Point central de la session extraordinaire des Chambres sur notre politique énergétique, l'énergie nucléaire a subi en 1986 des attaques de toutes parts. Même si le parlement, comme nous l'avons vu précédemment, a décidé de ne rien précipiter et de ne pas tourner le dos à cette forme d'énergie, l'avenir de celle-ci, au vu non seulement de la méfiance qui a gagné la population, mais également en raison des tentatives législatives qui se sont multipliées en cours d'année, apparaît pour le moins menacé. Plusieurs sondages, effectués à la suite de l'accident de Tchernobyl, ont ainsi démontré que les citoyennes et citoyens helvétiques ne nourrissaient plus, à l'égard de l'atome, qu'une confiance très mesurée, la majorité se prononçant même pour l'abandon de cette technologie: 61.6 pourcent des personnes interrogées se sont prononcées contre l'exploitation de l'énergie nucléaire, 66.7 pourcent contre la construction de la centrale de Kaiseraugst, 40.3 pourcent se sont montrées favorables à l'arrêt immédiat de toutes les centrales nucléaires suisses et 56.7 pourcent à un arrêt progressif.
Au début de l'été, une grande manifestation populaire mise sur pied par une centaine d'organisations et partis divers (antinucléaires, écologistes, pacifistes, syndicalistes, POCH, PSO et autres) a rassemblé entre 20'000 et 30'000 personnes devant la centrale de Gösgen. D'autres manifestations se sont succédées au long de l'année dans les grandes villes de Suisse. Les opposants à l'atome se sont vu offrir un cheval de bataille supplémentaire par l'accident survenu à la mi-septembre à la centrale de Mühleberg. En raison d'un filtre défectueux, des poussières radioactives se sont échappées dans l'atmosphère, provoquant une hausse de la radioactivité dans la région bernoise de 20 pourcent supérieure à la normale. A cette occasion, de nombreuses voix se sont élevées pour mettre en cause la politique d'information des Forces motrices bernoises (FMB), particulièrement lente et imprécise. De fait, malgré qu'ayant été découverte le 16.9.1986 par les responsables de la centrale, la fuite radioactive n'a été communiquée au Conseil-exécutif bernois que le 26.9.1986.
Dans la foulée de ce grand mouvement populaire, deux nouvelles initiatives anti-nucléaires ont été lancées dans le courant de l'année après celles soumises au peuple en 1979 en 1984. La première a été élaborée par le «Nordwestschweizer Aktionskomitee gegen A-Werke» (NWA) qui avait déjà annoncé celle-ci l'année auparavant à la suite de l'octroi par les Chambres de l'autorisation générale à la centrale de Kaiseraugst. Parrainé par une centaine de groupements et soutenu officiellement par l'Alliance des Indépendants, l'Action nationale, les écologistes, le POCH et le Parti du travail, le comité d'initiative est présidé par la libérale genevoise M. Bauer-Lagier et comprend également quelques autres élus bourgeois, tels les radicaux Petitpierre (GE) et Salvioni (TI). L'initiative «Halte à la construction de centrales nucléaires» exige un moratoire de dix ans pour la construction de toute installation destinée à la production d'énergie atomique. Le texte prévoit en outre un effet rétroactif pour tous les projets qui n'auraient pas reçu l'autorisation de construire avant le 30 septembre 1986, empêchant par là la construction de centrales à Kaiseraugst, Graben et Verbois. Les initiants entendent ainsi imposer une période de réflexion longue d'une décennie durant laquelle le problème nucléaire puisse être débattu calmement et en toute connaissance de cause. Deux mois plus tard, le Parti socialiste a à son tour lancé sa propre initiative: «Pour un abandon progressif de l'énergie atomique» réclame un renoncement aussi rapide que possible à l'énergie nucléaire, mais sans fixer de délai. Elle entend également inscrire dans la Constitution l'obligation, pour la Confédération et les cantons, de promouvoir les économies de courant et son utilisation de manière judicieuse. Le projet socialiste est soutenu par une quinzaine de partis et d'associations, dont l'Alliance des Indépendants, le POCH, le WWF et la Société suisse pour la protection du milieu vital. Lui aussi rendrait la construction de nouvelles centrales impossible. Même s'ils n'ont pas agi de concert, les deux camps se sont tout de même exprimé leur soutien l'un à l'autre.
Au niveau parlementaire, le Conseil National a adopté une motion socialiste (Mo. 86.446) exigeant que les centrales de notre pays soient équipées des dispositifs de sécurité les plus modernes et en a rejeté une autre de Beda Humbel (pdc, AG; Mo. 85.428) demandant un traitement préférentiel pour les régions favorables à l'énergie nucléaire. Markus Ruf (an, BE) a déposé une initiative parlementaire prônant l'annulation de l'autorisation générale accordée par les Chambres à la centrale de Kaiseraugst (Iv.pa. 86.231).
Dans ce climat antinucléaire ambiant, les résultats issus de la procédure de consultation des avant-projets des nouvelles lois sur l'énergie nucléaire et sur la radioprotection ont reflété une certaine logique. Des quatre partis gouvernementaux, seule l'UDC a ainsi donné une réponse favorable. Le PDC s'est prononcé pour une actualisation de ce projet de loi à la lumière des causes et des conséquences de Tchernobyl, le PRD a proposé un moratoire sur les travaux préparatdires, alors que le PSS a suggéré lui de remplacer la loi sur l'énergie nucléaire par une loi sur la question de l'élimination des déchets, beaucoup plus impérative selon lui. Dans l'attente de la réaction du Conseil fédéral face à ces prises de position, les Chambres, après avoir procédé à l'élimination de quelques divergences mineures, ont adopté une révision partielle de la loi sur l'énergie atomique actuelle, instaurant le contrôle des exportations de technologie nucléaire afin d'empêcher la prolifération des armes atomiques (MCF 85.037).