Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

Malgré ses divisions internes, l'Union suisse des paysans (USP), a apporté son soutien à l'initiative populaire "pour des aliments produits sans manipulations génétiques", dite "Initiative stop OGM". Ce texte, lancé en début d’année, prévoit principalement que l’agriculture suisse « n’utilise pas d’organismes génétiquement modifiés durant les cinq ans qui suivent l’adoption de la présente disposition constitutionnelle ». Il prévoit également un certain nombre d’interdictions d’importations et de mises en circulation (plantes, semences, animaux). Lors du lancement de la campagne de récolte de signatures, c’est une coalition formée de paysans, d’écologistes, d’organisation diverses (aide au tiers-monde…) et de défenseurs des consommateurs qui a réaffirmé sa méfiance à l’égard des OGM. La Fédération romande des consommateurs avait renoncé à soutenir le texte. Elle estimait qu’une parfaite transparence en matière de production et de commercialisation était souhaitable. A l’inverse, les agriculteurs favorables à l’initiative, comme le conseiller national Josef Kunz (udc, LU), y voyaient un avantage concurrentiel pour leurs produits. Le parti radical est l’un des rares partis à ne pas compter de représentants soutenant le texte. Des organisations, dont Greenpeace, ont jugé l’initiative trop modérée et n’ont pas apporté leur soutien. L’initiative populaire fédérale « pour des aliments produits sans manipulations génétiques » a officiellement abouti à la mi-octobre.

L’OFEFP a finalement autorisé l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich à effectuer sa dissémination expérimentale de blé transgénique sur un site d’essai se trouvant à Lindau (ZH). L’OFEFP avait été désavoué par son conseiller fédéral de tutelle, Moritz Leuenberger, dont le département avait admis un recours de l’EPFZ. Le conseiller fédéral avait expliqué, dans le courant du mois de septembre, que la décision d’interdiction prononcée par l’office n’avait pas respecté le droit en vigueur. Il avait également reproché à son administration de s’être détachée de la décision de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB). Des critères précis ont été édictés pour assurer une sécurisation maximale du site et éviter toute dissémination des pollens dans la nature. De plus, un suivi régulier des recherches, sous la surveillance des autorités zurichoises, devra être assuré. L’organisation Greenpeace et des habitants de Lindau ont annoncé leur intention de recourir contre cette décision.