Bei den Nationalratswahlen verlor Bernhard Hess den letzten SD-Sitz. Die SD waren in neun Kantonen angetreten, ihr bestes Ergebnis erzielten sie im Kanton Thurgau mit 1,9%. Hess erklärte, die SD werde es als Partei vermutlich bald nicht mehr geben, höchstens als „patriotische Bewegung“ könnten sie weiterexistieren. Er kündigte auch seinen Rücktritt als Parteipräsident an. Verschiedene SD-Sektionen äusserten sich jedoch, sie wollten als Partei weitermachen.

Bei den Nationalratswahlen konnten die SD ihren Sitz im Kanton Bern verteidigen. Bei den kantonalen Wahlen in Basel-Land und in Zürich büssten sie insgesamt sechs Mandate ein und stellen noch 4 (BL) resp. 1 Parlamentarier (ZH).

Zu den grossen Verlierern der diesjährigen Wahlen zählten die rechten Oppositionsparteien FP und SD. Die EDU und die Lega konnten sich halten. Insgesamt verloren sie im Vergleich zu 1991, als sie mit 10,8% ihre grösste Parteienstärke erlangt hatten, ganze 6%. Umfragen zeigten, dass die verloren gegangenen Stimmen sich hauptsächlich bei der SVP wiederfanden. Die FP (1999: 0,9%), ehemals stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien, brach bei den Wahlen regelrecht ein und verlor alle ihre bisherigen sieben Nationalratssitze sowie rund drei Viertel des Wähleranteils von 1995. Die SD verloren im Vergleich zu den letzten Wahlen 1,3% und erreichten 1,8%. Damit sind sie trotz des schlechten Wahlergebnisses neu die stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien. Da sie ihre Sitze in Zürich und Baselland verloren haben, muss Parteisekretär Hess (BE) die Partei in der neuen Legislatur alleine im Parlament vertreten. EDU und Lega gingen beinahe unverändert aus dem Rennen. Die EDU konnte sich seit ihrer Gründung 1975 von Wahl zu Wahl geringfügig steigern und 1999 ihr Niveau auf 1,3% Parteienstärke bestätigen. Der Berner Sitz blieb der Partei erhalten. Im Tessin erlangte die Lega immerhin rund einen Fünftel aller Wählerstimmen. Mit Parteipräsident Bignasca konnte sie den vor vier Jahren verlorenen zweiten Sitz wieder zurückholen.

Die Oppositionsparteien aus dem linken Parteienspektrum (GP, PdA, Solidarités und FGA) erreichten zusammen 6,9% Parteienstärke. Stärkste Partei in diesem Lager blieb die GP. Während sie in der Deutschschweiz etwas an Boden verlor, konnte sie in der Romandie (NE: +7,4%) an Stimmen dazugewinnen. Die GP büsste eines ihrer Zürcher Mandate sowie den Aargauer Sitz ein und konnte in Genf und Neuenburg je einen Sitz gewinnen. Damit ist sie im Nationalrat weiterhin mit 8 Mitgliedern als stärkste Nicht-Regierungspartei vertreten. PdA und Solidarités, die ihre Wählerschaft fast ausschliesslich in der Romandie haben, erreichten 1,0% und 0,5% Parteienstärke, die feministischen und grünalternativen Gruppierungen FGA nur gerade 0,3%. Allerdings kandidierten die FGA in den Kantonen Bern, Baselstadt und Zug auf gemeinsamen Wahllisten mit der GP resp. der "BastA!" oder der SP. Die so erlangten Parteienstimmen wurden nicht den FGA zugerechnet. In Zürich verlor die Gruppierung „Frauen macht Politik“ (FraP) ihren bisherigen Sitz.

