Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Quatre ans après la fin du délai fixé dans la loi sur la protection des eaux (LEaux) pour l'assainissement des tronçons à débit résiduel en aval des prises d’eau concédées avant 1992, seuls trois quarts des prélèvements d'eau ont été assainis. En 2014, l'enquête de l'OFEV révélait la lenteur des cantons concernés – tous les cantons exceptés Schaffhouse, Bâle-Ville et Appenzell Rhodes-Intérieures – dans l'exécution de la tâche. Le Conseil fédéral avait donc exhorté les autorités compétentes de remplir leur obligation. Seuls Genève et Bâle-Ville ont respecté le délai. Les cantons de Soleure et d'Uri y sont parvenus avec deux ans de retard. Pour les autres cantons, les travaux d'assainissement sont encore en cours. Parmi les mauvais élèves figurent le Valais, le Jura et Appenzell Rhodes Extérieures. Depuis 2014, ils ont toutefois accéléré la cadence. Actuellement, le Valais doit encore procéder à un tiers des 250 prélèvements restants, et le canton des Grisons à un quart. La Confédération espère la fin de l'assainissement d'ici 2018.

Fabio Regazzi (cvp, TI), der seine Interessen als passionierter Fischer gleich zu Beginn der parlamentarischen Beratung seiner Motion darlegte, störte sich am Umstand, dass die Kantone gemäss einer 2014 erfolgten Änderung der Verordnung zum Bundesgesetz über die Fischerei (VBGF) nicht über die Zulassung von Widerhaken in Fliessgewässern bestimmen dürfen. Im Gegensatz dazu haben die Kantone die Kompetenz, Wiederhaken in gewissen Seen und Stauhaltungen zu erlauben. Ferner trage die Regelung dem Föderalismus auch insofern nicht Rechnung, als die Morphologie der Gewässer in den Kantonen sehr unterschiedlich sei. Nicht zuletzt verschwinde dadurch gerade im Tessin auch eine jahrhundertealte Tradition des Angelns mit toten Ködern. Der Nationalrat aus dem Südkanton wusste mit diesem Anliegen auch den Tessiner Anglerverband und den Staatsrat hinter sich.
Bundesrätin Leuthard hingegen konnte auf die Unterstützung des Schweizerischen Fischereiverbandes zählen und stellte sich dezidiert gegen das Anliegen. Ihr sei nicht bekannt, dass Fische im Tessin anders, resp. weniger, leiden als Fische in Fliessgewässern anderer Kantone. Sie verteidigte die bestehende Regelung im Namen des Tierschutzes – entgegen der Ansicht des Motionärs, der bereits in seiner Begründung argumentiert hatte, dass das Fischen mit Widerhaken kleinere Fische gar schütze. Eine fast geschlossen stimmende SVP sowie die Grossmehrheiten der CVP- und FDP-Fraktionen verhalfen der Motion zum Sieg in der grossen Kammer: Mit 98 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen nahm der Nationalrat das Anliegen in der Herbstsession 2016 an, womit dieses zur Beratung an den Zweitrat und dessen Kommission weitergereicht wurde.

