Le Conseil fédéral n'émet aucune proposition concernant le projet de la CIP-CE relatif à l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Il partage la revendication de la commission quant à la préservation de la marge de manœuvre des cantons. Toutefois, il insiste sur le rôle du Tribunal fédéral en la matière et sur le respect des exigences juridiques minimales. Selon lui, un système électoral doit respecter les principes démocratiques tout en tenant compte du contexte historique et social d'une collectivité locale.

Le Conseil des Etats s'est penché sur le projet de la CIP-CE faisant suite aux initiatives cantonales (14.316 et 14.307) visant l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Le débat sur l'entrée en matière a suscité de nombreuses discussions. Le résultat de la procédure de consultation a été à maintes reprises mobilisé pour soutenir la divergence de positions entre les cantons. La question de la garantie des droits fondamentaux inscrits dans la Constitution aux articles 8 et 34 a également été soulevée. Une comparaison avec la procédure électorale du Conseil national a également été faite, pour dénoncer l'ingérence du Tribunal fédéral dans l'organisation et les procédures électorales cantonales. L'entrée en matière a été finalement décidée par 26 voix contre 14.
Le débat s'est poursuivi lors de la discussion par article. L'alinéa 1bis ajouté à l'article 39 Cst sur proposition de la majorité de la commission est approuvé par 24 voix contre 16. Au vote d'ensemble, le projet de la CIP-CE est alors adopté par 26 voix contre 15. Les représentantes et représentants des cantons de Vaud, de Neuchâtel, du Jura, de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne ont voté selon la position de leur canton lors de la procédure de consultation, à savoir contre une modification constitutionnelle ou en faveur de la proposition de la minorité. Robert Cramer (verts, GE) et Paul Rechsteiner (ps, SG) ont statué, comme leur canton, en faveur de la proposition de la minorité. Daniel Jositsch (ps, ZH) a défendu la position du canton de Zurich en faveur de la proposition de la minorité, a contrario de Ruedi Noser (plr, ZH). Finalement, Pascale Bruderer Wyss (ps, AG), Hans Stöckli (ps, BE) et Roberto Zanetti (ps, SO) n'ont pas représenté l'avis de leur canton, en votant contre le projet de la commission. Sous l'angle partisan, sept des huit parlementaires contre le projet, sont socialistes. Ces derniers ont supporté l'avis de leur parti. C'est au tour du Conseil national de se prononcer sur le projet.

Lors de la consultation de l'avant-projet pour l'autonomie cantonale en matière d'organisation et de procédures électorales, 13 cantons (BE, LU, UR, SZ, OW, ZG, SO, AR, AI, GR, AG, TI, VS) ont statué en faveur de la proposition de la majorité de la CIP-CE. Quatre autres cantons (ZH, SG, VD, GE) ont préféré ancrer la pratique du Tribunal fédéral dans la Constitution fédérale, selon le souhait de la minorité de la commission. Neuchâtel s'est positionné plutôt en défaveur de l'avant-projet. Les autres cantons (BS, GL, FR, TH, SH, NW, JU, BL) se sont opposés à celui-ci, et donc à une modification constitutionnelle. Au niveau des partis nationaux, le PDC et l'UDC se sont prononcés en faveur de l'avant-projet. Le premier soutenait la variante de la majorité, le second celle de la minorité. Le PLR, le PS, le PEV, les Verts et le PVL étaient contre une modification constitutionnelle. Les sections cantonales grisonnes des Verts, de l'UDC et du PS étaient contre l'avant-projet. Les partis socialistes uranais et st-gallois partageaient également cette position. Les associations qui se sont exprimées, ont plutôt émis des avis positifs. L'Union suisse des arts et métiers (USAM), l'Union suisse des paysans (USP), le Centre patronal et economiesuisse ont approuvé la proposition de la majorité de la CIP-CE. L'Union suisse des villes (USV) et le particulier s'étant exprimé, se sont positionnés contre l'avant-projet. L'Organisation des suisses de l'étranger (OSE) a saisi l'occasion pour rappeler que tous les cantons ne permettaient pas aux Suisses de l'étranger de participer aux élections du Conseil des Etats.
Dans les prises de positions favorables à la proposition de la majorité, des arguments liés au respect du fédéralisme, de l'autonomie cantonale et de la légitimité des systèmes électoraux cantonaux ont été avancés. Le manque de cohérence et de clarté de la jurisprudence y relative du Tribunal fédéral a également été soulevé. Pour les partisans de la variante de la minorité, la proposition en question aurait permis de limiter la jurisprudence du Tribunal fédéral. Outre l'amélioration de la sécurité juridique, elle aurait également favorisé le respect des intérêts cantonaux et des principes constitutionnels. Du côté des opposants à l'avant-projet, l'interprétation du Tribunal fédéral n'aurait pas entravé la souveraineté cantonale. Le principe d'équivalence d'influence sur le résultat est important et l'avant-projet n'aurait pas amélioré la sécurité juridique.
A l'appui des résultats de la procédure de consultation, par 7 voix contre 5, la CIP-CE a décidé de maintenir la teneur de la modification soumise à consultation. Par 7 voix contre 3 et 2 abstentions, les membres de la Commission ont choisi de transmettre au Conseil des Etats le projet reposant sur la variante de la majorité. Au Conseil fédéral de formuler son avis.

