Beunruhigende Resultate förderte eine im März 2014 veröffentlichte und vom BAFU in Auftrag gegebene Studie der Eidgenössischen Anstalt für Wasserversorgung, Abwasserreinigung und Gewässerschutz (Eawag) zu Tage: Die Untersuchung von fünf mittelgrossen Fliessgewässern (Salmsacher Aach (TG), Furtbach (ZH), Surb (AG), Limpach (SO) und Mentue (VD)) ergab eine erhebliche Belastung der Mittellandflüsse durch Pestizide, wobei ein Grossteil dieser Belastung durch in der Landwirtschaft eingesetzte Pflanzenschutzmittel verursacht wurde. Von den 104 nachgewiesenen Substanzen überschritten insgesamt 31 die in der Gewässerschutzverordnung (GSchV) festgelegten Grenzwerte. Auch wenn die festgestellten Konzentrationen für den Menschen ungefährlich seien, könnten Auswirkungen auf in den Gewässern heimische Organismen nicht ausgeschlossen werden, so die Eawag. Diese Befunde nahm Pro Natura sogleich zum Anlass, um der Forderung nach einer raschen Ausscheidung der Gewässerräume, wie dies die Gewässerschutzverordnung vorsieht, Nachdruck zu verleihen. Neben Pro Natura meldete sich auch der Fischereiverband mit der Forderung nach strikteren Massnahmen zum Schutz vor schädlichen Pestiziden zu Wort. Überrascht zeigte sich Markus Ritter, der Präsident des Bauernverbandes. Man sei davon ausgegangen, dass bestehende rechtliche Bestimmungen ausreichen würden und man sei auf die Einhaltung der Vorschriften bedacht, würde der Angelegenheit jedoch in Zukunft verstärkte Aufmerksamkeit widmen. Mit einer Interpellation verlangte Nationalrat Jacques Bourgeois (fdp, FR) in der Folge vom Bundesrat weitere Informationen zu Generalisierbarkeit und Interpretation der Studienergebnisse. Ersteres bestätigte der Bundesrat und hielt in diesem Zusammenhang fest, dass in kleineren Gewässern bislang gar höhere Konzentrationswerte gefunden worden waren. Er gab allerdings auch bekannt, dass gemäss den Umweltqualitätsnormen der EU lediglich 19 und nicht - wie gemäss GSchV - 31 Pestizide den Grenzwert überschreiten würden, erachtete den Handlungsbedarf in der Landwirtschaft zur Reduktion der Gewässerbelastung jedoch als gegeben. Er verwies in diesem Zusammenhang auf in Angriff genommene Massnahmen, wie die im Berichtsjahr beschlossene Aufrüstung der Abwasserreinigungsanlagen oder die in Erfüllung eines Postulats zu prüfende Lancierung eines Aktionsplans zur nachhaltigen Verwendung von Pflanzenschutzmitteln. Die Studie der Eawag fiel zusammen mit der umstrittenen Umsetzung der Gewässerschutzverordnung, bei der die Interessen des Natur- und Hochwasserschutzes und diejenigen der Landwirtschaft bereits heftig aufeinanderprallten. Die Tribune de Genève fasste die laufenden Bestrebungen und Erkenntnisse im Gewässerschutz treffend folgendermassen zusammen: "Le sauvetage des rivières suisses ne sera pas un long fleuve tranquille."

Studie zur Belastung der Mittellandflüsse durch Pestizide
Pestizidbelastung in Fliessgewässern