Im März 2015 befasste sich der Ständerat als Erstrat mit neun Standesinitiativen zur Lockerung des Gewässerschutzgesetzes aus den Kantonen Schwyz (12.309), St. Gallen (12.320), Luzern (12.321), Schaffhausen (12.324), Uri (12.325), Nidwalden (13.301), Graubünden (13.307), Aargau (13.311) und Zug (13.314). Sie alle kritisierten die im Rahmen der letzten Gewässerschutzrevision aufgenommenen Bestimmungen zur Festlegung des Gewässerraumes, die als Gegenvorschlag zur Initiative "Lebendiges Wasser" (sog. Renaturierungs-Initiative) erlassen worden waren. Im Interesse der Renaturierung, des Hochwasserschutzes und der Gewässernutzung darf der Gewässerraum nur extensiv bewirtschaftet werden, wodurch die intensive landwirtschaftliche Nutzung oder der Bau von Liegenschaften innerhalb dieser Zone untersagt ist. Konkret wollten die Anliegen sicherstellen, dass landwirtschaftliche und die Siedlungsentwicklung betreffende Interessen bei der Bestimmung der Breite des Gewässerraumes berücksichtigt werden. Einstimmig mit einer Enthaltung empfahl die Kommission ihrem Rat, den Initiativen keine Folge zu geben, da sie den Anliegen mit einer kommissionseigenen Motion Rechnung zu tragen gedenke. Ferner verwies Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) auf eine im Jahr 2014 bereits in abgeänderter Form überwiesene Motion der UREK-NR, die in ihrer angenommenen Version verlangt, dass durch die Festlegung des Gewässerraumes effektiv verloren gegangene Fruchtfolgeflächen kompensiert werden müssen. Auch auf die sich in Arbeit befindende Revision der Gewässerschutzverordnung, die unter anderem Präzisionen zum Gewässerschutz vornehmen und den Kantonen mehr Handlungsspielraum einräumen will, machte Bischofberger aufmerksam. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner UREK-SR und gab den Initiativen keine Folge.
Anders der zweitberatende Nationalrat: Im Rahmen der Beratungen zur Motion der UREK-SR empfahl eine bürgerliche Kommissionsmehrheit ihrem Rat, den Standesinitiativen Folge zu geben, damit der Druck bei der sich in Umsetzung befindenden Revision der Gewässerschutzverordnung aufrecht erhalten werden könne. Die grosse Kammer folgte dieser Empfehlung mit 90 zu 73 Stimmen. Neben der SP, den Grünen und den Grünliberalen plädierte eine Minderheit aus der CVP/EVP- sowie aus der BDP-Fraktion erfolglos für Nicht-Folgegeben.
Somit ging das Anliegen zurück in den Ständerat, der den endgültigen Entscheid in der Wintersession 2015 angesichts des unterdessen verabschiedeten ersten Teils der Gewässerschutzverordnungsrevision sowie der mittlerweile angenommenen Motion der UREK-SR treffen konnte. Diese Ausgangslage veranlasste den Ständerat, an seinem früher gefällten Entscheid festzuhalten und den Standesinitiativen keine Folge zu geben. Diese sind somit erledigt.

Mit Inkrafttreten der revidierten Fremd- und Inhaltsstoffverordnung (FIV) per 1. Januar 2014 war der Grenzwert für Arsen von 50 auf 10 Mikrogramm gesenkt sowie ein Grenzwert für Uran festgelegt worden (30 Mikrogramm). Die neuen Grenzwerte entsprechen den durch die WHO festgelegten Richtwerte. Die Senkung hatte zur Folge, dass die Grenzwerte in Gewässern einzelner Versorgungsgebiete, die sich insbesondere in den alpinen Regionen der Kantone Graubünden, Tessin und Wallis befinden, überschritten wurden. Im April 2015 erschien in der Fachzeitschrift "Aqua & Gas" ein Artikel der EAWAG zu Methoden der Arsen- und Uranentfernung aus dem Trinkwasser. Die Studie folgert, dass der Arsengehalt in Gewässern am Besten mit Eisenoxidfiltern reduziert werden könne. Einer erhöhten Urankonzentration sei in erster Linie mit Ionentauschern zu begegnen.

Ähnliche Anliegen wie die Motion Müller (cvp, LU) sowie eine im Jahr 2012 vom Nationalrat behandelte Motion der UREK-NR verfolgten vier im Jahr 2013 eingereichte Standesinitiativen der Kantone Aargau, Graubünden, Nidwalden und Zug. Gleich wie die fünf bereits 2012 deponierten kantonalen Initiativen aus Schwyz, St. Gallen, Luzern, Schaffhausen und Uri forderten sie eine Anpassung des Gewässerschutzgesetzes (GSchG) zur besseren Berücksichtigung von Interessen der Landwirtschaft und Siedlungsentwicklung bei der Festlegung des Gewässerraumes.

Fünf im Berichtsjahr eingereichte Standesinitiativen aus den Kantonen Luzern, Schaffhausen, Schwyz, St. Gallen und Uri wollten die Interessen der Landwirtschaft sowie der Siedlungsentwicklung gegenüber ökologischen Anliegen und Anliegen des Hochwasserschutzes im Bereich des Gewässerschutzes stärker einbringen. Zusätzlicher Widerstand formierte sich in anderen ländlich geprägten Kantonen, darunter die Kantone Aargau und Nidwalden, welche im Berichtsjahr ebenfalls über die Einreichung einer Standesinitiative diskutierten. Die parlamentarische Behandlung der fünf eingereichten Standesinitiativen (Kt.Iv. 12.309 (SZ); Kt.Iv. 12.320 (SG); Kt.Iv. 12.321 (LU); Kt.Iv. 12.324 (SH); Kt.Iv. 12.325 (UR)) fand im Berichtsjahr noch nicht statt.

