Alors que la recherche de fonds pour la nouvelle caserne des Gardes suisses au Vatican arrive à son terme, en Suisse alémanique, de nombreux éclats médiatiques ont fait parler du financement du nouveau bâtiment. Ce qui pour certain.e.s est un soutien à un symbole national important n'est pour d'autres qu'une infraction à la laïcité de la part de la Confédération suisse. En effet, sur les CHF 50 millions que la fondation pour la caserne de la Garde suisse doit récolter afin de financer le nouveau projet, il a été décidé que la Confédération et les cantons verseront respectivement CHF 5 et 4.5 millions pour la rénovation de la caserne pontificale datant du 19ème siècle.
À Lucerne, le groupe «libre-pensée» a lancé un référendum cantonal, qui a abouti en mars 2022 avec la récolte de 7'477 signatures afin de stopper cette dépense. Pour ce groupe, le canton de Lucerne n'a pas à participer au financement de l'église catholique. Douze représentants de huit groupes politiques (Jeunes PS, PS, Jeunes Vert-e-s, Vert-e-s, Jeunes PVL, PVL, FDP et Jeunes UDC) ont soutenu ce référendum. Le peuple lucernois devra voter sur le sujet prochainement.
À Uri, alors qu'aucune annonce officielle n'avait été faite, Jolanda Joos (UR, ps), membre de la commission des finances du canton d'Uri, suivant l'argumentaire de «libre-pensée», a déposé une série de questions à l'intention de son canton, dont une principale concernait l'origine des oppositions à cet investissement: pourquoi cet argent vient-il des impôts que tous les habitants et habitantes du canton paient alors qu'un quart de ceux-ci ne sont pas catholiques? En réponse à cette question, le canton a évoqué la longue tradition qui lie le canton d'Uri et la Garde suisse ainsi que l'importance que cette relation a pour la culture uranaise.

Suite à la présentation par le DDPS, fin 2004, du nouveau concept de « stationnement de l’armée » prévoyant un plan de réduction drastique de l’infrastructure militaire, et notamment du nombre d’aérodromes, d’arsenaux et de places de tir, de vives réactions sont apparues lors de la procédure de consultation qui courait jusqu’au début du mois de février 2005. La majorité des critiques ont toutefois émané des cantons alémaniques – les cantons romands étaient en effet plus ou moins d’accord avec la version du concept de stationnement présentée en décembre 2004 –, dont plusieurs gouvernements des cantons concernés par les adaptations structurelles (parmi eux Glaris, les Grisons, Obwald, Thurgovie, Uri et Zurich). Choqués par la volonté du DDPS de fermer les aérodromes militaires de Dübendorf (ZH) et d’Alpnach (OW), officiers des forces aériennes zurichoises et hommes politiques alémaniques, dont les conseillers nationaux UDC Max Binder (ZH) et Roland Borer (SO), ont vivement protesté contre cette décision, qui aurait, selon eux, de graves conséquences au niveau des capacités d’engagement aérien en Suisse orientale. Ces personnes ont en outre présenté une alternative au projet du DDPS, qui prévoyait le maintien de l’aérodrome de Dübendorf et de celui d’Alpnach.