Anfang Januar wählten die FDP-Delegierten Interimspräsidentin Christiane Langenberger (VD) mit 181 Stimmen zur Präsidentin. Auf die als Favoritin gehandelte Zürcher Nationalrätin Trix Heberlein entfielen 164 Stimmen. Manche Freisinnigen hatten befürchtet, dass Heberlein, die im Herbst gemeinsam mit dem SVP-Vertreter Hans Hofmann (ZH) für den Ständerat kandidieren wollte, sich als FDP-Präsidentin auf nationaler Ebene zu wenig würde von der Hauptkonkurrentin SVP abgrenzen können – die SVP hatte bereits damit gedroht, das Doppel-Ticket Heberlein-Hofmann platzen zu lassen. Langenberger hingegen hatte für eine eigenständige Politik der Mitte plädiert.

Ende Januar gab Franz Steinegger (UR) seinen Rücktritt als FDP-Präsident bekannt. Er hatte das Amt zwölf Jahre inne gehabt. Der als Favorit gehandelte Hans-Rudolf Merz (AR) verzichtete auf eine Kandidatur. Zum Nachfolger designierte die Parteileitung den Schaffhauser Gerold Bührer. Der 53-jährige Finanzchef der Georg Fischer AG wurde 1991 in den Nationalrat gewählt und zählt zum neoliberalen Wirtschaftsflügel und gesellschaftspolitisch zu den Konservativen. Bührer verlangte einen bürgerlichen Dreierbund mit FDP, SVP und CVP und forderte die CVP auf, sich klar rechts zu positionieren. Am 7. April bestätigte die Delegiertenversammlung in Genf Gerold Bührer als Nachfolger von Parteipräsident Franz Steinegger.

Mitte Juni gab der Genfer Nationalrat Tschopp seinen Rücktritt als Vizepräsident der FDP bekannt. Er nannte berufliche Gründe, nutzte die Gelegenheit aber auch zur Kritik an seiner Partei; diese würde die Anliegen der Romandie zu wenig ernst nehmen. Dabei sprach er sich auch für eine Fusion der Westschweizer bürgerlichen Parteien aus, um die Deutschschweizer SVP besser bekämpfen zu können.

In der Finanzpolitik einigten sich die Regierungsparteien nach zähem Ringen auf einen Kompromiss zur Verabschiedung des Stabilisierungsprogramms 98, welches zur Sanierung des Bundeshaushalts Einsparungen von 2 Mia CHF und Mehreinnahmen von 20 Mio CHF bringen sollte. Umstritten waren von Anfang an die Sparmassnahmen im Sozialbereich sowie die Frage von zusätzlichen Einnahmen. Die SP hatte sich vehement gegen Einsparungen bei der AHV und ALV eingesetzt und gefordert, dass die Haushaltssanierung auch durch Mehreinnahmen, etwa durch die Einführung einer Kapitalgewinnsteuer erfolgen sollte. Auf bürgerlicher Seite war die Bereitschaft zur Erschliessung weiterer Einnahmequellen klein: FDP und CVP waren zwar mit dem Bundesrat darin einig, das dritte ALV-Lohnprozent weiterzuführen und den Plafond für das zweite Lohnprozent zu erhöhen, darüber hinaus kamen neue Abgaben nur in Frage, wenn der Börsenstempel abgeschafft würde und somit beträchtliche Steuerausfälle kompensiert werden müssten. Die SVP wendete sich ausser beim zusätzlichen Mehrwertsteuerprozent für die Sozialversicherungen generell gegen neue Steuern.
Die erste ernsthafte Bewährungsprobe für den Zusammenhalt des runden Tisches erfolgte, als die SP zusammen mit den Gewerkschaften am Nein zum Haushaltsziel 2001 festhielten, was ihnen heftige Kritik von bürgerlicher Seite einbrachte. Umgekehrt stellten zahlreiche bürgerliche Parlamentarier durch ihren Eintritt in das Pro-Komitee der Wohneigentumsinitiative den runden Tisch in Frage, nachdem vorgängig beschlossen worden war, die Volksinitiative «Wohneigentum für alle» des Hauseigentümerverbandes abzulehnen und auf einen Gegenvorschlag bis zum Ausgleich der Bundesfinanzen zu verzichten. Die SVP gab zu dieser Initiative die Ja-Parole aus.