Du 20 au 23 août, 17 cantons (Seuls les deux Appenzell, les deux Bâle, Genève, Neuchâtel, Thurgovie et le Tessin ont été épargnés.) ont été touchés à des degrés divers par de fortes intempéries. Le record de précipitations a été établi à Napf (BE) où l’on a mesuré 187 millimètres ou litres d’eau par m2 en quarante-huit heures. À la différence des orages d’été, ces intempéries se sont caractérisées par leur longue durée. Ces intempéries ont eu pour origine une dépression durable qui ramenait de l’humidité depuis la Méditerranée et qui ne s’éloignait que lentement vers l’Est. Le problème a été aggravé par la douceur de l’air. Ainsi, la limite des chutes de neige ne s’est située qu’entre 2500 et 3000 mètres. De ce fait, les précipitations ne sont pas tombées sous forme de flocons. Elles ont coûté la vie à six personnes et ont causé des dégâts considérables aux habitations et aux infrastructures. De nombreuses rivières sont sorties de leur lit, provoquant des inondations ou des glissements de terrains. Les habitants du quartier de la Matte en ville de Berne ont dû être évacués. La Vallée de l’Entlebuch (LU) et celle d’Engelberg (OW) se sont retrouvées coupées du monde. L’armée a engagé 1000 militaires et 11 hélicoptères pour venir en aide aux personnes sinistrées. Après décompte, l’Association suisse d’assurances a estimé à 1,335 milliards de francs le montant des dommages assurés auprès de ses membres. Les établissements cantonaux d’assurance incendie, qui couvrent les dommages aux immeubles, les ont chiffrés à 665 millions. En collaboration avec les cantons, le Conseil fédéral a évalué les dégâts aux infrastructures publiques (structures hydrauliques, routes, chemins de fer) à 536 millions. Conformément à la loi, le CF a rappelé que la Confédération prendra en charge les frais de reconstruction de routes principales et d’autoroutes endommagées jusqu’à raison des trois quarts des coûts. Elle aidera aussi les chemins de fer privés, mais pas les CFF, ni Swisscom.
Uri, Obwald et Nidwald, trois cantons particulièrement touchés, ont demandé au gouvernement une aide financière exceptionnelle. En fin d’année, le gouvernement a décidé de libérer 251 millions de francs pour les dégâts occasionnés au domaine public par les intempéries. Il s’est toutefois refusé à demander au parlement des crédits spéciaux, vu la mauvaise santé financière de la Confédération (Ip.05.3472).

Durant la semaine du lundi 9 au samedi 14 octobre, il a plu 395 litres/m2 au Simplon alors qu'en temps normal la moyenne mensuelle est de 239/m2. Combinés à la fonte des neiges et une limite des chutes de neige qui s'est élevée, le Valais, le Tessin ainsi que le Val d'Aoste ont été les victimes d'un véritable déluge. Le Rhône a atteint des débits records de 1400m3/seconde, soit plus du double d'une crue normale. La situation la plus critique a été en Valais: une coulée de boue a dévasté le village de Gondo (12 morts), un éboulement a touché Neubrück (3 morts), le village de Baltschieder a été éventré, éboulement à Fully, inondations et évacuations à Martigny (1 mort), à La Sage, Klapetran, Chippis, dans le Valais central et au Chablais. Au Tessin, le Lac Majeur est monté de quatre mètres au-dessus de son niveau normal, inondant les régions de Locarno, d'Ascona et de Gambarogno. Pour faire face au désastre, l'armée et la protection civile ont été appelé à la rescousse. Le canton du Valais a estimé les dégâts causés au patrimoine public valaisan à 343,4 millions de francs: feu 12,5 millions, cours d'eau 177,8, protection des eaux 17,9, forêts 20, infrastructure agricoles 19,9, bâtiments publics 17,5, routes principales suisses 9,4, routes nationales 47,8, dégâts aux autres routes 20,2. Les dégâts causés chez les privés étaient évalué à 140 millions. En décembre, le Conseil fédéral a débloqué 150 millions pour les cantons du Valais, du Tessin et de Vaud afin de réparer les dégâts causés par les intempéries. Ces derniers se montaient à 670 millions de francs; 310 concernant les biens du domaine public et 360 millions pour particuliers. Ainsi la Confédération prendra en charge la moitié des frais de remise en état, et les assurances couvrant ceux des particuliers. Le Valais recevra la plus grosse part de la manne fédérale; au Tessin, les dommages publics de 10 millions de francs sont relativement minimes par rapport à ceux du privé (160 millions).