Im Mai 2020 präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zum Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich, mit dem er die rechtliche Grundlage für die Weiterentwicklung der Digitalisierung von Verfahren schaffen wollte. Damit sollen das Ziel der ESTV, zukünftig alle Daten elektronisch zu erhalten und zu verschicken, sowie die Motion Schmid (fdp, GR; Mo. 17.3371) erfüllt werden. Die Vorlage sah daher vor, die vollständig elektronische Einreichung der Steuererklärung zu ermöglichen, die Authentizität und Integrität der übermittelten Daten sicherzustellen sowie eine elektronische Bestätigung der Daten anstelle einer Unterzeichnung zu realisieren. Geplant war diese Änderung für Einkommens-, Vermögens-, Gewinn- und Kapitalsteuern, für den Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer von natürlichen Personen mit Wohnsitz in der Schweiz sowie für die Wehrpflichtersatzabgabe – auch weiterhin sollte jedoch eine analoge Eingabe der Steuererklärung möglich bleiben. Bei Steuern, die in der Zuständigkeit des Bundes liegen, sowie beim internationalen Informationsaustausch sollten die Betroffenen hingegen zu einem elektronischen Verfahren verpflichtet werden können. Bereits heute sei eine elektronische Einreichung der Steuererklärung in den meisten Kantonen möglich, dem stehe nur die Unterzeichnungspflicht entgegen, erklärte der Bundesrat. Zukünftig solle dieses Verfahren medienbruchfrei möglich sein.
Darüber hinaus enthielt die Vorlage zwei weitere Änderungen, die zwar gemäss Bundesrat nicht direkt mit dem eigentlichen Anliegen der Vorlage zu tun hatten, aber der Verhältnismässigkeit wegen nicht in einer eigenen Vorlage behandelt würden. So sollten die Versicherungen der ESTV neu die Ausrichtung von Kapitalleistungen und Renten der zweiten Säule melden. Zudem sollten die Durchführungsbestimmungen in Art. 72 STHG, welche die Frist zur Anpassung des kantonalen Rechts an das STHG beinhalteten, vereinheitlicht und vereinfacht werden. Dabei sollte auch die Bestimmung zur Verwendung einheitlicher Formulare für die Steuererklärungen aufgehoben werden, da sie aufgrund von Eigenheiten der Kantone nie vollständig umgesetzt werden konnte.

Von Juni bis Oktober 2019 hatte die Vernehmlassung zum neuen Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich stattgefunden. 25 Kantone (ausser NE), 7 Parteien (BDP, CVP, FDP, GLP, SVP, SP, Piratenpartei) und 17 Verbände und Organisationen, darunter der SSV, Economiesuisse, SGV, SGB, FDK oder TreuhandSuisse, hatten sich daran beteiligt. Sie alle stimmten der Vorlage grundsätzlich zu, stellten aber teilweise noch weitergehende Forderungen. Die Kantone, die FDK und die SSK forderten, die Bestimmung über einheitliche Formulare, wie vom Bundesrat vorgeschlagen, aufzuheben, während Economiesuisse, BDO, EXPERTsuisse und swissICT diese Pflicht beibehalten wollten. Drei Parteien (CVP, FDP, SVP) und sechs Organisationen (economiesuisse, EITSwiss, SGV, SSV, Städtische Steuerkonferenz, TreuhandSwiss) wollten dem Bundesrat nicht die Möglichkeit geben, den Steuerzahlenden bei Steuern in seiner Zuständigkeit elektronische Verfahren vorzuschreiben. In der Folge nahm der Bundesrat eine Änderung vor: So vereinheitlichte er die Übernahmefrist für Änderungen im STHG. Hingegen beliess er es bei der geplanten Streichung der Bestimmung über die einheitlichen Formulare.

