Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.

Ein besonderes Problem bildeten die Flüchtlinge vor dem Terror in Algerien. Da die Gewalt nicht primär von der Regierung ausgeht und auch keine bürgerkriegsähnlichen Zustände herrschen, wird auf die Asylgesuche von algerischen Staatsangehörigen nur vereinzelt eingetreten und bleiben die Rückschaffungen möglich. Das führte verschiedentlich zu dramatischen Ereignissen im Ausschaffungsgefängnis Kloten; um sich der Rückschaffung zu entziehen, verletzten sich mehrere Algerier schwer. Diese Vorkommnisse wiesen auch auf eine unklare Kompetenzordnung bei den Ausschaffungen hin. Im Sommer appellierte die Schweizerische Flüchtlingshilfe an den Bundesrat, keine Rückschaffungen nach Algerien mehr vorzunehmen, da dort bestimmte Kategorien der Bevölkerung gezielt einer besonderen Gefährdung ausgesetzt seien, und Menschenrechtsverletzungen verschiedenster Art von allen in den Konflikt involvierten Kreisen - also auch vom Staat - begangen würden. Im Herbst schlossen sich die Landeskirchen diesem Appell an. Der Bundesrat zeigte sich daraufhin bereit, seine Politik gegenüber den Terrorflüchtlingen aus Algerien neu zu überdenken. Insbesondere erklärte er sich bereit, die potentiellen Opfer der islamistischen Bewegung, welche aus der besonders gefährdeten Gegend von Alger stammen, besser zu schützen. Als erster Kanton beschloss Zug, keine Wegweisungen von Algeriern mehr zu vollziehen.