Ende Januar schickte der Bundesrat eine Vorlage zur Koexistenzregelung zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen in die Vernehmlassung. Durch Ergänzungen und Änderungen im Gentechnikgesetz und den dazu gehörenden Verordnungen sollten die legalen Grundlagen gelegt werden für den Anbau von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) nach Ende des bis 2017 geltenden Moratoriums. Konkret schlug der Bundesrat Sicherheitsabstände zwischen Feldern mit genetisch verändertem Saatgut und konventioneller Landwirtschaft vor: Für Kulturen wie Kartoffeln, Soja oder Weizen sollte dieser Abstand 12 Meter, für Mais gar 100 Meter betragen, da dessen Pollen weiter fliegen würden. Auch die Trennung der Warenflüsse sollte über die gesamte Produktionskette hinweg gewährleistet werden, damit man den Konsumentinnen und Konsumenten Wahlfreiheit garantieren könne. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) würde ausserdem ein zentralisiertes Anbauverzeichnis führen, welches von Direktbetroffenen wie etwa benachbarten Landwirten eingesehen werden könnte. Schliesslich sollte auch die Einrichtung gentechfreier Zonen ermöglicht werden, falls dies die Bauern einer Region so wünschten oder wenn es vom betroffenen Kanton aufgrund von Gebieten mit hohem Naturwert als erstrebenswert erscheinen würde. Die öffentlichen Reaktionen fielen gemischt aus: Der Bauernverband (SBV) kritisierte die vorgeschlagenen Sicherheitsabstände als zu klein, Greenpeace und die Grünen bekräftigten zudem, dass sie die Aufrechterhaltung des Verbots auch nach Ablauf des Moratoriums begrüssen würden. Von Seiten der Economiesuisse wurde der Entwurf hingegen begrüsst: Wenn man den Anbau von GVO weiterhin verhindere, werde damit der Forschungs- und Wirtschaftsstandort Schweiz geschwächt. Franz Bigler, Leiter der Gruppe „Biosicherheit“ bei Agroscope Reckenholz-Tänikon, kritisierte die geplanten Abstände zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen als zu gross: Es handle sich dabei um Verdopplungen der Werte, welche von der Forschung empfohlen würden. Während der Herbstsession teilte Bundesrätin Doris Leuthard dem Ständerat im Rahmen einer Diskussion über eine schliesslich verworfene Motion Ritter (cvp, SG) mit, dass die Vernehmlassung „massiv negative Reaktionen“ ausgelöst habe (Mo. Ritter, 12.3028). Zwei Drittel aller Vernehmlasser hätten das vorgeschlagene Modell verworfen, man suche nun nach einer anderen Lösung.

Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

Malgré ses divisions internes, l'Union suisse des paysans (USP), a apporté son soutien à l'initiative populaire "pour des aliments produits sans manipulations génétiques", dite "Initiative stop OGM". Ce texte, lancé en début d’année, prévoit principalement que l’agriculture suisse « n’utilise pas d’organismes génétiquement modifiés durant les cinq ans qui suivent l’adoption de la présente disposition constitutionnelle ». Il prévoit également un certain nombre d’interdictions d’importations et de mises en circulation (plantes, semences, animaux). Lors du lancement de la campagne de récolte de signatures, c’est une coalition formée de paysans, d’écologistes, d’organisation diverses (aide au tiers-monde…) et de défenseurs des consommateurs qui a réaffirmé sa méfiance à l’égard des OGM. La Fédération romande des consommateurs avait renoncé à soutenir le texte. Elle estimait qu’une parfaite transparence en matière de production et de commercialisation était souhaitable. A l’inverse, les agriculteurs favorables à l’initiative, comme le conseiller national Josef Kunz (udc, LU), y voyaient un avantage concurrentiel pour leurs produits. Le parti radical est l’un des rares partis à ne pas compter de représentants soutenant le texte. Des organisations, dont Greenpeace, ont jugé l’initiative trop modérée et n’ont pas apporté leur soutien. L’initiative populaire fédérale « pour des aliments produits sans manipulations génétiques » a officiellement abouti à la mi-octobre.

