Le camp des opposants était quant à lui constitué d’un comité de gauche (PS, Verts, PdT) et d’un comité du centre (PDC, PCS, PEV, Verts libéraux), ainsi que des organisations de protection de l’environnement (ATE, Greenpeace, WWF, Pro Natura, Initiative des Alpes, etc.), de Travailsuisse et de l’USS. Il a fait valoir que le droit de recours des associations permettait de faire respecter le droit de l’environnement. Il a également souligné que le droit de recours exercé contre une décision d’un organe de l’Etat était une composante essentielle de l’Etat de droit, puisqu’il garantit que personne, pas même les titulaires du pouvoir politique, n’est au-dessus de la loi. Les organisations écologistes ont par ailleurs balayé le reproche des initiants selon lequel les recours ne visaient qu’à faire obstacle aux projets afin de négocier des concessions ou, pire, des dédommagements financiers. Elles ont en effet publié une synthèse chiffrée de leurs activités judiciaires au cours de l’année 2007 dont il ressort que les associations ont obtenu partiellement ou totalement gain de cause dans plus de 70% des cas où elles ont déposé un recours et n’ont perdu que dans 16% des cas. Les opposants en ont tiré l’argument de la légitimité du droit de recours et de son usage raisonnable par les associations, rejetant l’accusation d’obstruction sur les particuliers.

Pour la troisième fois en trois ans, une attaque contre le droit de recours des associations environnementales a échoué. Par une courte majorité – 64 non contre 61 oui –, le Conseil national a repoussé la demande d’enlever le droit de recours aux associations et communes quand elles entreprennent des actions illégales. La motion de Speck (udc, AG), dans sa formulation large, avait en particulier Greepeace dans le collimateur. Pour le député, le droit de recours de cette organisation devait être retiré, car le fait qu'elle appelait ses membres à commettre des actes illégaux en son nom ne la rendait pas légitime vis-à-vis des autres associations environnementales. La majorité n'a pas suivi l'argumentaire de la motion et a préféré se rallier au développement du Conseil fédéral, qui estimait que cette problématique, valable aussi pour les communes, était avant tout du ressort du droit pénal et non du droit de recours.

Le Conseil fédéral a procédé à la consultation des milieux intéressés concernant son intention d'élargir la liste des organisations de protection de l'environnement auxquelles est reconnue la qualité de recourir en matière de préservation de la nature. La volonté des autorités fédérales d'étendre ce droit à neuf nouvelles organisations, dont Greenpeace Suisse et l'association «Médecins en faveur de l'environnement», a néanmoins rencontré l'opposition des milieux économiques - Vorort en tête - qui ont redouté que cette disposition se traduise par une recrudescence des oppositions à l'encontre de projets de construction.