Die EVP vertrete laut Vizepräsident Roland Bialek eine "Politik der Mitte" im Sinne von Brüderlichkeit und versuche damit den Konflikt zwischen Liberalismus und Sozialismus, zwischen Freiheit und Gleichheit aufzuweichen. Sie sei ausserdem bestrebt, Gerechtigkeitslücken in vielen Bereichen des politischen und wirtschaftlichen Lebens zu stopfen und opponiere gegen "zu weit gegangene Liberalisierungen". PdA-Präsidentin Christiane Jaquet-Berger sprach sich am nationalen Kongress in Le Locle gegen eine Politik der Kompromisssuche an „runden Tischen“ aus, und kritisierte damit die SP, die sich aus ihrer Sicht viel zu anpasserisch verhalte. Das FP-Wahlprogramm umfasste vier Stossrichtungen. „Für freien Individualverkehr“, „Asylpolitik – Grenze zu!“, „für Ruhe, Ordnung und Sicherheit“ sowie „für gesicherte Sozialwerke“. Im Parteiprogramm der SD wurde weiterhin vehement die Position gegen einen Beitritt der Schweiz zur EU vertreten. Noch vor den Wahlen hatte das Präsidium das Referendum gegen die bilateralen Verträge angekündigt. Die SD waren auch der Meinung, dass in der Asylpolitik viel zu nachsichtig verfahren werde. Die Rezepte der SD für eine Schweiz im neuen Jahrtausend lauten denn auch "Stopp der zerstörerischen Einwanderung, Überfremdung und Übervölkerung unserer Heimat" oder "Schluss mit der schleichenden Internationalisierung unseres Landes".

Bei den Nationalratswahlen verloren die SD zwei ihrer drei Sitze. Der Wähleranteil reduzierte sich von 3,1% auf 1,8%. Obwohl die SD im Kanton Baselland mit einem Wähleranteil von 10,1% ihr bestes Resultat erreichten, schaffte Präsident Keller die Wiederwahl nicht.

Nachdem die SD auf kantonaler Ebene 1995 einen Sitz zulegen konnte, verlor sie bei den eidgenössischen Wahlen zwei ihrer bisher fünf Nationalratsmandate. Bei der Ausmarchung um die Fraktionszusammenschlüsse verlor die Partei zudem ihren bisherigen Fraktionspartner Lega an die Freiheits-Partei. Eine Fraktionsgemeinschaft mit den Schweizer Demokraten lehnte die FPS ab. Mit nur drei Nationalräten ist die SD somit neu fraktionslos.

Die Resultate für die Nationalratswahlen wurden von den Medien generalisierend unter dem Begriff der Protestwahl zusammengefasst. Populistische und rechtsnationale Parteien und Bewegungen konnten – allerdings nur in der deutsch- und italienischsprachigen Schweiz – zum Teil recht grosse Wähleranteile für sich gewinnen und auf Kosten der bürgerlichen Parteien, vor allem der FDP und der CVP, Sitzgewinne verzeichnen. So gelang es der Auto-Partei ihren Wähleranteil von 2,6% auf 5,1% zu steigern und ihre Mandatszahl von zwei auf acht zu erhöhen, womit sie Fraktionsstärke erreicht hat; hohe Wähleranteile zwischen 11% und knapp 16% erreichte sie in den Kantonen Schaffhausen, St. Gallen, Aargau und Appenzell Ausserrhoden. In Bezug auf die Wählerschaft der AP änderte sich die geschlechtermässige Zusammensetzung gegenüber 1987: Sie erreichte die gesamtschweizerischen Durchschnittswerte von 54% Männern und 46% Frauen. Hinsichtlich des Alters blieb die AP eine Partei der Jungen ; fast 50% ihrer Wähler sind weniger als 40 Jahre alt. Die Vertreter selbständiger und handwerklicher Berufe sowie Arbeiter bilden die stärksten Gruppen innerhalb ihrer Wählerschaft. Die Schweizer Demokraten gewannen zwei Sitze hinzu, um mit neu fünf Mandaten als Fraktion ins Parlament zu ziehen. Ihren Wähleranteil konnten sie allerdings nur um 0,8% auf 3,3% (ohne Vigilance GE) verbessern.

