-productives pour la politique énergétique et climatique. Le Jura s'inquiétait des conséquences pour la population et les exploitants des installations. Les autres cantons croyaient en l'amélioration de la qualité de l'air. Du côté des partis politiques, les Verts et le PS avaient salué le projet. Le PDC considérait que les modifications apportées allaient trop loin dans le domaine des installations de combustion alimentées au bois. La plupart des associations économiques ou professionnelles étaient favorables au projet tout en proposant d'autres modifications. Les organisations environnementales et de la santé considéraient le projet prometteur mais incomplet vis-à-vis des derniers développements techniques. Finalement, les entreprises ont en grande partie salué le projet, avec quelques réserves.

Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Ende Januar schickte der Bundesrat eine Vorlage zur Koexistenzregelung zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen in die Vernehmlassung. Durch Ergänzungen und Änderungen im Gentechnikgesetz und den dazu gehörenden Verordnungen sollten die legalen Grundlagen gelegt werden für den Anbau von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) nach Ende des bis 2017 geltenden Moratoriums. Konkret schlug der Bundesrat Sicherheitsabstände zwischen Feldern mit genetisch verändertem Saatgut und konventioneller Landwirtschaft vor: Für Kulturen wie Kartoffeln, Soja oder Weizen sollte dieser Abstand 12 Meter, für Mais gar 100 Meter betragen, da dessen Pollen weiter fliegen würden. Auch die Trennung der Warenflüsse sollte über die gesamte Produktionskette hinweg gewährleistet werden, damit man den Konsumentinnen und Konsumenten Wahlfreiheit garantieren könne. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) würde ausserdem ein zentralisiertes Anbauverzeichnis führen, welches von Direktbetroffenen wie etwa benachbarten Landwirten eingesehen werden könnte. Schliesslich sollte auch die Einrichtung gentechfreier Zonen ermöglicht werden, falls dies die Bauern einer Region so wünschten oder wenn es vom betroffenen Kanton aufgrund von Gebieten mit hohem Naturwert als erstrebenswert erscheinen würde. Die öffentlichen Reaktionen fielen gemischt aus: Der Bauernverband (SBV) kritisierte die vorgeschlagenen Sicherheitsabstände als zu klein, Greenpeace und die Grünen bekräftigten zudem, dass sie die Aufrechterhaltung des Verbots auch nach Ablauf des Moratoriums begrüssen würden. Von Seiten der Economiesuisse wurde der Entwurf hingegen begrüsst: Wenn man den Anbau von GVO weiterhin verhindere, werde damit der Forschungs- und Wirtschaftsstandort Schweiz geschwächt. Franz Bigler, Leiter der Gruppe „Biosicherheit“ bei Agroscope Reckenholz-Tänikon, kritisierte die geplanten Abstände zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen als zu gross: Es handle sich dabei um Verdopplungen der Werte, welche von der Forschung empfohlen würden. Während der Herbstsession teilte Bundesrätin Doris Leuthard dem Ständerat im Rahmen einer Diskussion über eine schliesslich verworfene Motion Ritter (cvp, SG) mit, dass die Vernehmlassung „massiv negative Reaktionen“ ausgelöst habe (Mo. Ritter, 12.3028). Zwei Drittel aller Vernehmlasser hätten das vorgeschlagene Modell verworfen, man suche nun nach einer anderen Lösung.

Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

La majorité des organismes consultés a salué la création d’un fonds d’infrastructure pour financer les mesures de désengorgement du trafic public et privé. La réalisation d’un fonds d’urgence a, par contre, été contestée. Les partis de droite, l’Alliance des transporteurs, economiesuisse, l’USAM et la branche de la construction l’ont jugée inutile et anticonstitutionnelle. Ils ont estimé qu’un seul fonds, complété par une disposition pour les réalisations prioritaires, était suffisant. L’UDC, le TCS, la Fédération routière suisse, l’USAM et Construction-Suisse ont critiqué la liste des projets urgents du Conseil fédéral dans laquelle figure notamment le CEVA genevois, la gare souterraine de Zurich ou la ligne Mendrision-Varese. Se basant sur une expertise commandée par le TCS, cette répartition est à leurs yeux une entorse à la Constitution, car les recettes des impôts routiers doivent être destinées au réseau routier. L’avis de droit sur la question de l’utilisation des recettes routières à affectation obligatoire (impôt sur les huiles minérales, vignette autoroutière) a été demandé au professeur Grisel. Selon, M. Grisel, le cofinancement des infrastructures ferroviaires (RER) dans le trafic d’agglomération par le biais des recettes routières à affectation obligatoire n’est pas conforme à la Constitution. Les organisations environnementales, le PS et les Verts se sont positionnés, à l’inverse, en faveur d’un fonds d’urgence pour les projets d’agglomérations non contestés. Ils craignent qu’un fonds unique, centré sur la construction routière n’engloutisse tous les moyens mis à disposition. Les Verts, l’ATE, Greenpeace, le WWF, Pro Natura et l’Initiative des Alpes ont exigé qu’au moins un tiers du fonds soit réservé au trafic d’agglomération, les autres projets devant être liés aux transports publics routiers et ferroviaires. Une autre requête demande que la mobilité douce soit davantage prise en compte dans le projet du Conseil fédéral. Afin de répondre à l’expertise du TCS, l’Office fédéral de la justice (OFJ), sur demande du DETEC, a effectué une contre-expertise. Il est arrivé à la conclusion que le nouvel article, tel qu’il a été adapté après l’approbation de la nouvelle péréquation financière, permet d’utiliser le fonds routier pour financer la construction d’infrastructures ferroviaires (RER). Le libellé autorise l’utilisation du fonds routier pour financer des travaux ferroviaires s’ils contribuent à désengorger les routes dans les agglomérations. Dans le cadre de la nouvelle péréquation, le législateur a précisé que le produit des impôts routiers est affecté « au financement des tâches et dépenses, liées à la circulation routière: (…) mesures destinées à améliorer les infrastructures de transport dans les villes et les agglomérations (…) ».

La consultation sur l’introduction de la taxe sur le CO2 a confirmé sans surprise les positions de ses partisans et de ses opposants. L’économie et le commerce (economiesuisse), la branche du tourisme, le secteur de l’énergie (Union pétrolière suisse), le PRD et toutes les associations liées aux transports routiers (Fédération routière suisse, TCS) ont refusé la taxe et ont plaidé pour le « centime climatique » (variante 4).Le PDC s’est prononcé en faveur de la variante mixte, en soutenant la taxe sur les combustibles et le centime climatique (variante 3). Les démocrates chrétiens se sont opposés à la taxe sur les carburants, car elle toucherait les régions périphériques. L’UDC a rejeté les quatre variantes en bloc car elles prétériteraient « gravement » l’économie et l’industrie. Le PS et les Verts, l’Alliance pour une politique climatique responsable, la Société des industries chimiques, les distributeurs Migros et Coop, l’Union syndicale suisse et les associations écologistes (WWF, Greenpeace, Association Transports et Environnement), de consommateurs et d’entraide se sont, en revanche, prononcés en faveur de la taxe sur le CO2 pour les combustibles et pour les carburants. Les positions variaient quant au montant à prélever (variante 1 ou 2). Pour plus de précisions au sujet des quatre variantes voir ici.

Le Conseil fédéral a procédé à la consultation des milieux intéressés concernant son intention d'élargir la liste des organisations de protection de l'environnement auxquelles est reconnue la qualité de recourir en matière de préservation de la nature. La volonté des autorités fédérales d'étendre ce droit à neuf nouvelles organisations, dont Greenpeace Suisse et l'association «Médecins en faveur de l'environnement», a néanmoins rencontré l'opposition des milieux économiques - Vorort en tête - qui ont redouté que cette disposition se traduise par une recrudescence des oppositions à l'encontre de projets de construction.