Der Neuenburger FDP-Parteitag vom 24. Oktober stand ganz im Zeichen des programmatischen Aufbruchs. Der Freisinn wolle sich nicht länger am traditionellen Links-rechts-Schema orientieren, sondern strebt eine Modernisierungspolitik jenseits von rechts und links an; von Belang sei in Zukunft der Gegensatz zwischen Status Quo und Modernisierung. Unter Führung von Parteipräsident Steinegger und Generalsekretär Matyassy wurde die «Vision Schweiz 2007» ausgearbeitet, die ein Denkmodell der erwarteten Entwicklung darstellen soll. Im volkswirtschaftlichen Bereich sind nach freisinniger Vorstellungen im Jahr 2007 Wettbewerbsbehinderungen abgebaut, die Finanzierung der Sozialversicherungen langfristig gesichert und die Grundversicherung der Krankenkassen durch die Verselbständigung der öffentlichen Spitäler finanziell tragbar. Im Bildungsbereich ist die akademische Bildung dereguliert und der Markt für private Anbieter offen. In aussenpolitischer Hinsicht ist die Schweiz Mitglied von UNO und EU und verfügt über eine moderne Milizarmee, die ihren Auftrag im UNO/NATO-Verbund erfüllt. Im politischen System steht ein starker Bundespräsident an der Spitze eines Regierungsteams, das ein von mehreren Parteien getragenes Programm umsetzt und seine Führungsrolle wahrnimmt. Das Durchschnittsalter im Bundesrat liegt unter fünfzig und mehrere Frauen gehören ihm an. Die Parteienlandschaft setzt sich aus einer nationalkonservativen, einer linkskonservativen und einer Modernisierungsbewegung zusammen.

An einer Delegiertenversammlung vom 18. April in Bern wurde Regierungsrätin Marianne Kleiner (AR) als Nachfolgerin von Ständerätin Vreny Spoerry (ZH) ins FDP-Vizepräsidium gewählt.

Auch im Berichtsjahr herrschte zwischen den Regierungsparteien in wichtigen Fragen keine Einigkeit, wobei wechselweise SP und SVP ausscherten. Dies zeigte sich auch bei den Volksabstimmungen: Während sich FDP und CVP in allen Fällen regierungstreu gaben, scherte die SP bei ihrer eigenen Initiative «Für ein Verbot der Kriegsmaterialausfuhr» und beim dringlichen Bundesbeschluss zur Arbeitslosenversicherung aus. Die SVP wollte in der Drogenpolitik nichts vom offiziellen Regierungskurs wissen und befürwortete die restriktive Volksinitiative «Jugend ohne Drogen». Ausserdem nahm die SVP als einzige Regierungspartei in der im Berichtsjahr neu aufgelebten Diskussion über eine Liberalisierung des Schwangerschaftsabbruchs eine restriktive Position ein. Die SP wiederum wehrte sich als einzige Bundesratspartei gegen Abstriche im Sozialbereich und gegen den vom Bundesrat aufgestellten Fahrplan für die Sanierung der Bundesfinanzen.

Parteipräsident Steinegger, aber auch Bundesrat Kaspar Villiger kritisierten im Berichtsjahr offen, dass die FDP auf dem nationalen Parkett nicht als die Kraft erscheine, welche die Schweiz aus ihrer Mehrfachkrise führen könne. Gemäss Villiger tritt die FDP vorwiegend als effiziente Zweckgemeinschaft zur Rettung von Einzelinteressen auf. Steinegger rief zu mehr Einigkeit und Fraktionsdisziplin auf.

Parteipräsident Franz Steinegger (UR) wurde im August für weitere zwei Jahre im Amt bestätigt. Die FDP-Frauen wählten anstelle von Franziska Frey-Wettstein (ZH) Sibylle Burger-Bono (BE) zu ihrer neuen Präsidentin. Zum Nachfolger von FDP-Generalsekretär Christian Kauter wurde der bisherige Delamuraz-Mitarbeiter Johannes Matyassy gewählt.

Insbesondere aufgrund ihrer Haltung im Bereich der bilateralen Verhandlungen warfen SP, CVP und FDP der SVP vor, «nicht mehr bündnisfähig» zu sein. Die SVP trug die Verhandlungen im Berichtsjahr offiziell zwar weiterhin mit, gleichzeitig sprach sie sich aber gegen die Aufhebung der 28-Tonnen-Limite bei Lastwagen sowie gegen die Schwerverkehrsabgabe und den freien Personenverkehr aus und drohte mit Referenden. Die FDP mahnte die SVP per Pressedienst, «sich auf ihre einstigen Qualitäten als bürgerliche Partnerin, die Verantwortung übernahm, zu besinnen».