Die FDP blieb trotz ihren Verlusten stärkste Partei und sprach als einzige mehr als 20% der Wählenden an. Die SP rückte mit einem gemessen am Wähleranteil knappen Vorsprung, jedoch mit deutlich mehr Sitzen als die CVP auf die zweite Position vor; vierte Partei blieb die SVP. Seit Bestehen der Zauberformel haben alle vier im Bundesrat vertretenen Parteien zusammen und auch einzeln erstmals keine Sitze gewinnen können. 146 der 200 Nationalrätinnen und Nationalräte gehören einer dieser vier Parteien an; zusammen erhielten sie 79% der Stimmen. An fünfter Stelle rangiert die GP mit 6,1 % und neu 14 Sitzen. Gemessen am Wähleranteil folgen darauf die AP und die SD. Mit lediglich 3% Wähleranteil erreichte die auf wenige Kantone beschränkte LP zehn Sitze. Die im Parlament eine Fraktionsgemeinschaft bildenden LdU und EVP erzielten 2,8% resp. 1,9% der Stimmen und 5 resp. 3 Sitze. Erstmals in der Bundesversammlung vertreten ist die EDU, welche gesamtschweizerisch auf einen Stimmenanteil von 1% kam. Nicht mehr im Nationalrat vertreten sind hingegen die POCH; die Grün-Alternativen sind es nur noch dank der FraP (ZH). Ihre Kandidatinnen und Kandidaten waren teilweise von der SP, teilweise von der GP aufgenommen worden. Hingegen konnte die PdA in der Waadt mit dem Kantonalpräsidenten Zisyadis einen zweiten Sitz ergattern. Nach politisch-ideologischen Lagern analysiert, haben sich die rot-grünen Kräfte etwa halten können, die politische Mitte ist weiter geschrumpft und das rechte, ausserhalb der Regierung politisierende Lager ist klar gestärkt aus den Wahlen hervorgegangen.

Durch Zusammenschlüsse auf Fraktionsebene haben sich die Sitzverteilungen im Nationalrat und die Wähleranteile noch leicht verändert; die Sozialdemokraten nahmen den Vertreter der PSU (TI), Werner Carobbio, und die FraP-Vertreterin Christine Goll (ZH) in ihre Reihen auf, womit sie zusammen 19,1 % Anteil erhalten. Die ursprünglich vorgesehene Absprache einer Fraktionsgemeinschaft zwischen Vertretern und Vertreterinnen des links-grünen "DACH"-Bündnisses und der PdA kam, bedingt durch das schlechte Abschneiden der alternativen Linken, nicht zustande; die beiden Nationalräte der PdA blieben fraktionslos. Der einzige Gewählte der EDU, Werner Scherrer (BE), verblieb auch ausserhalb der Fraktionen. Die CVP nahm den Vertreter der unabhängigen Christlichsozialen Partei des Kantons Freiburg, Hugo Fasel, auf (37 Mandate, 18,6%). Der LdU bildete wie bisher zusammen mit der EVP und dem parteilosen Herbert Maeder (AR) eine neunköpfige Fraktion (5%). Die SD schliesslich schlossen ein Zweckbündnis mit der Lega dei Ticinesi (7 Mandate).

Von der 35köpfigen Zürcher Delegation sind vierzehn neu im Rat; zum ersten Mal wurde eine Frau der SVP gewählt. Der sowohl für den National- wie auch den Ständerat kandidierende Werner Vetterli (svp) schaffte den Sprung in die grosse Kammer. Für die SP kamen neu die als eher radikal eingestuften Andreas Gross, unter anderem GSoA-Gründungsmitglied, und Hans Steiger dazu. Bei der EVP überflügelte der populäre Pfarrer Ernst Sieber den erst 1990 ins Parlament nachgerückten und erneut kandidierenden Niklaus Kuhn, der damit ausschied. Die AP sowie die SD gewannen je einen zusätzlichen Sitz. Neu ist die Liste "Frauen macht Politik (FraP)" durch die Journalistin Christine Goll vertreten. Der bürgerlich-rechte Parteienblock ging mit zwei zusätzlichen Mandaten gestärkt aus den Wahlen hervor, wobei vor allem das rechtsnationalistische und populistische Lager profitieren konnte. Verlierer waren die FDP und der LdU, dessen Sitzzahl halbiert wurde.

Im Kanton Aargau fiel der Rechtsrutsch deutlicher aus als im schweizerischen Durchschnitt. Die CVP und die SP büssten je einen Sitz zugunsten der AP ein, welche einen Wähleranteil von 13,2% erreichte. Die Verluste an Wähleranteilen waren bei der CVP und FDP mit 4,3% resp. 3,9% am grössten. Die innerhalb der Mutterpartei zum rechten Flügel zählende Aargauer SVP konnte ihren Wähleranteil um über 2% steigern, womit sie zur stärksten Partei des Kantons wurde (17,9%). Trotzdem erzielten die rechts von der SVP stehenden Parteien (AP, SD, EDU) im Aargau mit über 19% den gesamtschweizerisch höchsten Stimmenanteil.

