Am 17. Mai fand die Volksabstimmung über die mit einem Referendum bekämpfte Einführung der biometrischen Pässe statt. Hauptkritikpunkt der Gegner war die Aufnahme der Daten in eine bereits existierende zentrale Datenbank über die ausgestellten Ausweise. Diese zentralisierte Datenbank ist für die Schengen-Mitgliedstaaten nicht vorgeschrieben und beispielsweise Deutschland verzichtet darauf. Insbesondere die Linke kritisierte diese Erfassung der Passinformationen und der biometrischen Kennzeichen wie Fingerabdrücke in einer zentralen Datenbank als „Zwangsfichierung“. Befürchtungen in Bezug auf ungenügenden Datenschutz bei dieser beim Bundesamt für Polizei angesiedelten Datenbank bewogen auch viele Printmedien (unter anderem Bund, NZZ und SGT), eine Ablehnung des Gesetzes zu empfehlen. Daneben wurde von den Gegnern auch bemängelt, dass der Bundesrat ermächtigt wird, später auch für die Identitätskarte die Aufnahme biometrischer Merkmale vorzuschreiben. Ein dritter Kritikpunkt betraf die Zentralisierung der kantonalen Passausgabestellen. Von Befürworterseite wurde die Sicherheit der neuen Pässe ins Feld geführt und auf die Erschwernisse im Reise- und Geschäftsverkehr hingewiesen, wenn bei der Nichteinführung der neuen Pässe Schweizer wieder ein Visum bräuchten, um in die USA einzureisen. Die SP und die GP hatten die Einführung der biometrischen Pässe im Parlament bekämpft und empfahlen ein Nein. Bei den Gegnern waren, wie schon bei der Unterschriftensammlung für das Referendum, die Jungparteien besonders aktiv. Mit Ausnahme der Jungen CVP beteiligten sich alle Jungparteien an einem gemeinsamen Auftritt gegen den Bundesbeschluss. Der Jungen SVP gelang es sogar, ihre Mutterpartei, die noch im Nationalrat die Vorlage knapp unterstützt hatte, von der Nein-Parole zu überzeugen. Nur gerade zwei SVP-Kantonalparteien wichen davon ab. Die Jungfreisinnigen gaben, im Gegensatz zur Mutterpartei, die Nein-Parole aus.

Mit einer von Parteikollegen, aber auch vielen Vertretern der SVP und der LP sowie einigen Freisinnigen und Christlichdemokraten unterzeichneten parlamentarischen Initiative verlangte Nationalrat Scherrer (fp, BE) die Schaffung von gesetzlichen Grundlagen für die Einrichtung von Schnellgerichten für die rasche Aburteilung von Kleindelinquenten wie Ladendiebe, Schwarzfahrer, Sprayer etc. Er berief sich dabei auf Erfahrungen in den USA (namentlich New York), wo sich solche Einrichtungen als effizientes Mittel zur Bekämpfung derartiger Delikte erwiesen hätten. Auf Antrag seiner Kommission für Rechtsfragen, welche primär damit argumentiert hatte, dass die Prozessordnung vorläufig noch in den Kompetenzbereich der Kantone falle, lehnte der Rat den Vorstoss mit deutlichem Mehr ab.