Bezüglich der Aufarbeitung der Rolle der Schweiz während des Zweiten Weltkriegs ging zuerst die SP auf Konfrontationskurs: Zu Beginn des Jahres stimmte der SP-Vorstand einer Resolution zu, die den Rücktritt von Bundesrat Jean-Pascal Delamuraz (fdp) forderte, weil dieser in einem Interview unter anderem Forderungen von jüdischen Kreisen als «Lösegeld-Erpressung» bezeichnet hatte und sich danach nicht ausreichend entschuldigt habe. Die Resolution stiess jedoch nicht nur bei den bürgerlichen Regierungsparteien auf scharfen Protest, sondern auch bei den SP-Sektionen der Westschweiz. Im April kündigte der Bundesrat an, eine Solidaritätsstiftung einrichten zu wollen. Während SP, CVP und FDP die Idee grossmehrheitlich begrüssten, drohte die Zürcher SVP unter Christoph Blocher bereits vor der Konkretisierung des Projekts mit dem Referendum. Später lancierte Blocher ein Gegenprojekt, um die Solidaritätsstiftung zu untergraben.

Zu Beginn des Jahres nahm sich die FDP vor, wieder verstärkt als diejenige Partei aufzutreten, die über die grösste wirtschaftspolitische Kompetenz verfügt. FDP und Wirtschaft entfernten sich im Berichtsjahr jedoch teilweise weiter voneinander. So stellte sich die FDP nur bedingt hinter das umstrittene Weissbuch von Wirtschaftsführern «Mut zum Aufbruch». Anlässlich der verlorenen Abstimmung zur Verwaltungs- und Regierungsreform warf die FDP den Wirtschaftsverbänden - insbesondere auch dem Vorort - vor, sie hätten mit ihrem Widerstand gegen die Staatssekretäre Solidarität mit der FDP vermissen lassen.
Gegen Ende des Jahres unterstützten die beiden freisinnigen Bundesräte ausserdem das revidierte Arbeitsgesetz nicht öffentlich. Mit der anschliessend verlorenen Abstimmung musste die FDP eine schwere Niederlage einstecken.

Auch das Fraktionspräsidium der FDP musste im Berichtsjahr neu besetzt werden. Nach längerer Ausmarchung machte Ständerätin Christine Beerli gegen Gerold Bührer (SH) mit einer Stimme Differenz das Rennen. Sie wurde Nachfolgerin von Pascal Couchepin (VS) und ist erste weibliche FDP-Fraktionsvorsitzende. Die Wahl war auch insofern spannend, als sie klar den Flügelkampf innerhalb der FDP wiedergab: Bührer gilt als Verfechter eines harten wirtschaftsliberalen Kurses, während Beerli dem links-liberalen Lager zugerechnet wird. Zu Vizepräsidenten der FDP-Fraktion wurden Gerold Bührer und Adriano Cavadini (TI) ernannt.

Im letzten Jahr hatten sich die vier Bundesratsparteien auf eine intensivere Zusammenarbeit geeinigt. Auch im Berichtsjahr zeigte sich jedoch, dass sie in den wichtigen Fragen der Finanz-, Wirtschafts-, Ausländer- und Sozialpolitik zerstritten sind. So bezeichneten die Bürgerlichen die Sanierung der Bundesfinanzen als prioritär und sprachen sich für eine Stabilisierung der Sozialleistungsquote oder gar einen Abbau des Sozialstaats aus, während die SP die heutigen Defizite als nicht dramatisch einstufte und auf einem weiteren Ausbau des Sozialstaats bestand. Die SVP stand mit ihrer Volksinitiative «Gegen die illegale Einwanderung» und mit ihrem Nein zur Verwaltungs- und Regierungsreform allein auf weiter Flur.

Franz Steinegger, der seit 1989 Parteipräsident ist, wurde für eine weitere Amtsperiode bestätigt. Ins Vizepräsidium wurde neben den wiederkandidierenden Vreni Spoerry (ZH) und Fulvio Pelli (TI) als Vertreter der welschen Schweiz neu Peter Tschopp (GE) gewählt. Nationalrat Tschopp gilt als ausgesprochener Europabefürworter. Tschopp ersetzte den verstorbenen Jurassier Pierre Etique.

