Alors que la recherche de fonds pour la nouvelle caserne des Gardes suisses au Vatican arrive à son terme, en Suisse alémanique, de nombreux éclats médiatiques ont fait parler du financement du nouveau bâtiment. Ce qui pour certain.e.s est un soutien à un symbole national important n'est pour d'autres qu'une infraction à la laïcité de la part de la Confédération suisse. En effet, sur les CHF 50 millions que la fondation pour la caserne de la Garde suisse doit récolter afin de financer le nouveau projet, il a été décidé que la Confédération et les cantons verseront respectivement CHF 5 et 4.5 millions pour la rénovation de la caserne pontificale datant du 19ème siècle.
À Lucerne, le groupe «libre-pensée» a lancé un référendum cantonal, qui a abouti en mars 2022 avec la récolte de 7'477 signatures afin de stopper cette dépense. Pour ce groupe, le canton de Lucerne n'a pas à participer au financement de l'église catholique. Douze représentants de huit groupes politiques (Jeunes PS, PS, Jeunes Vert-e-s, Vert-e-s, Jeunes PVL, PVL, FDP et Jeunes UDC) ont soutenu ce référendum. Le peuple lucernois devra voter sur le sujet prochainement.
À Uri, alors qu'aucune annonce officielle n'avait été faite, Jolanda Joos (UR, ps), membre de la commission des finances du canton d'Uri, suivant l'argumentaire de «libre-pensée», a déposé une série de questions à l'intention de son canton, dont une principale concernait l'origine des oppositions à cet investissement: pourquoi cet argent vient-il des impôts que tous les habitants et habitantes du canton paient alors qu'un quart de ceux-ci ne sont pas catholiques? En réponse à cette question, le canton a évoqué la longue tradition qui lie le canton d'Uri et la Garde suisse ainsi que l'importance que cette relation a pour la culture uranaise.

Im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung entbrannte die Kontroverse um den sogenannten Bistumsartikel (Art. 50 Abs. 4 BV) erneut, welcher die Errichtung von katholischen Bistümern auf schweizerischem Gebiet der Genehmigung des Bundes unterstellt. Der Entwurf des EJPD sah vor, diese explizite Schranke der Glaubens- und Gewissensfreiheit im Interesse des konfessionellen Friedens weiterhin aufrecht zu erhalten. Gegen diese als Diskriminierung empfundene Bestimmung wehrten sich, angeführt von der Schweizerischen Bischofskonferenz, viele Katholiken, aber auch namhafte Staatsrechtler sowie der Ständerat, der im Vorjahr knapp einer parlamentarischen Initiative auf Abschaffung von Art. 50 Abs. 4 BV zugestimmt hatte. Die Forderung nach völliger Organisationsfreiheit rief aber auch wieder Opposition auf den Plan, nicht nur in protestantischen Kreisen, sondern auch bei katholischen Organisationen (so etwa bei der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz), die befürchteten, mit der Streichung des Bistumsartikels in der Bundesverfassung gebe man ein Stück demokratischer Mitsprachemöglichkeit bei der Besetzung der Bistümer aus der Hand, weil damit die implizierte Garantie der religionsrechtlichen Kompetenz der Kantone und indirekt auch der Konkordate einzelner Kantone mit dem Apostolischen Stuhl dahinfallen würden.

In der römisch-katholischen Kirche, besonders im Bistum Chur, wollten sich die Wogen nicht glätten lassen, die bei der 1988 erfolgten Ernennung von Wolfgang Haas zum Weihbischof mit Nachfolgerecht aufgebrandet waren. Bischof Vonderach stellte sich zwar unverdrossen hinter ihn und behauptete, die Ernennung Haas sei hauptsächlich durch die Schuld der Medien zu einem kontroversen Ereignis geworden, doch konnte dies die Akzeptanz von Weihbischof Haas an der Kirchenbasis kaum fördern.