Im Januar 2019 debattierte die FK-SR über die Standesinitiative des Kantons Luzern zu den Fehlanreizen in der NFA. Die Kommission bezweifelte, dass es sinnvoll sei, den mit der FiLaG-Revision geschmiedeten Kompromiss wegen dieser Forderung nochmals aufzuschnüren. Der Kanton Luzern verfüge zudem über die Möglichkeit von Steuererhöhungen; der Standesinitiative solle daher keine Folge gegeben werden, erklärte die Kommission.
In der Sondersession im Mai 2019 beriet der Nationalrat den Luzerner Vorschlag zusammen mit der FiLaG-Revision. Franz Grüter (svp, LU) hatte zuvor einen Minderheitsantrag auf Folge geben eingereicht und legte die Luzerner Sicht dar: Von der Beseitigung der Fehlanreize in der NFA würden Geber- und Nehmerkantone profitieren – die Initiative betreffe also nicht nur den Kanton Luzern –, erklärte er. Der Nationalrat entschied sich jedoch mit 136 zu 52 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen Folge geben. Lediglich eine Mehrheit der SVP-Fraktion sowie einzelne Parlamentarierinnen und Parlamentarier der FDP- und der CVP/EVP-Fraktion befürworteten die Standesinitiative.

Gegen Fehlanreize in der NFA insbesondere durch eine tiefere Gewichtung der Unternehmensgewinne wehrte sich der Kanton Luzern 2017 mit einer Standesinitiative. Der Regierungsrat des Kantons beklagte in der Begründung, dass die Steuerkraft und das Ressourcenpotenzial des Kantons zwar anstiegen, dadurch aber seine NFA-Einnahmen überproportional sinken würden und der Kanton somit netto Finanzmittel verliere.
Im August 2018 beschäftigte sich die FK-SR mit der Standesinitiative und stellte fest, dass sich diesbezüglich in der Zwischenzeit viel getan hatte. In Zukunft sollten die Einnahmen aus Unternehmenssteuern durch die im Rahmen der Steuervorlage 17 geplante Anpassung des Zeta-Faktors für die Berechnung des Ressourcenpotenzials weniger stark gewichtet werden. Um die Entscheidung zur mittlerweile in STAF umbenannten Steuervorlage 17 abzuwarten, verschob die Kommission ihre Entscheidung zur Standesinitiative auf einen späteren Zeitpunkt. Im Oktober 2018 beantragte sie dem Ständerat schliesslich, in Anbetracht der Integration der Problematik in das STAF und in die Teilrevision des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich der Standesinitiative keine Folge zu geben. In der Wintersession 2018 folgte die kleine Kammer diesem Antrag stillschweigend.

Die Kantone rechnen im Jahr 2009 mit einem Defizit von 1,5 Mia Fr. Dies erklärt sich daraus, dass für die Ausgaben steigende Werte und für die Einnahmen sinkende Werte prognostiziert wurden. Sowohl der Aufwand als auch der Ertrag verzeichneten gegenüber der Rechnung 2008 mit -3,9% bzw. -6,2% einen Rückgang. Mit schwarzen Zahlen rechneten für 2009 nur wenige Kantone (BE, LU, OW, SO, AG, TG, VS, VD). Die übrigen budgetierten Defizite, wobei die grössten absoluten Fehlbeträge in den Kantonen Zürich, Schwyz, St. Gallen und Tessin erwartet wurden.

Für das Jahr 2007 budgetierten die Kantone Ausgaben von 71,2 Mia Fr., das sind 1,6% (1,1 Mia) mehr als im Vorjahr. Die veranschlagten Einnahmen wuchsen um 1,95 Mia und waren mit 70,35 Mia Fr. um 2,9% höher als 2006. Mit schwarzen Zahlen rechneten Aargau, Basel-Stadt, Bern, Freiburg, Glarus, Graubünden, Luzern, Nidwalden, Obwalden, Schaffhausen, Solothurn, Uri, Waadt, Wallis und Zug. Defizite sahen die Budgets der Kantone Zürich (287 Mio), Genf (191 Mio), Tessin (170 Mio), Neuenburg (43 Mio), Schwyz (32 Mio), Thurgau (10 Mio), Basel-Land (7 Mio), Jura (6 Mio), St. Gallen (4 Mio), Appenzell Innerrhoden (2 Mio) und Appenzell Ausserrhoden (0,3 Mio) vor.

