Anders als im Vorjahr Basel-Stadt, erreichte die Stadt Zürich im Kampf gegen die als unlauter eingestuften Werbemethoden von «Scientology» vor Bundesgericht nur einen Teilerfolg. Im Gegensatz zum Basler Fall, wo sich die Scientologen auf die Religionsfreiheit berufen hatten, machten sie nun die Gewerbefreiheit geltend, um weiterhin in der Öffentlichkeit Propagandamaterial für ihre Kurse verteilen zu dürfen. Die Lausanner Richter befanden, Zürich könne die Verteilung von Werbeprospekten zwar gewissen Bedingungen unterstellen, nicht aber generell verbieten. Im Gegensatz zu Deutschland und Frankreich, wo die Aktivitäten von «Scientology» wegen nachweislicher Unterwanderung von Behörden und Gesellschaft seit mehreren Jahren vom Staatsschutz eng überwacht werden, kam das Bundesamt für Polizei zum zweiten Mal nach 1998 zum Schluss, es dränge sich keine besondere Beobachtung im Hinblick auf die innere Sicherheit des Staates auf.
Überraschend erteilte der Zürcher Bildungsrat der Scientology-Privatschule Ziel (Zentrum für individuelles und effektives Lernen) eine generelle Bewilligung zum Führen einer Schule für Kinder und Jugendliche, obgleich das Bundesgericht 1997 die aus Scientologen zusammengesetzte Trägerschaft als nicht vertrauenswürdig bezeichnet hatte.