Le Conseil fédéral a mis à l’enquête la "variante plaine" dans le cadre du tracé des NLFA à Uri. Il n’en a pas fait de même avec la "variante montagne", car pour lui l’option plaine primait et il voulait aller de l’avant afin de tenir les délais. Un commencement rapide des travaux entre Altdorf et Erstfeld était crucial pour respecter les délais de la réalisation du tunnel de base du Gothard. Or, le risque d’un retard de deux ans, à cause de la longueur de la procédure dans le canton d’Uri, planait sur la mise en service des NLFA, prévue pour 2010-2011. La réponse des uranais (citoyens, communes, organisations de protection de l’environnement, associations et canton) à la variante plaine s’est soldée par 900 oppositions. Ces derniers ont réaffirmé leur préférence pour la variante montagne, à savoir un passage intégral ou partiel dans la montagne. Le tracé mis à l’enquête entre le tunnel de l’Axen à Flüelen et le portail du futur tunnel de base (au nord d’Erstfeld) prévoit de traverser Uri à l’air libre sur six ou sept kilomètres. La digue où circuleront les trains rapides sera beaucoup plus élevée que l’actuelle, atteignant six mètres de haut (plus de deux mètres de parois antibruit). Près d’Erstfeld, la plate-forme s’élargira de 60 mètres, car on y installera des voies d’attente où les futurs longs convois de marchandises (1,5 km) céderont la place aux trains voyageurs. La variante montagne a reçu un appui inattendu sous la forme des résultats d’une étude commandée par la Confédération. Ceux-ci estimaient les variantes partiellement ou entièrement souterraines (dans la montagne) comme "techniquement réalisables". Toutefois, les experts reconnaissaient qu’aucune conclusion définitive ne pouvait être tirée quant à la variante idéale et, que si ce tracé réduisait les nuisances, son financement coûterait entre CHF 550 et 700 millions de plus que la variante plaine. Sur base de ces résultats, la commission des transports du National a demandé au Conseil fédéral d’étudier l’intégration de ce tronçon dans le plan sectoriel. Le gouvernement pouvait encore le faire, car le financement du projet devait encore passer devant le parlement. Pendant ce temps, Peter Föhn (udc, SZ) a retiré son initiative parlementaire intitulée "Tracé de la NLFA dans le canton d’Uri. Variante montagne" (01.425). A la lumière de ce rapport et des oppositions lors de la mise à l’enquête, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait en tenir compte comme base de décision pour la suite des travaux.

NEAT-Linienführung im Kanton Uri