Um die Rechtmässigkeit des Vorgehens Roms im Fall Haas entbrannte unterdessen ein ausgedehnter Juristenstreit, in dem die rechtlichen Bedenken gegenüber der Entscheidung des Vatikans schwer ins Gewicht fielen. Der Kanton Schwyz weigerte sich weiterhin, die Wahl Haas anzuerkennen und bat den Bundesrat, beim Heiligen Stuhl zu intervenieren und die Rücknahme des Nachfolgerechts zu erwirken. Öl aufs Feuer goss in dieser emotional aufgeheizten Stimmung der ebenfalls als sehr konservativ eingestufte päpstliche Nuntius in Bern, Mgr Rovida, welcher laut einer – später zwar dementierten – Indiskretion die Ansicht vertreten haben soll, dass der Papst in jedem Fall das Recht zur Ernennung eines Weihbischofs mit Nachfolgerecht habe, auch dort, wo ein Konkordat der Ortskirche die Mitsprache sichert, in der Schweiz also in den Bistümern Basel (mit Sitz in Solothurn) und St. Gallen. Obgleich der Nuntius auf seinen Äusserungen nicht behaftet werden konnte, schien dem Bundesrat die Angelegenheit doch als heikel genug, um die Direktion für Völkerrecht anzuweisen, die diesbezüglichen rechtlichen Fragen zu prüfen. Nachdem bereits das Domkapitel Basel den Nuntius hatte wissen lassen, die Ernennung eines Weihbischofs mit Nachfolgerecht würde klar als Konkordatsverletzung betrachtet, traf sich ein EDA-Mitarbeiter mit Mgr Rovida: Der Inhalt des Gesprächs wurde zwar nicht veröffentlicht, doch konnte angenommen werden, der Bundesrat habe dem Nuntius dieselbe Antwort erteilt wie das Basler Domkapitel.

Prominente Unterstützung erhielten die ob diesen Vorgängen und Äusserungen besorgten römisch-katholischen Kreise durch 163 zum Teil namhafte katholische Theologieprofessoren aus der BRD, Österreich, den Niederlanden und der Schweiz, die im Anschluss an weitere umstrittenen Bischofsweihen in Köln, Wien, Feldkirch und Salzburg gemeinsam eine papstkritische «Kölner Erklärung» publizierten. In dem Thesenpapier («Wider die Entmündigung – für eine offene Katholizität») warfen sie dem Papst Machtmissbrauch bei der Ernennung von Bischöfen und bedeutende Eingriffe in die Freiheit von Lehre und Forschung vor. Sie kritisierten die unzulässige Geltendmachung seiner lehramtlichen Kompetenz – damit sind die pointierten, «dogmatischen» Äusserungen Johannes Paul II. zur Geburtenregelung gemeint – und die Missachtung des Geistes der Öffnung, wie ihn das zweite Vatikanische Konzil gebracht hatte, was zu einer Gefährdung der Ökumene führe.

Die Diskussion, ob die Kirchen sich politisch engagieren sollten, wurde durch den Beschluss des Weltkirchenrates (ÖRK) angeregt, an Organisationen, die den Rassismus bekämpfen, Beiträge auszurichten. Dass auch die interkonfessionelle Konferenz «Schweiz – Dritte Welt», die während zweier Tagungen ein Konzept schweizerischer Entwicklungspolitik zu erarbeiten versuchte, beschloss, den Weltkirchenrat in seinem Kampf gegen den Rassismus zu unterstützen, stiess in weiten Kreisen auf Ablehnung. Im Herbst veröffentlichte die schweizerische Bischofskonferenz (SBK) Richtlinien zum Mischehendekret des Papstes, die wegen ihres offenen und ökumenischen Inhalts von der protestantischen Kirche günstig aufgenommen wurden; diese erklärte sich zu weiteren Gesprächen bereit. Die eidgenössischen Räte ermächtigten den Bundesrat, die mit dem Heiligen Stuhl abgeschlossene Vereinbarung über die Abtrennung der Apostolischen Administratur des Tessins vom Bistum Basel und ihre Umwandlung in ein Bistum zu ratifizieren. Ein Schritt zur Annäherung der Rechtsstellung der fast einen Drittel der Bevölkerung umfassenden katholischen Kirche an die protestantische vollzog der Kanton Waadt. Das neue Katholiken-Statut wurde trotz starker Opposition insbesondere der Sozialdemokraten, die sich gegen die Staatskirche aussprachen, in der Volksabstimmung angenommen. Ferner blieb die Revision der konfessionellen Ausnahmeartikel während des ganzen Jahres im Stadium der Diskussion.

Von kultur- wie von ordnungspolitischer Bedeutung ist auch die Tatsache einer inneren Erschütterung der Kirchen. Es sei hier nur andeutungsweise die Opposition gegen die päpstliche Enzyklika «Humanae vitae», die sich gegen eine allgemeine Geburtenregelung wendet, oder die Auflehnung junger protestantischer Theologen gegen traditionelle Formen und Gebräuche erwähnt. Demgegenüber bildet das vom Bundesrat auf tessinisches Begehren mit dem Vatikan getroffene Abkommen über eine Erhebung der apostolischen Administratur Lugano zum selbständigen Bistum eine bloss formale kirchenpolitische Neuerung, wobei das am 24. Juli unterzeichnete Abkommen noch der Ratifikation bedarf.