Le Conseil des Etats a modifié une motion de la commission de l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie du Conseil national (CEATE-CN) concernant les mesures visant à réguler la population des oiseaux piscivores et à indemniser les dégâts causés à la pêche professionnelle. Elle charge désormais l’office fédéral compétent de réviser les ordonnances correspondantes afin de prévenir les dommages causés à la pêche professionnelle mais sans élaborer de mesures d’indemnisation. La chambre basse a adhéré à la proposition de la chambre haute. Parallèlement, l’Association suisse pour la protection des oiseaux et Helvetia Nostra ont fait recours contre l’ordonnance de l’Office fédéral de l’environnement qui a autorisé les cantons concernés à intervenir. Ils demandent l’élaboration d’une étude scientifique sur la question. En mai, les pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel ont organisé une manifestation exigeant la régulation de la population de cormoran.

Pour les partisans de l'initiative, cette dernière avait pour but de protéger autant l'animal que l'homme; elle aurait favorisé une médecine responsable du point de vue éthique, sans mettre en danger la santé de l'un ou de l'autre. La recherche n'aurait pas été entravée, au contraire; l'élaboration de méthodes de substitution aurait été stimulée. En outre, des expériences inutiles et déjà interdites dans certains pays auraient pu être supprimées tels que les tests pour détergents, cosmétiques ou tabacs. Le droit de recours et de plainte octroyé aux organisations de protection des animaux aurait permis que règne une plus grande transparence et une meilleure information des citoyens. Pour sa part, l'État aurait été obligé de mettre en place des conditions cadres en faveur d'une politique progressiste de protection des animaux.

Pour les opposants, l'initiative soumise au vote était superflue dans la mesure où la loi sur la protection des animaux constitue un excellent garde-fou, très en avance au niveau international. Ses prescriptions seraient telles que les expériences inutiles seraient tout à fait marginales, que le nombre d'animaux utilisés diminuerait d'année en année de façon significative et que la mise au point de méthodes de substitution progresserait notablement. De plus, l'affirmation selon laquelle la recherche médicale pourrait se passer de l'expérimentation animale a été considérée comme erronée, de nombreuses thérapies ne pouvant être développées dans ces conditions. Par ailleurs, l'initiative a été vue comme un danger pour la recherche fondamentale, car ses prescriptions n'auraient pas tenu compte des conditions de la démarche scientifique; il aurait été impossible de démontrer a priori l'importance primordiale d'une expérience. Enfin, l'accent a été mis sur la menace qui aurait pesé sur l'industrie chimique et pharmaceutique; obstacles et retards auraient conduit à une perte de qualité, de compétitivité et à des délocalisations synonymes de suppressions d'emplois.