Für das Jahr 2006 budgetierten die Kantone Ausgaben von 70,1 Mia Fr., das sind 0,9% (0,7 Mia) mehr als im Vorjahr. Die veranschlagten Einnahmen wuchsen um 300 Mio und waren mit 68,4 Mia Fr. um 2,4% höher als 2005. Mit schwarzen Zahlen rechneten Bern, Freiburg, Graubünden, Luzern, Nidwalden, Obwalden, Schaffhausen, Solothurn, Uri, Wallis und Zug. Die grössten Defizite sahen die Budgets der Kantone Genf (293 Mio), Tessin (194 Mio), Zürich (181 Mio), Schwyz (66 Mio), Waadt (54 Mio), Basel-Stadt (50 Mio) und Neuenburg (45 Mio) vor.

Die 26 Kantone erzielten im Berichtsjahr bei konsolidierten Gesamtausgaben von 67,4 Mia Fr. einen Finanzierungsfehlbetrag von 2,7 Mia Fr. Gegenüber den Voranschlägen ergab sich eine Verschlechterung von 583 Mio Fr. Zehn Kantone schlossen mit einem Finanzierungsüberschuss ab; sie konnten einen Teil ihrer Schulden abtragen (Selbstfinanzierungsgrad über 100%). Sechzehn Kantone (AR, BL, GE, GL, GR, JU, LU, NE, SG, SH, SZ, TI, UR, VD, ZH, ZG) wiesen einen Finanzierungsfehlbetrag aus; sie mussten sich zur Finanzierung der Nettoinvestitionen neu verschulden. Für Appenzell Ausserrhoden betrug der Selbstfinanzierungsgrad 96,3%, für Luzern 75,7%, für Graubünden 73,9%, für Basel-Land 58,3%, für St. Gallen 51,9%, für Uri 49,4%, für den Jura 43,2%, für Schaffhausen 43,1%, für Zug 41,7%, für Neuenburg 25,2% und für Glarus 1,5%; für Zürich, Schwyz, Genf, das Tessin und die Waadt waren die Werte negativ.

Für das Jahr 2004 budgetierten die Kantone Ausgaben von 69,7 Mia Fr., das sind 2,2% (1,5 Mia) mehr als im Vorjahr. Die veranschlagten Einnahmen wuchsen um 1,1 Mia und waren mit 67,3 Mia Fr. um 1,7% höher als 2003. Mit schwarzen Zahlen rechneten Bern, Luzern, Wallis und Zug. Die grössten Defizite sahen die Budgets der Kantone Tessin (277 Mio), Zürich (204 Mio), Waadt (172 Mio), Schwyz (130 Mio) und Basel-Stadt (108 Mio) vor.

Fast jeder dritte Kanton budgetierte für das Jahr 2001 einen Einnahmenüberschuss. Basel, Genf, Luzern, Solothurn, Thurgau, Zug und Zürich rechneten mit schwarzen Zahlen. Insgesamt wiesen die Voranschläge bei einem Aufwand von 60,6 Mia Fr. und einem erwarteten Ertrag von 60 Mia einen Aufwandüberschuss von 557,5 Mio Fr. aus. Im Vorjahr waren noch 1,5 Mia Fr. Aufwandüberschuss veranschlagt worden. 18 Kantone legten ein besseres Budget vor als vor Jahresfrist. Schlechter dürfte die Rechnung hingegen in den Kantonen Uri, Schwyz, Glarus, Freiburg, in beiden Appenzell, St. Gallen und Aargau ausfallen. Dort prägten in erster Linie fiskal- und personalpolitische Entscheide die Diskussion. Besonders prekär ist die Situation Uris, wo der Selbstfinanzierungsgrad unter 10% fallen könnte.

Der Nationalrat sprach sich zwar grundsätzlich für eine ökologische Steuerreform aus, lehnte in der Sommersession jedoch diskussionslos eine entsprechende Standesinitiative des Kantons Luzern (Ka.Iv. 97.300) ab. Hingegen überwies er eine Motion seiner Kommission für Wirtschaft und Abgaben (Mo. 97.3547), die in die gleiche Richtung zielt. Darin wurde der Bundesrat beauftragt, die Bundeseinnahmen auf die Förderung einer nachhaltigen Entwicklung auszurichten und dem Parlament bis spätestens 2001 eine Botschaft über die notwendige Anpassung vorzulegen. Mit der Steuerreform soll der Verbrauch nicht erneuerbarer Ressourcen und/oder die Belastung der Umwelt besteuert und der Faktor Arbeit entlastet werden.