Im April wechselten vier Aargauer Parlamentarier der serbelnden Freiheits-Partei zur FDP. Parteipräsident Steinegger gab zum Zuwachs aus den Reihen der Freiheits-Partei sein Einverständnis, wobei er klar machte, dass nur wer freisinnig-liberale Positionen vertrete, in der Partei Platz habe. Steinegger signalisierte den FDP-Kantonalparteien auch seine Zustimmung, mit den Freiheitlichen Listenverbindungen einzugehen, vorausgesetzt, auf den Listen figurierten keine problematischen Namen. Die Annäherung zwischen FDP und Freiheitlichen stiessen beim liberalen Flügel und bei den Jungfreisinnigen auf Opposition.

Vor den eidgenössischen Wahlen erarbeitete eine aus 31 prominenten Parlamentariern von FDP, CVP, SP und Grünen bestehende «Gruppe Dialog» eine «Erklärung für eine konsensfähige Erneuerungspolitik», die zu einer Deblockierung der eidgenössischen Politik beitragen sollte. Als wichtigste politische Ziele der kommenden vier Jahre postulierte die Gruppe die Schaffung von Arbeitsplätzen, die Konsolidierung des sozialen Netzes, das Zugehen auf Europa, die Stabilisierung der Bundesfinanzen, eine verbesserte Ökoeffizienz sowie eine umfassende Verkehrsreform.

Nach ihrem Wahlsieg stemmte sich die SP aber etwa gegen die Forderung der Konsolidierung der Sozialwerke und erklärte sich auch mit der Aussage der «Gruppe Dialog» nicht einverstanden, dass Zugehörigkeit zur Regierung und fundamentale Opposition in wesentlichen Fragen der Zukunftsgestaltung unverträglich seien. Sie präsentierte deshalb Ende November einen weniger rigiden Vorschlag, auf dessen Basis sich die vier Bundesratsparteien für die neue Legislatur auf eine intensivere Zusammenarbeit einigten. Die «Erklärung der Bundesratsparteien zur Zusammenarbeit - auf der Basis konstruktiver Kompromisse» versteht sich nicht als verbindliches Regierungsprogramm, postuliert aber regelmässige Gespräche und gemeinsame Arbeitsgruppen mit zeitlich definierten Mandaten, um Lösungen zu wichtigen politischen Sachfragen zu erarbeiten. Dabei stehen fünf Schwerpunkte im Vordergrund: Wirtschaft und Arbeit, Sanierung der Bundesfinanzen, Zukunft der Sozialversicherungen, Beziehungen zur EU sowie Regierungs-, Verwaltungs- und Verfassungsreform. Jede der Bundesratsparteien hat Anspruch auf zwei Vertreter. Das Grundsatzpapier hält fest, dass einzelne Parteien im Rahmen der «variablen Geometrie» ausscheren können (opting out); Sanktionen sind nicht vorgesehen. Bis Ende Jahr wurden vier prominent besetzte vorparlamentarische Kommissionen geschaffen: Die Neat-Arbeitsgruppe, die Gruppe Wirtschaft, Konjunktur und Arbeitsmarkt, die Arbeitsgruppe Migration und die Gruppe Drogenpolitik.

Damit reagierte die FDP auf die These des Wandels vom zwei- zum dreipolaren Parteiensystem, die im Berichtsjahr vor allem in linken Kreisen die Runde machte und auch von SP-Präsident Peter Bodenmann vertreten wurde. Gemäss der These wandelt sich das traditionell in ein mehrheitlich bürgerliches und ein minderheitlich linkes Lager gespaltene Parteiensystem zunehmend in ein dreipoliges Parteiensystem mit einem rot-grünen Pol, einem bürgerlichen Zentrum (CVP, FDP) und einer national-konservativen Rechten (vom Zürcher Flügel dominierte SVP). Diese Rechte politisiere nicht nur gouvernemental, sondern auch ausgesprochen oppositionell.

