Zu den grossen Verlierern der diesjährigen Wahlen zählten die rechten Oppositionsparteien FP und SD. Die EDU und die Lega konnten sich halten. Insgesamt verloren sie im Vergleich zu 1991, als sie mit 10,8% ihre grösste Parteienstärke erlangt hatten, ganze 6%. Umfragen zeigten, dass die verloren gegangenen Stimmen sich hauptsächlich bei der SVP wiederfanden. Die FP (1999: 0,9%), ehemals stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien, brach bei den Wahlen regelrecht ein und verlor alle ihre bisherigen sieben Nationalratssitze sowie rund drei Viertel des Wähleranteils von 1995. Die SD verloren im Vergleich zu den letzten Wahlen 1,3% und erreichten 1,8%. Damit sind sie trotz des schlechten Wahlergebnisses neu die stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien. Da sie ihre Sitze in Zürich und Baselland verloren haben, muss Parteisekretär Hess (BE) die Partei in der neuen Legislatur alleine im Parlament vertreten. EDU und Lega gingen beinahe unverändert aus dem Rennen. Die EDU konnte sich seit ihrer Gründung 1975 von Wahl zu Wahl geringfügig steigern und 1999 ihr Niveau auf 1,3% Parteienstärke bestätigen. Der Berner Sitz blieb der Partei erhalten. Im Tessin erlangte die Lega immerhin rund einen Fünftel aller Wählerstimmen. Mit Parteipräsident Bignasca konnte sie den vor vier Jahren verlorenen zweiten Sitz wieder zurückholen.
Die Oppositionsparteien aus dem linken Parteienspektrum (GP, PdA, Solidarités und FGA) erreichten zusammen 6,9% Parteienstärke. Stärkste Partei in diesem Lager blieb die GP. Während sie in der Deutschschweiz etwas an Boden verlor, konnte sie in der Romandie (NE: +7,4%) an Stimmen dazugewinnen. Die GP büsste eines ihrer Zürcher Mandate sowie den Aargauer Sitz ein und konnte in Genf und Neuenburg je einen Sitz gewinnen. Damit ist sie im Nationalrat weiterhin mit 8 Mitgliedern als stärkste Nicht-Regierungspartei vertreten. PdA und Solidarités, die ihre Wählerschaft fast ausschliesslich in der Romandie haben, erreichten 1,0% und 0,5% Parteienstärke, die feministischen und grünalternativen Gruppierungen FGA nur gerade 0,3%. Allerdings kandidierten die FGA in den Kantonen Bern, Baselstadt und Zug auf gemeinsamen Wahllisten mit der GP resp. der "BastA!" oder der SP. Die so erlangten Parteienstimmen wurden nicht den FGA zugerechnet. In Zürich verlor die Gruppierung „Frauen macht Politik“ (FraP) ihren bisherigen Sitz.
Resultate Nationalratswahlen 1999 (nach Parteien)