Trois nouvelles demandes concernant des parcs d’importance nationale ont été déposées auprès de l’OFEV au cours de l’année sous revue. Les cantons de Nidwald et d’Uri ont présenté une demande d’aides financières pour la création du parc naturel régional « Naturpark Urschweiz », alors que ceux des Grisons et du Tessin l’ont fait pour le projet de parc national « Parc Adula ». Le canton des Grisons a par ailleurs demandé l’attribution du label « Parc » pour le parc naturel régional « Biosfera Val Müstair ». L’OFEV a répondu favorablement aux trois demandes. Par ailleurs, l’UNESCO a approuvé l’extension du Parc national suisse par l’intégration du Val Müstair au titre de zone tampon et d’aire de transition. Ceci étant, pour conserver à long terme la protection que garantit le statut de réserve de biosphère de l’UNESCO, la Suisse doit compléter la zone tampon de telle sorte que cette dernière encercle totalement le parc national et élaborer un plan de gestion pour l’ensemble de la réserve d’ici à fin 2013.

Afin de préserver le patrimoine de la région du Gothard face aux divers projets de développement à l’étude ou en cours d’examen par les autorités, la Fondation suisse pour le paysage a émis l’idée de présenter à l’UNESCO une demande de reconnaissance de biosphère pour le Gothard. Les gouvernements des quatre cantons concernés (GR, TI, UR et VS) se sont dits ouverts à cette proposition, tout en faisant part de leur scepticisme. En effet, ils ont estimé que les restrictions d’exploitation qui résulteraient d’une telle reconnaissance seraient préjudiciables au développement de la région et au bien-être des populations concernées.

Der Regierungsrat von Uri gab bekannt, er beabsichtige, die alte Gotthard-Eisenbahnlinie ins Weltkulturerbe der UNESCO eintragen zu lassen. Eine Kandidatur sei allerdings frühestens 2010 möglich.

A la date d’échéance du concours pour la création d’un second Parc national, six régions se sont présentées comme candidates. Le Cervin (VS), les Muverans (VS/VD) et le Maderanertal (UR) sont venus s’ajouter aux trois dossiers initiaux. Toutefois pour connaître les contours clairs du nouveau parc, il faudra attendre la révision de la loi fédérale sur la protection de la nature, qui jusqu’alors ne pipait mot des parcs nationaux. C’est elle qui fixera les critères requis. En attendant, les divers promoteurs ont chacun lancé leur étude de faisabilité. Conformément au projet de loi, le DETEC prépare également les catégories de parc régional et de domaine sauvage. Ces derniers existent déjà sous différentes formes dans quelques cantons.

Au 1er août, l’inventaire fédéral des zones alluviales d’importance nationale a été complété par 66 marges proglaciaires et plaines alluviales situées au-dessus de la limite de la forêt dans les cantons de Berne, Uri, Glaris, Grisons, Tessin et Valais. A cette même date, les périmètres de certaines zones alluviales de basse altitude et de certains bas-marais et sites marécageux ont été adaptés aux délimitations de détail, dans les cantons de Fribourg et de Vaud. Les zones alluviales alpines ou de basse altitude sont des milieux naturels dynamiques, dans lesquels les inondations, l’érosion et le dépôt d’alluvions jouent un rôle important. Leur conservation permet de protéger de nombreuses espèces animales et végétales menacées qui ont besoin de ces conditions pour vivre.

Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification.

L'Allemagne, la France, l'Italie, la Yougoslavie, le Liechtenstein, l'Autriche et la Suisse ainsi que la CE ont décidé de mener une politique globale de conservation des Alpes par le biais d'une Convention sur la protection des Alpes qui tire son origine d'une résolution établie à la conférence de Berchtesgaden (RFA) en 1989. Une série de protocoles doit préciser les mesures à prendre et les lignes de conduite à tenir pour atteindre ce but. Cela concerne notamment cinq domaines: la protection de la nature et du paysage, les transports, l'économie de montagne, le tourisme et l'aménagement du territoire. Les transports forment le volet le plus important; il s'agit de diminuer les risques qu'ils font peser sur les hommes, les animaux et les plantes, en particulier par le transfert de la route au rail du transit de marchandises. Le projet de Convention mis en consultation par le Conseil fédéral a reçu un bon accueil de la part de la majorité des cantons, partis et organisations concernés. Certains opposants, notamment les cantons montagnards comme UR, GR, VS, TI, 0W et GL, ont cependant estimé qu'il portait atteinte à la souveraineté cantonale et qu'il pourrait nuire au développement économique des régions de montagne. La Suisse a ainsi signé la convention en novembre, à Salzbourg, tout en émettant certaines réserves et en signalant que le bon déroulement des négociations sur les protocoles additionnels serait une condition de la ratification.