Verschiedentlich wurden im Berichtsjahr Vorschläge zu Koalitionen von zwei Bundesratsparteien gemacht. So warb eine überparteiliche Parlamentariergruppe um FDP-Nationalrat Peter Tschopp (GE) für eine Koalition zwischen FDP und SP, um eine Öffnung gegenüber Europa zu erreichen. Auch SP-Präsident Peter Bodenmann äusserte mehrfach den Wunsch einer künftigen «Links-Mitte-Koalition» mit der FDP, um etwa in der Europafrage und der Drogenpolitik zu Lösungen zu kommen.
Nach dem nationalen Wahlsieg der Links- und Rechtspole SP und SVP schlug auch CVP-Präsident Anton Cottier der FDP einen Schulterschluss und damit «einen starken dritten Pol im bürgerlichen Zentrum» vor, um die gegenseitige Blockierung von SP und SVP zu überwinden. Die umworbene FDP zeigte sich interessiert, sprach sich jedoch für pragmatische Lösungen anstelle eines institutionalisierten Miteinanders aus. Sie sehe weniger eine Tripolarität im Vordergrund, sondern Bipolaritäten mit wechselnden Allianzen je nach Materie.

Zu Beginn des Jahres brachte die «Fischbacher-Affäre» der FDP negative Schlagzeilen. Die FDP St. Gallen sah vorerst keinen Anlass, ihr Parteimitglied, den Arzt Walter Fischbacher, dem vorgeworfen wurde, sich als Gegner des Anti-Rassismus-Gesetzes wiederholt rassistisch und antisemitisch geäussert zu haben, auszuschliessen. FDP-Präsident Franz Steinegger stellte sich auf den Standpunkt, dass die Regelung des Falles Fischbacher nur in die Kompetenz der St. Galler Kantonalpartei falle. Mutter- und Kantonalpartei mussten sich den Vorwurf mangelnder Abgrenzung gegen Rechtsaussen gefallen lassen. Schliesslich gab Fischbacher selbst seinen Austritt bekannt und kam damit einem Entscheid der Kantonalpartei zuvor.

Die FDP des Kantons Waadt forderte die Mutterpartei in einer Resolution auf, ihre Haltung zu Europa darzulegen. Die FDP wehrte sich jedoch gegen den Vorwurf, die Europafrage tabuisieren zu wollen. Eine erneute Beitrittsdiskussion vor Beendigung der bilateralen Verhandlungen missachte ihrer Meinung nach aber den Volkswillen und zementiere die Zweiteilung des Landes.

Bundespräsident Otto Stich forderte an den ausserordentlichen Von-Wattenwyl-Gesprächen mehr Teamgeist und Unterstützung von den Bundesratsparteien. Diese müssten «verbindlich eingebunden werden in die Gestaltung und Durchführung der Bundespolitik». FDP, SP, CVP und SVP reagierten jedoch in erster Linie mit Kritik an der Landesregierung.

Ein Antrag von jungfreisinniger Seite, den 155 weitere FDP-Mitglieder, vorwiegend aus den Reihen der Zürcher und Aargauer Sektionen, unterschrieben hatten, verlangte die Prüfung einer gesamtschweizerischen Urabstimmung über den Fortbestand der Zauberformel. Der Antrag wurde vom FDP-Delegiertenrat jedoch klar abgelehnt, da er sich die Handlungsfreiheit zu diesem Thema erhalten möchte.

Die FDP feierte im Berichtsjahr ihr 100-jähriges Bestehen. Die Freisinnigen waren zwar seit 1848 massgebend für die Bundespolitik, auf gesamtschweizerischer Ebene konstituierten sie sich aber erst am 25. Februar 1894 in Olten. Die FDP blieb seither die wählerstärkste Partei auf nationaler Ebene und verfügt über das am dichtesten geknüpfte Netz an Lokalsektionen. Die FDP feierte das Jubiläum im September an ihrem Geburtsort mit rund 2000 Delegierten.

Unter dem Schlagwort Innere Sicherheit forderten die bürgerlichen Regierungsparteien eine verstärkte direkte Bekämpfung der Kriminalität und die Prävention von Gewaltverbrechen. Mit der Wahl dieses Themas sollte nicht zuletzt auch die Attraktivität der bürgerlichen Parteien gegenüber den ganz rechts stehenden populistischen Parteien erhöht werden. Ausserdem wurde damit auch ein Schwerpunkt für die Kampagnen zu verschiedenen anstehenden kantonalen und kommunalen Wahlen gesetzt.