Die EDU hatte in der 48. Legislatur (2007–2011) mit zahlreichen Änderungen zu kämpfen. Den 2003 eroberten Sitz aus Zürich hatte man 2007 verloren und sich in der Folge der SVP-Fraktion angeschlossen. Christian Waber (BE) war allerdings 2008 aus Protest gegen den „Gang in die Opposition“ der SVP wieder aus der Fraktion ausgetreten. Der 2009 für ihn nachrückende Andreas Brönnimann (BE) wurde heftig von der BDP umworben, trat dann aber in die SVP-Fraktion ein. Das Ziel einer Steigerung des Wähleranteils und der Eroberung von insgesamt drei Sitzen bei den nationalen Wahlen verfehlte die EDU deutlich. Sie konnte ihren gesamtschweizerischen Wähleranteil zwar halten (1.3%) – die Union war neben Zürich und Bern auch in den Kantonen Freiburg, Solothurn, Basel-Stadt, Schaffhausen, St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau und Waadt angetreten – verlor aber mit der Abwahl des auch als Ständerat kandidierenden Berners Andreas Brönnimann ihren einzigen Sitz im Parlament. Die EDU war damit nach 20-jähriger Zugehörigkeit nicht mehr in der grossen Kammer vertreten. Zwischen 1991 und 2007 hatte sie immer einen Vertreter aus dem Kanton Bern und von 2003 bis 2007 zusätzlich einen Nationalrat aus dem Kanton Zürich gestellt. Neben Brönnimann kandidierten auch Daniel Wittwer (TG) und Maximilien Bernhard (VD) erfolglos für den Ständerat.

Der langjährige Nationalrat der EDU, Christian Waber (BE), trat auf Ende August 2009 zurück. Er kündigte an, zukünftig innerhalb der Partei Aufbauarbeit zu betreiben. Sein Nachfolger ist Andreas Brönnimann, der zuvor im Grossen Rat des Kantons Bern sass. Brönnimann schloss sich der SVP-Fraktion an. Waber hatte fraktionslos politisiert.

An ihrer Delegiertenversammlung im August in Schaffhausen lehnte die EDU die Weiterführung und Ausdehnung der Personenfreizügigkeit mit der EU ab. Sie unterstützte die Referenden gegen die Personenfreizügigkeit, gegen das revidierte Betäubungsmittelgesetz und gegen die Einführung biometrischer Pässe. Zur Hanfinitiative und zum revidierten Betäubungsmittelgesetz wurde einstimmig die Nein-Parole ausgegeben. Die Delegierten diskutierten zudem die parteiinternen Strukturen. Die Partei strebt eine Reorganisation der Geschäftsleitung an. Christian Waber kündigte an, das Nationalratsmandat bald abzugeben und dafür in Zukunft mehr Zeit für die Arbeit im Parteisekretariat aufzuwenden.

Christian Waber (BE), einziger Nationalrat der EDU, politisierte 2008 fraktionslos. Er war Ende 2007 aus der SVP-Fraktion ausgetreten und lehnte einen Beitritt zu einer Fraktion mit der BDP ab.

Markus Wäfler (ZH) wurde im Oktober aus dem Nationalrat abgewählt und Christian Waber (BE) blieb damit der einzige EDU-Vertreter im Parlament. Der Stimmenanteil der EDU lag wie 2003 bei 1,3%. Waber schloss sich zunächst der SVP-Fraktion an, trat aber wieder aus dieser aus, als die SVP ihren Oppositionskurs beschloss. Er erklärte, er könne aufgrund des Oppositionskurses in der SVP-Fraktion seine eigene Meinung nicht mehr vertreten.

Die Delegierten der EDU wählten an Stelle des zurücktretenden Berner Nationalrats Christian Waber den Ostschweizer Hans Moser zum Parteipräsidenten. Moser war zuerst Mitglied der FDP, dann der EVP gewesen. Als diese die Ja-Parole zum EWR beschloss, gründete er mit Gleichgesinnten die EDU St. Gallen.

Im Nationalrat ist die EDU weiterhin mit ihrem Präsidenten Christian Waber (BE) vertreten.

Der einzige Nationalrat und Mitbegründer der EDU, Werner Scherrer (BE), trat aus dem Nationalrat zurück und liess sich durch Christian Waber ersetzen, der seit 1995 Präsident der EDU Schweiz ist.