L’OFEFP a finalement autorisé l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich à effectuer sa dissémination expérimentale de blé transgénique sur un site d’essai se trouvant à Lindau (ZH). L’OFEFP avait été désavoué par son conseiller fédéral de tutelle, Moritz Leuenberger, dont le département avait admis un recours de l’EPFZ. Le conseiller fédéral avait expliqué, dans le courant du mois de septembre, que la décision d’interdiction prononcée par l’office n’avait pas respecté le droit en vigueur. Il avait également reproché à son administration de s’être détachée de la décision de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB). Des critères précis ont été édictés pour assurer une sécurisation maximale du site et éviter toute dissémination des pollens dans la nature. De plus, un suivi régulier des recherches, sous la surveillance des autorités zurichoises, devra être assuré. L’organisation Greenpeace et des habitants de Lindau ont annoncé leur intention de recourir contre cette décision.

Alors que le débat sur les organismes génétiquement modifiés était à peine entré dans sa phase parlementaire, l’Office fédéral de la santé publique a donné un avis positif envers le type de maïs Mon810 modifié en laboratoire et résistant à la larve de la pyrale. Cette décision, prise de concert avec l’Office vétérinaire fédéral, l’Office fédéral de l’environnement, des forêts et des paysages et l’Office fédéral de l’agriculture, pourrait à terme aboutir à l’importation et à la culture de cette céréale qui, selon les différents Offices, ne présentent pas de danger pour l’homme et les animaux. L’Union suisse des paysans s’est déclarée surprise par cette décision, qualifiée de «provocation» par l’Association suisse pour la défense des moyens et petits paysans et de «cynisme» de la part de Greenpeace.

Toujours concernant les OGM, le gouvernement a fixé à 0,5 % le seuil de tolérance d’impuretés génétiquement modifiées présentes dans les semences conventionnelles. Dans une ordonnance entrée en vigueur en milieu d’année, le Conseil fédéral a posé une limite relativement sévère que les importateurs étrangers seront contraints de respecter. Deux-tiers des semences utilisées en Suisse sont issues de l’importation. L’association Greenpeace s’est élevée contre cette mesure jugée par elle encore trop laxiste, arguant que le tolérance zéro, si elle ne peut être absolument atteinte dans les faits, doit au minimum constituer un principe essentiel au niveau politique. Selon Greenpeace, un 0,5% de semences modifiées fertiliserait déjà plus de 30 millions de plants de maïs transgéniques.

Un important débat a vu le jour, principalement en Suisse alémanique, autour des expériences pratiquées à la Station fédérale de recherches agronomiques de Changins (VD) sur la modification de facteurs héréditaires de certains types de pommes de terre (bintje). La recherche incriminée consiste à modifier génétiquement des patates afin de les rendre résistantes à certaines maladies. La polémique, engagée par certaines organisations écologiques, a éclaté lorsque des tests en plein air ont été envisagés, au vu des bons résultats obtenus "in vitro". Les opposants ont prétendu qu'il pouvait exister des risques de dissémination du gène dans la nature, que cela pourrait créer un précédent fâcheux et ont dénoncé l'absence de dispositions juridiques en la matière. Les chercheurs de Changins ont contesté cette argumentation et ont affirmé qu'il n'y avait aucun risque de transmission de gène. La polémique a connu son intensité maximum lorsque des membres de l'organisation Greenpeace occupèrent la serre de Changins dans le but d'empêcher l'expérience et furent délogés ensuite par la gendarmerie.

Le Conseil Fédéral autorisa finalement l'expérience "in vivo" en se basant sur les recommandations de deux commissions consultatives qui l'assurèrent que les risques étaient inexistants. Les organisations de protection de l'environnement protestèrent vivement contre cette décision prise, selon eux, en l'absence de base légale. En automne, la récolte des pommes de terre contestées a permis de constater que la modification génétique avait protégé les tubercules du virus qui les menaçait, malgré certaines transformations de leur forme. Les scientifiques espèrent que ce type de manipulations pourra être étendu à diverses sortes de cultures (vigne, betteraves, fruits, etc.), ce qui permettrait d'abandonner les traitements par produits chimiques. Les organisations de protection de l'environnement ont malgré tout protesté à nouveau, arguant que les conséquences, à terme, de ces expériences étaient inconnues et trop dangereuses (apparition de nouveaux virus, épidémies, dissémination de gènes modifiés).