Im Sommer dieses Jahres fand die Flüchtlingsdebatte ihren Einzug auch offiziell in Institutionen, welche sich ausserhalb des tagespolitischen Geschehens bewegen – die Landeskirchen. Diverse Kantone schienen mit ihren bis dahin gängigen Unterbringungsmöglichkeiten wie Zivilschutzanlagen oder Pfadiheimen an ihre Kapazitätsgrenzen gestossen zu sein, weshalb sie sich entschieden, ein Gesuch an "höherer Stelle" einzureichen. Im Kanton Bern beispielsweise wurde nach einer Behördenanfrage eine Anzeige in den Pfarreiblättern geschaltet, in welcher man sich bei den Mitgliedern nach freiem Wohnraum für Flüchtlinge erkundete. Aber auch in den Kantonen Zug, Schwyz oder Luzern hoffte man auf die Hilfe kirchlicher Institutionen. Oft stiess man aber wider Erwarten auf verschlossene Pforten. Die Argumente für die ablehnende Haltung äusserten sich dabei oft in ähnlicher Weise: Es sei nicht genug Platz vorhanden, um zusätzlich Leute unterzubringen und zudem wäre die Nutzbarmachung des vorhandenen Platzes oft mit zusätzlichen Umbaumassnahmen verbunden. Des Weiteren befürchte man teilweise grosse Einschnitte im Alltag der bisherigen Bewohner – Störung der klerikalen Gepflogenheiten oder Einschränkung der Privatsphäre als Beispiele –, zumal man den Asylsuchenden keine besondere Unterhaltung bieten könne und diese folglich mit Nichtstun beschäftigt wären. Diese Haltung rief aber auch Kritiker auf den Plan: Viele Gotteshäuser schienen in der Frage der Nächstenliebe ihre Grenze beim traditionellen Engagement in der Form von Betreuungsprogrammen wie Deutschkursen oder Rechtsberatungen zu ziehen. Die Kritik richtete sich an dieser Stelle aber primär an die Kirchenoberen; die Kirchenbasis setze sich bereits für die Menschen in Not ein. So setzte beispielsweise Matthias Hui (Co-Redaktor der Zeitschrift "Neue Wege") gemeinsam mit anderen Mitgliedern aus seinem Netzwerk "Kirche? NordSüdUntenLinks" eine "Migrationscharta" auf, welche Kirchen konkret aufforderte, schärferen Protest gegen die heutige Migrationspolitik zu äussern und sich mehr in die Debatte einzubringen. Walter Müller, Sprecher der Bischofskonferenz, wollte diesbezüglich keinen Kommentar abgeben, liess es sich aber nicht nehmen zu betonen, dass die Tagespolitik kein Einmischungsfeld der Kirche darstelle.
Der Bischof des Bistums Basel, Felix Gmür, schien diesbezüglich aber eine gänzlich andere Meinung zu vertreten: Über Monate wurde er nicht müde, Kritik an der Asyldebatte in der Schweiz zu üben und die Engstirnigkeit mancher Politiker anzuprangern. Die Grenzen für Asylsuchende zu schliessen sei "völlig daneben" und bringe im Endeffekt niemandem etwas; die westlichen Länder müssten sich ihrer Verantwortung stellen. Auf diese Aussagen Gmürs folgte wiederum Kritik aus den Reihen der politischen Elite – überraschenderweise ausgerechnet von Seiten des CVP-Präsidenten Christophe Darbellay. Seiner Auslegung nach könne die Kirche nicht nur Offenheit predigen, sondern müsse ihren Worten auch Taten folgen lassen. Bischof Gmür liess sich diesbezüglich nicht zweimal bitten: Er setzte ein Zeichen, indem er Anfangs August 2015 ankündigte, dass das Bistum prüfen lassen wolle, ob die Wohneinheiten des Schlosses Steinbrugg in Solothurn für diesen Zweck geeignet seien. Im September konnte er sodann auch, nach einem Behördentreffen zwecks Klärung organisatorischer Fragen, einen positiven Bescheid verkünden; es sollen Wohneinheiten für bis zu zwölf Personen geschaffen werden, welche nach Umbauarbeiten – Rückbau von Büroräumlichkeiten – voraussichtlich ab Ende Oktober 2015 bezugsbereit sein könnten.

