Prenant acte de l’ampleur du rejet par les chambres, le président d’Helvetia Nostra, Franz Weber, a annoncé le retrait de l’initiative au profit de l’initiative populaire « De l’espace pour l’homme et la nature (Initiative pour le paysage) ». Outre le fait que les deux textes visent des objectifs similaires, il a motivé la décision du comité d’initiative par l’opportunité de créer une forte coalition d’associations de protection de l’environnement face au contre-projet que le Conseil fédéral opposera à l’initiative pour le paysage.

Les chambres se sont saisies du message du Conseil fédéral concernant l’initiative populaire « contre la création effrénée d’implantations portant atteinte au paysage et à l’environnement ». Suivant le gouvernement, la majorité de la commission du Conseil national a soutenu le projet d’arrêté recommandant au peuple de rejeter l’initiative au motif qu’elle entraînerait des restrictions excessives au point de rendre de fait quasiment impossible toute nouvelle construction ou toute extension d’une installation existante. Elle a en outre critiqué le transfert de compétences en matière d’aménagement du territoire des cantons à la Confédération induit par le texte déposé par la Fondation Helvetia Nostra, ainsi que la négligence complète des intérêts et des besoins cantonaux et communaux. Enfin, elle a souligné combien cette atteinte à la liberté économique serait préjudiciable au développement économique du pays. Une minorité Teuscher (pe, BE) s’est au contraire prononcée en faveur de l’initiative, arguant de la nécessité d’instituer une régulation plus forte afin de préserver le sol et l’environnement des nuisances induites par un développement aujourd’hui largement anarchique. Le plénum a suivi la majorité de sa commission en décidant, par 116 voix contre 33 (et 25 abstentions), de recommander le rejet. Les élus bourgeois ont fait bloc contre l’initiative, tandis que les Verts et un tiers des socialistes l’ont soutenue, les autres s’étant abstenus.
Si elle a reconnu la nécessité d’agir en ce domaine, la commission du Conseil des Etats a néanmoins elle aussi recommandé le rejet du texte. Les sénateurs ont suivi leur commission, par 33 voix contre 2. En votation finale, les chambres ont confirmé leur décision respectivement par 142 voix contre 41 et par 30 voix contre 3.

En début d’année, la chancellerie fédérale a constaté l’aboutissement de l’initiative populaire « contre la création effrénée d’implantations portant atteinte au paysage et à l’environnement » déposée en décembre 2007 par la Fondation Helvetia Nostra. Selon le texte déposé, tout projet de nouvelle implantation portant atteinte au paysage et à l’environnement (complexes industriels, aérodromes, centres commerciaux, parkings, centres sportifs et de loisirs, etc.) devra répondre « à un besoin urgent de la politique nationale de la santé, de la formation, de la protection de la nature et du paysage » et satisfaire aux critères du développement durable. Il appartiendra au législateur fédéral de déterminer les emplacements et la taille des implantations satisfaisant à ces critères dans des plans ayant force obligatoire pour les autorités cantonales et communales, ainsi que pour les particuliers sans possibilité de recours à la justice. À l’automne, le Conseil fédéral a adopté son message et décidé de recommander le rejet de l’initiative sans contre-projet. Admettant que le développement territorial du pays souffrait un certain nombre de carences justement pointées par l’initiative, il l’a cependant jugée extrêmement préjudiciable à l’économie nationale comme locale, puisqu’elle ne prend aucunement en compte les enjeux économiques ni locaux ou régionaux de telles implantations. Il a en outre critiqué son caractère centralisateur, dans la mesure où les cantons se verraient délester d’une portion considérable de leurs compétences en matière d’aménagement du territoire au profit du législateur fédéral. Enfin, il a relevé la disproportion des moyens prévus par rapport aux objectifs visés. Le collège gouvernemental a en effet jugé excessive la restriction de la liberté économique et du droit de recours contre les décisions des autorités voulue par les initiants. Il a estimé que la révision à venir de la loi sur l’aménagement du territoire devrait permettre de contenir la dispersion des constructions et de mieux concilier les exigences posées au territoire.

En fin d’année, la Fondation Helvetia Nostra a déposé les initiatives populaires «Contre la création effrénée d’implantations portant atteinte au paysage et à l’environnement» et «Pour en finir avec les constructions envahissantes de résidences secondaires» auprès de la Chancellerie fédérale.