Der Rechtsrutsch machte sich auch in den beiden Basler Halbkantonen bemerkbar. Im Baselbiet gewannen die SD einen Sitz zulasten der CVP; diese gewann wiederum in Baselstadt den Sitz des früheren POCH-Vertreters. Unter den bürgerlichen Parteien waren wähleranteilmässig in beiden Halbkantonen die Freisinnigen jene, die am meisten zulegen konnten.

Im Kanton Bern haben die drei grossen Parteien SVP, SP und FDP sowie der LdU je einen Sitz verloren. Die Verluste an Wähleranteilen betrugen für diese Parteien über 6%. Nutzniesser waren die zur GP gehörende Freie Liste, die SD, die AP und die EDU, welche je einen Sitz gewannen. Prominentester Verlierer war der Bisherige Paul Günter (ldu), welcher ebenso für beide Räte kandidiert hatte wie die bekannteste Persönlichkeit auf der Gewinnerseite, die ehemalige Regierungsrätin Leni Robert (gp). Der Berner CVP-Sitz wechselte vom deutschsprachigen Kantonsteil in den Südjura, wo die CVP-Liste als Sammelbecken der Autonomisten diente. Dank einer Unterlistenverbindung zwischen der südjurassischen CVP, der Jungen CVP und der CVP des Laufentals wurde der dissidente Freisinnige Jean-Claude Zwahlen, der allerdings in die CVP-Fraktion eintrat, gewählt.

In der Romandie fielen die Resultate sowohl sitzmässig wie wähleranteilmässig sehr uneinheitlich, in vielen Fällen den nationalen Trends widersprechend, aus. So verlor die FDP in Genf über 5%, legte aber im Wallis, im Jura und in Neuenburg zu. Die CVP verlor in allen welschen Kantonen Anteile, ausser im Jura, wo sie sich bei Abwesenheit der PCSI um drei Prozent verbessern konnte. Einen grossen Sprung nach vorn machten die Sozialdemokraten in Genf, wo sie von 18,6 auf über 26% vorrückten, jedoch die GP gleichzeitig knapp 5% verlor. Im Jura gewann die SP ebenfalls drei Prozent und beinahe gleichviel verlor sie in Freiburg. Herausragend waren auch die Gewinne an Wähleranteilen der SD in Neuenburg und der Liberalen in Genf. Die Freisinnigen verloren in der Waadt und in Genf je ein Mandat, die SP verlor einen Sitz in der Waadt und gewann einen in Genf hinzu. Überraschend eroberte die PdA wieder ein Mandat in der Waadt, wo auch die Liberalen ihre Sitzzahl um einen auf drei ausbauen konnten.

In der Kampagne für die Nationalratswahlen bildetete die Forderung nach einer restriktiven Asylpolitik im Sinne ihrer lancierten Initiative den Schwerpunkt, während der Ruf nach einer repressiven Drogenpolitik und die Ablehnung sowohl des EWR-Vertrags als auch eines möglichen EG-Beitrittsgesuchs an zweiter und dritter Stelle folgten.
Die Schweizer Demokraten legten über ein halbes Prozent an Wählerstimmen (ohne Vigilance) hinzu und konnten ihre Vertretung von drei auf fünf Mandate erhöhen; damit erreichten sie ihr gestecktes Ziel, Fraktionsstärke zu erlangen. Wie die Autopartei und die SVP, welche dieselben Schwerpunkte in den Wahlkampfthemen gesetzt hatten, konnten die SD von einer diffusen Proteststimmung in der Wählerschaft profitieren. Im Kanton Bern erreichten sie einen zweiten Sitz und in Baselland, wo die SD wie im Kanton Zürich eine Listenverbindung mit der Auto-Partei eingegangen waren, wurde der Zentralpräsident, Rudolf Keller, neu in den Nationalrat gewählt.
Die Partei versuchte, vermehrt die weibliche Wählerschaft anzusprechen und stellte unter anderem im Baselbiet auch eine Frauenliste auf. SD-Kandidaturen gab es in zehn Kantonen; zudem bewarben sich erstmals Vertreter der SD in den Kantonen Luzern, Neuenburg, Aargau und Thurgau um einen Ständeratssitz. Die SD gingen mit der Lega dei ticinesi, welche zwei Nationalräte stellt, eine Fraktionsgemeinschaft ein; die beiden Fraktionspartner haben sich gegenseitig die Freiheit zugesichert, in Einzelfragen – etwa bezüglich der Armee oder der Lex Friedrich – abweichende Ansichten zu vertreten.