Ein an der Universität Luzern erstelltes Rechtsgutachten erachtete die Forderung der Föderation Islamischer Dachorganisationen Schweiz (FIDS) und der Koordination Islamischer Organisationen nach öffentlich-rechtlicher Anerkennung des Islams als Landeskirche als legitim; eine grundsätzliche Verweigerung der Anerkennung bestimmter Religionsgemeinschaften würde gegen das Gleichheitsprinzip verstossen. Hisham Maizar, Präsident der islamischen Dachorganisationen, sähe in der Anerkennung ein positives Zeichen für die Integration der Muslime in der Schweiz. Ferner böte die Anerkennung auch finanzielle Vorteile, da es Landeskirchen erlaubt ist, von ihren Mitgliedern Steuern einzuziehen. Für eine öffentlich-rechtliche Anerkennung muss eine Religionsgemeinschaft gemäss Gutachten vier weitere Kriterien erfüllen: Sie muss dauerhaft angelegt sein, über eine gewisse Mindestzahl an Mitgliedern verfügen, demokratische Strukturen aufweisen und die Prinzipien des schweizerischen Rechtsstaats beachten. Die Autoren der Studie erachten einen Grossteil der Erfordernisse durch die islamischen Gemeinschaften in der Schweiz bereits als erfüllt. Die Kriterien verlangen somit auch das Mitspracherecht für Frauen. Maizar bestätigte, dass bisher nur wenige Frauen in Verbänden und Vereinen aktiv tätig seien, dass man ihnen jedoch offen gegenüber stehe. Der Weg bis zur Anerkennung dürfte jedoch noch lang und steinig werden: Die Gutachter schätzten die aktuellen Chancen der Forderung an der Urne als gering ein. Die islamische Gemeinschaft plant eine schrittweise Anerkennung, die zu Beginn nur im Kanton Basel angestrebt werden soll. Der Stadtkanton übernahm in dieser Angelegenheit bereits 2012 eine Vorreiterrolle, als er mit der aus dem Islam hervorgegangenen alevitischen Religionsgemeinschaft als erster Schweizer Kanton eine nicht-christliche und nicht-jüdische Religionsgemeinschaft privatrechtlich anerkannte. Im Gegensatz dazu beendete der Luzerner Kantonsrat die Bestrebungen zur Schaffung eines Gesetzes über die Anerkennung weiterer Religionsgemeinschaften: Die grossmehrheitliche Unterstützung der Luzerner CVP sowie einer FDP-Minderheit verhalf der geschlossen auftretenden kantonalen SVP-Fraktion zum knappen Sieg.

Äusserungen muslimischer Imame, welche mit der schweizerischen Rechtsordnung nicht vereinbar sind, geben seit Jahren zu Besorgnis Anlass. Immer mehr greift deshalb die Vorstellung um sich, dass die Vorbeter in der Schweiz oder zumindest in Europa ausgebildet werden sollten, um eine Ausbreitung des fundamentalistischen Islam zu verhindern. Die Universitäten von Freiburg, Basel und Luzern erklärten sich bereit, die Frage entsprechender Lehrgänge zu prüfen. In Beantwortung einer Frage im Nationalrat zeigte sich der Bundesrat allerdings skeptisch gegenüber der Idee einer universitären Ausbildung für Imame, da es nicht Aufgabe der Universitäten sei, Leute ohne entsprechenden Vorbildungsausweis auf einen spezifischen Beruf vorzubereiten.

Im Oktober wurden die theologischen Fakultäten von Genf, Lausanne und Neuenburg zur „Fédération des Facultés de théologie romandes“ zusammengelegt. Die theologische Fakultät der Universität Luzern und die theologische Hochschule Chur wählten eine andere Zusammenarbeitsform. Sie teilen sich die Professur für Liturgiewissenschaften, während die vakante Stelle in Pastoraltheologie von Luzern und der Universität Freiburg gemeinsam besetzt wird.

Mit einem einjährigen Pilotprojekt läuteten die beiden Luzerner Gemeinden Kriens und Ebikon im Schuljahr 2002/2003 eine Schweizer Premiere ein, indem sie islamischen Schülerinnen und Schülern in der Unterstufe muslimischen Religionsunterricht anboten. Der Beauftragte für Religion der drei Landeskirchen im Kanton Luzern erklärte, die aus Deutschland stammenden Lehrmittel seien eingehend geprüft worden; es handle sich um modernes Unterrichtsmaterial ohne fundamentalistische Inhalte. Die Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren begrüsste das Projekt, da sie grundsätzlich empfiehlt, dass Kinder fremder Kulturen auch in ihrer Sprache und Kultur unterrichtet werden.