A la lumière de la faisabilité d’un tracé entièrement souterrain dans le canton d’Uri, diverses variantes de la future NLFA ont été développées. Moritz Leuenberger et les représentants du gouvernement uranais se sont ensuite rencontrés, afin de plancher sur les avantages et les inconvénients techniques des différentes variantes, sur leurs conséquences financières et sur les effets sur la planification de la construction. Tenant compte des réclamations uranaises et de la nécessité de réduire les nuisances sonores et environnementales, le Conseil fédéral a décidé d’enterrer complètement la NLFA. La variante "montagne" – entièrement souterraine – remplaçait ainsi le projet initial à ciel ouvert dans la plaine de la Reuss au nord d’Altdorf (variante "plaine"). Ce nouveau tracé impliquait des modifications du projet dans la future bifurcation souterraine Uri Sud, ainsi que des investissements préalables de CHF 100 millions pour pouvoir continuer plus tard le tracés souterrain sans interruption de l’exploitation. Les travaux de construction du tunnel de base du Gothard ne seraient toutefois pas retardés par ces adaptations. Le Conseil fédéral a en outre renoncé à faire passer la jonction entre la ligne existante et le tunnel de base sous la rivière Schaechen. Avec la mise en service du nouveau tracé, les investissements supplémentaires de CHF 250 millions ne se justifiaient plus. La solution "montagne" se montera à CHF 2,2 milliards, soit un milliard de plus que dans la planification. Ce prolongement de la ligne de base sous le Gothard entraînera la construction de 23 kilomètres de tunnel supplémentaires entre Brunnen (SZ) et Erstfeld (UR). S’ajoutant aux 57 kilomètres prévus de Erstfeld à Bodio (TI), la transversale alpine atteindra la longueur record de 80 kilomètres sous terre. La sécurité des transports sera assurée par deux sorties de "secours" à Flüelen (UR) et Erstfeld. Ces aménagements à ciel ouvert ont été critiqués par le canton d’Uri. La SA AlpTransit Gothard a été chargée d’élaborer un nouveau projet de mise à l’enquête pour la liaison avec la ligne existante (Uri Sud). Le Conseil fédéral se prononcera définitivement en 2003. Mais avant, il devra présenter au parlement un crédit de planification, puis le message comportant le tracé définitif et son financement. Ce dernier tiendra compte du fait que le montant de CHF 2,2 milliards ne peut être financé dans le cadre légal prévu par les transversales alpines. La réalisation du tracé souterrain est prévue à partir de 2020 et sous réserve d’une éventuelle votation populaire. Pour le Conseil fédéral, il ne pouvait être question d’une réalisation anticipée – le gouvernement d’Uri souhaitait le début des travaux en 2012 et a continué de le réclamer plus tard –, car cela risquerait de compromettre d’autres projets tels que les NLFA déjà décidées, la 2ème étape de Rail 2000 ou les raccordements au réseau européen ferroviaire à grande vitesse.

La croissance ininterrompue du nombre des poids lourds utilisant l’axe du Gothard a placé le Tessin proche du point de saturation. Malgré les retards à la douane, la taxe RPLP, les encombrements et les heures perdues dans les bouchons, l’A2 demeure l’itinéraire idéal de franchissement des Alpes, plus attrayant que le Brenner (A) ou le Fréjus (F). Pour réguler cette situation, une task force "Transit routier de marchandises" a été créée. Elle comprenait les représentants des Départements fédéraux des finances (DFF) et des transports (DETEC), des représentants des cantons concernés par le trafic entre Bâle et Chiasso et des transporteurs. Sa première mesure a été de laisser la frontière ouverte les nuits du week-end pascal aux poids lourds afin de faire place aux milliers de véhicules privés lors la journée. Après analyse de la situation, la task force a proposé un paquet de mesures au Conseil fédéral. Pressé par la situation, le Conseil d’Etat du Tessin a lui aussi envoyé son catalogue de mesures. Une des requêtes soumises par le Tessin a immédiatement reçu le feu vert de la Confédération : le système de parking des camions à la douane sera amélioré.
De concert avec les cantons riverains, Moritz Leuenberger a répondu par des mesures à l’avalanche endémique de camions qui s’abat sur le principal axe de transit routier suisse. Le ministre des transports a tenu à préciser, sur l’opportunité d’un deuxième tunnel, que le problème ne venait pas du Gothard, mais de la saturation des douanes à Chiasso et à Bâle. La première mesure concernait les places d’attente pour les camions. Dans un geste de solidarité, tous les cantons ont accepté d’en créer. Il y en aura 1'400 au total et un contingent maximal a été fixé par canton : les plus gros fournisseurs seront le Tessin et Bâle-Campagne (350), Uri (250), Lucerne (250), Bâle-Ville (200). Toutes ces places seront aménagées sur les autoroutes ou sur les aires de repos attenantes. Les objectifs de régulation seront désormais communs et ils seront mis en musique par une commission mixte Confédération-cantons, qui prendra la relève de la task force. Les cantons ont refusé la proposition du ministre des transports de prévoir des parkings d’urgence sur les aérodromes d’Ambri (TI) et Buochs (NW), ainsi que sur un tronçon routier parallèle dans le canton de Bâle-Campagne. A leurs yeux, ceux-ci risquaient d’augmenter le trafic plutôt que de le résorber. La deuxième mesure visait à créer des installations aux postes de douane pour séparer les camions en transit et les camions à destination de la Suisse. Deux ans seront nécessaires pour leur mise en place. Toujours au sujet de la douane, Moritz Leuenberger entendait harmoniser avec nos pays voisins les heures d’ouverture lors des jours fériés. L’interdiction de dépasser pour les camions, issue du modèle italien, a aussi été évoquée. Le ministre des transports a promis d’étudier la portée de son application en Suisse. La proposition de la task force pour le classement de la route cantonale Stabio-Gaggiolo en autoroute et son raccordement à l’autoroute italienne, afin de désengorger Chiasso, n’a par contre pas été retenue.