Die konkrete Ausgestaltung des Gesetzes in den Verordnungen führte aber wieder zu einem Umdenken. Besonders ins Gewicht fielen für die Hilfswerke die in der Praxis vorgesehenen Verschärfungen des Asylrechts, welche über die Missbrauchsmassnahmen hinausgehen. Bisher war es so, dass sich die bei der Befragung eines Asylbewerbers anwesenden Vertreter eines Hilfswerks vorher mit dem Dossier des Betroffenen vertraut machen konnten. Neu ist eine vorgängige Akteneinsicht nicht mehr vorgesehen. Die Hilfswerke erachteten damit ihre im Gesetz verankerte Aufgabe, als Beobachter eine faire Befragung zu garantieren, grundsätzlich in Frage gestellt. Zudem lehnten sie auch die vorgesehene „Drittstaatenregelung“ ab, welche ihnen wie eine Vorwegnahme der neuesten SVP-Forderungen erschien. Nach altem Recht wurde ein Aufenthalt in einem „sicheren“ Drittstaat – und dazu zählen alle Nachbarländer der Schweiz – bis zu einer Dauer von 20 Tagen zugelassen, ohne dass ein Asylsuchender deswegen vom Verfahren in der Schweiz ausgeschlossen wurde. Nach neuem Verordnungsrecht muss nun diese Durchreise „ohne Verzug“ stattfinden, was je nach Distanz zu tolerierten Aufenthaltszeiten von weniger als 24 Stunden führen kann; eine Beschwerdemöglichkeit gegen die Wegweisung in den EU-Staat, von dem aus die Einreise erfolgte, wurde ebenfalls nicht mehr erwähnt. Die Vertreter der Hilfswerke kritisierten, selbst die EU habe nicht gewagt, so weit zu gehen; gegen Entscheide aufgrund der Dubliner Konvention (Erstasylabkommen) gebe es nach wie vor eine Rekursmöglichkeit. Die Schweiz dagegen wolle eine derartige Verschärfung ohne jede Diskussion im Parlament auf dem Verordnungsweg einführen.

Aus diesen Gründen beschlossen die Hilfswerke, das neue Asylgesetz ebenfalls aktiv zu bekämpfen. Auch die SP und der Schweizerische Gewerkschaftsbund, welche die Referenden nur sehr zurückhaltend unterstützt hatten, gaben nun klar die Nein-Parole zu beiden Vorlagen aus. Ihnen schlossen sich die beiden grossen Landeskirchen an. Sie vertraten die Ansicht, Gesetz und Verordnungsentwürfe zeugten von einem Geist der Abschreckung, der angesichts der Flüchtlingsnot in Europa der humanitären Schweiz unwürdig sei und tatsächlich Verfolgten den Zugang zum Asylverfahren massiv erschwere. Das Ja-Komitee, dem rund 80 bürgerliche Mitglieder der eidgenössischen Räte angehörten, unterstrich demgegenüber die Verbesserungen bei der Schutzgewährung für Gewaltflüchtlinge sowie die verstärkte Rückkehrhilfe. Angesichts der Tatsache, dass mit der Mutterschaftsversicherung ein weitaus umstritteneres Thema im Vordergrund stand, verlief die Abstimmungskampagne eher ruhig.

Ein besonderes Problem bildeten die Flüchtlinge vor dem Terror in Algerien. Da die Gewalt nicht primär von der Regierung ausgeht und auch keine bürgerkriegsähnlichen Zustände herrschen, wird auf die Asylgesuche von algerischen Staatsangehörigen nur vereinzelt eingetreten und bleiben die Rückschaffungen möglich. Das führte verschiedentlich zu dramatischen Ereignissen im Ausschaffungsgefängnis Kloten; um sich der Rückschaffung zu entziehen, verletzten sich mehrere Algerier schwer. Diese Vorkommnisse wiesen auch auf eine unklare Kompetenzordnung bei den Ausschaffungen hin. Im Sommer appellierte die Schweizerische Flüchtlingshilfe an den Bundesrat, keine Rückschaffungen nach Algerien mehr vorzunehmen, da dort bestimmte Kategorien der Bevölkerung gezielt einer besonderen Gefährdung ausgesetzt seien, und Menschenrechtsverletzungen verschiedenster Art von allen in den Konflikt involvierten Kreisen - also auch vom Staat - begangen würden. Im Herbst schlossen sich die Landeskirchen diesem Appell an. Der Bundesrat zeigte sich daraufhin bereit, seine Politik gegenüber den Terrorflüchtlingen aus Algerien neu zu überdenken. Insbesondere erklärte er sich bereit, die potentiellen Opfer der islamistischen Bewegung, welche aus der besonders gefährdeten Gegend von Alger stammen, besser zu schützen. Als erster Kanton beschloss Zug, keine Wegweisungen von Algeriern mehr zu vollziehen.