Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

L’OFEV a approuvé neuf des onze demandes de parcs d’importance nationale présentées par les cantons depuis décembre 2007. Outre le parc de l’Entlebuch (LU) l’année précédente, l’office a délivré le label « Parc » au parc naturel de Thal (SO) et au parc naturel périurbain de Zurich-Sihlwald (ZH) pour une durée de dix ans. La Suisse compte ainsi désormais quatre parcs d’importance nationale. Sept projets de parcs naturels régionaux ont également été approuvés et recevront des aides financières de la Confédération d’un montant total de 5,6 millions de francs pour la période 2009-2011. À cette fin, l’OFEV a publié, à l’automne, une première série de projets de convention-programme entre l’office et les cantons concernés pour la création et la gestion des parcs du Doubs (JU), de la Gruyère (FR) et du Pays-d’Enhaut (VD), du Jura vaudois et de la biosphère du Val d’Hérens (VS). En échange d’une contribution variable de la Confédération, les autorités cantonales contractantes se sont engagées à préserver et mettre en valeur la qualité de la nature et du paysage, à renforcer les activités économiques selon les standards du développement durable et à dispenser une sensiblisation et une éducation à l’environnement. Les négociations pour les projets de parc du Binntal (VS), de Ela (GR), du Chasseral (BE et NE), du Diemtigtal (BE), du Gantrisch (BE et FR) et du Thunersee-Hohgant (BE) étaient toujours en cours au terme de l’année sous revue. L’OFEV a par ailleurs rejeté les demandes tessinoise et grisonne pour les projets de parcs nationaux « Parco nazionale del Locarnese » et « Biosfera Val Müstair », en raison respectivement des conséquences du désistement de la commune de Cevio (Val Maggia) et d’un dossier lacunaire. Sur invitation de l’office, les autorités cantonales concernées soumettront des dossiers révisés courant 2010.

À l’issue de la procédure ouverte en décembre 2007, lors de l’entrée en vigueur de l’ordonnance sur les parcs, l’OFEV a reçu dix demandes de parcs d’importance nationale de la part des cantons. Parmi celles-ci, neuf portent sur la création d’un parc naturel régional et concernent les régions du Binntal (VS), du Thal (SO), de Ela (GR), du Chasseral (BE et NE), du Diemtigtal (BE), du Gantrisch (BE et FR), du Thunersee-Hohgant (BE), de l’Entlebuch (LU) et du Val Müstair (GR). La dixième demande vise à la création d’un parc naturel périurbain au Sihlwald (ZH). Au terme de son évaluation, l’OFEV a accepté tous les projets puis, dans un deuxième temps, conclu avec les autorités cantonales concernées les conventions-programmes définissant les prestations fournies par les cantons et le financement alloué par la Confédération pour la période 2008-2011. L’OFEV a par ailleurs attribué le label de parc naturel d’importance nationale au parc de l’Entlebuch.

Trois zones humides d’importance internationale ont été ajoutées le 2 février à la liste de la convention Ramsar. Il s’agit de la zone alluviale au pied du glacier du Rhône à Oberwald (VS), de l’intégralité de la marge proglaciaire des glaciers du Tschierva et du Rosegg (GR) et du marécage du Laubersmad-Salwidli (LU).

L’UNESCO a reconnu l’Entlebuch (LU) comme une réserve de biosphère. C’est la première région de Suisse qui accède à cette appellation, réservée aux régions riches en beautés naturelles et visant un développement durable. Trois critères, que l’Entlebuch a satisfait, ont été pris en considération pour l’obtention de cette reconnaissance : une zone centrale de réserve naturelle, une zone tampon de gestion écologique et une zone de développement durable des ressources. Cent vingt et un de ses 395 km2 sont inscrits dans l’IFP. Presque un tiers de la région est un site protégé, qui compte des marais et une région karstique. Sur le reste du territoire, l’agriculture, l’économie et le tourisme se développent dans le respect de l’environnement.