L'UE ayant accepté en décembre 1996 de reconnaître à la Confédération le droit de substituer à la limite des 28 tonnes des mesures fiscales à même de promouvoir le transfert du trafic routier sur le rail, la Suisse se devait de préciser le montant maximal qu'elle entendait percevoir. Ceci fut fait à la fin janvier lorsque le Conseil fédéral proposa le montant de CHF 600, valable dès 2005 pour un 40 tonnes parcourant l'axe Bâle-Chiasso et comprenant tant la nouvelle taxe poids lourd (CHF 360) que la redevance alpine (CHF 200). Ayant à l'esprit une taxation ne dépassant pas les CHF 340, la Commission européenne, puis les ministres des transports des pays membres rejetèrent très sèchement la proposition helvétique, jugée prohibitive et ne diminuant en rien le trafic de détournement par l'Autriche et la France. A cette critique le conseiller fédéral M. Leuenberger répondit que les montants proposés par la Suisse étaient tout à fait semblables, voire inférieurs à ceux valables actuellement sur les axes du Brenner (A) et du Mont Blanc (F), si l'on prenait en compte notamment les péages autoroutiers des pays européens ainsi que les frais d'exploitation plus élevés sur ces axes.
Sur les deux autres principaux points d'achoppement du dossier – à savoir la possibilité pour un certain nombre de 40 tonnes de traverser la Suisse dès l'entrée en vigueur de l'accord et l'accès illimité aux villes du Plateau – l'Union européenne a également demandé à la Suisse de revoir sa copie. Acceptant certes de fondre ensemble les deux requêtes, l'UE a plus particulièrement demandé qu'un contingent de 100'000 poids lourds - et non uniquement les 30'000 proposés par le gouvernement helvétique et prévus d'ores et déjà par l'accord sur le transit – soit dès 1999 autorisé à circuler librement sur territoire suisse (trafic bilatéral et trafic de transit), ce chiffre devant être porté à 200'000 en 2000 et à 350'000 en 2001.

Signalons qu'en ce qui concerne l'exigence européenne de lever l'interdiction de circuler la nuit, le conseil fédéral a proposé, dans le cadre de la révision de l'ordonnance sur les règles de circulation routière, de raccourcir d'une heure la durée de l'interdiction. Devant l'écho plutôt négatif rencontré lors de la procédure de consultation, le gouvernement a toutefois préféré faire marche arrière. La plupart des milieux consultés, à l'exception du PRD et des milieux économiques, ont en effet relevé qu'il était inopportun de faire cette concession sans contrepartie européenne. La nouvelle ordonnance prévoit quand même d'assouplir les conditions prévalant pour les denrées périssables: celles-ci pourront être transportées nuitamment toute l'année. Notons également que le conseil fédéral a élargi de 10 à 30 kilomètres le rayon des zones autour des gares de transbordement au sein desquelles les 40 tonnes sont autorisés à acheminer leur chargement.

Les partis gouvernementaux ont accueilli de manière globalement positive les propositions du Conseil fédéral, même si les partis bourgeois ont émis quelques réserves sur le mode de financement. Ainsi le parti radical s'est opposé à la hausse du prix de l'essence, du moins tant qu'un fonds d'investissement pour les transports publics ne serait pas créé à l'instar de celui qui existe pour la route. L'UDC et le PDC ont également exprimé le souhait que la solution du financement spécial soit, dans un second temps, abandonnée en faveur d'un fonds pour les transports publics. De plus, conformément à ce qu'ils avaient déclaré lors de la consultation sur la taxe poids lourd liée aux prestations, les partis bourgeois se sont opposés à la version retenue en la matière par le gouvernement. Au sujet des deux variantes à choix, les partis socialiste et radical ont exprimé leur préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Tiraillée entre ses sections bernoise et zurichoise, l'UDC n'a pas voulu s'exprimer à ce sujet, laissant au Conseil fédéral le soin de trancher. Après avoir exprimé sa préférence pour la réalisation en priorité du tunnel du Gothard, le PDC est, quant à lui, revenu sur sa position devant la profonde émotion, voire les menaces de dissidence, exprimées par la section valaisanne.

Les entretiens exploratoires ont commencé par se dérouler à un rythme très lent, la CE tardant à définir un mandat de négociation précis pour sa commission. Sans remettre explicitement en cause l'accord sur le transit, la CE a évoqué l'idée d'un assouplissement de la limite de 28 tonnes pour les poids lourds circulant en Suisse si cette dernière entendait bénéficier de mesures de réciprocité. Un mois après l'entrée en vigueur du traité sur le transit, seul un 40 tonnes communautaire a eu besoin de demander une autorisation d'emprunter le réseau routier helvétique en raison de la saturation du système de ferroutage (nombre maximal possible selon le traité: 50 par jour).

Pour sa part, le Conseil national a transmis un postulat du groupe radical démocratique qui entend ouvrir le débat sur la réforme des CFF. Selon ce texte, la situation économique de la régie nécessite une remise en question de son rôle et de ses structures. Le gouvernement doit ainsi élaborer un rapport sur le sujet ayant pour objectif notamment d'étudier des scénarios tels que la privatisation des CFF, l'abolition du statut de fonctionnaire pour les agents des CFF ainsi que la séparation des activités des CFF en un domaine géré par eux-mêmes et soumis aux lois du marché et en un domaine où ils rempliraient, aux frais des collectivités publiques, des prestations particulières.
Par ailleurs, une expertise menée par le professeur zurichois E. Rühli sur le partage des compétences au niveau de la direction des CFF a conclu qu'une répartition plus stricte devait être effectuée. Ainsi, le domaine politique devrait être de la compétence exclusive des Chambres et du Conseil fédéral, tandis que la direction générale des CFF devrait se consacrer uniquement à la gestion de l'entreprise.

En outre, le Conseil national a transmis un postulat (Po. 91.3112) du groupe radical-démocratique qui demande au gouvernement de faire comprendre à la CE que les travaux pour la construction de la NLFA ne commenceront que lorsque le traité sur le trafic de transit sera mis sur pied.

Les réactions à ce message furent de divers ordres. Si l'UDC, le PDC et le PRD se sont montrés satisfaits, les écologistes ont rejeté catégoriquement toute construction de NLFA, estimant que cela n'est ni nécessaire, ni supportable pour l'environnement et que toute nouvelle offre de transport ne ferait qu'accroître le trafic. Les socialistes ont exigé un prélèvement plus élevé sur le produit des droits d'entrée sur les carburants qui soit octroyé, de surcroît, à fonds perdus. Au contraire, l'ACS (Automobile Club de Suisse) et la FRS (Fédération routière suisse) ont demandé de revoir à la baisse cette forme de contribution.