Le Conseil national a recommandé à une très large majorité le rejet de l'initiative «Pour des produits alimentaires bon marché et des exploitations agricoles écologiques» déposée en 1994 par l'Association des petits et moyens paysans (VKMB). Lors du vote, seuls les députés écologistes, indépendants, démocrates suisses ainsi qu'une majorité des socialistes se sont prononcés en faveur du texte, ces derniers précisant qu'ils prendraient cependant une position définitive en la matière une fois connu le visage final de la réforme «Politique agricole 2002».

Rejetant par ailleurs un contre-projet proposé par l'indépendant Wiederkehr (ZH) – jugé présenter une version uniquement édulcorée de l'initiative – les conseillers nationaux ont dénoncé les graves dangers que celle-ci ferait courir à l'agriculture indigène et à l'économie tout entière. La disparition préconisée par les initiants de tout moyen de soutien à l'agriculture à part les paiements directs et une certaine protection douanière fut notamment incriminée. Selon la majorité de la grande chambre, la suppression des soutiens aux prix agricoles et autres garanties de prise en charge au profit des seuls paiements directs pourrait amener les agriculteurs à se désintéresser totalement de la production et à devenir uniquement de simples jardiniers des paysages helvétiques. Il fut également relevé que la disparition du subventionnement des prix des produits agricoles destinés à l'industrie agro-alimentaire se ferait sans doute au détriment de cette branche très fortement exportatrice. Rejoignant le point de vue exprimé par les conseillers nationaux, le chef de l'économie, J.-P. Delamuraz, a pour sa part relevé qu'il deviendrait impossible pour la Confédération, en cas d'acceptation de l'initiative, de prendre des mesures de soutien telles que celles adoptées pendant la crise de la vache folle.

Autre élément de l'initiative à retenir l'attention des députés, la proposition de plafonner les paiements directs à CHF 50'000 et, par conséquent, de verser la même aide à toutes les exploitations dépassant 17 hectares a suscité de vives critiques au sein des rangs bourgeois du Conseil national. Selon ces derniers, cette disposition constituait une entrave inadmissible à l'évolution structurelle du secteur primaire, empêchant un regroupement des exploitations pourtant susceptible de permettre d'importantes économies d'échelle.

Si, sur le fond, les conseillers nationaux ont partagé l'avis négatif exprimé par le gouvernement – lequel avait précédemment également recommandé le rejet de l'initiative – ils n'ont en revanche pas suivi l'exécutif sur une question plus strictement juridique. L'initiative visant explicitement à compléter l'article constitutionnel (art. 31 bis al. 3 lett. b) remplacé entre-temps par une nouvelle disposition (art. 31 octies), le Conseil fédéral avait estimé que son acceptation par le peuple et les cantons équivaudrait le cas échéant à réintroduire l'ancien article. Conformément à l'avis exprimé par la commission de l'économie et des redevances ainsi que par le comité des initiants défendant que le texte en question s'appliquait désormais à la nouvelle disposition, les conseillers nationaux ont jugé que cette solution n'était pas conforme à l'idéal démocratique: incitant les citoyens à rejeter l'initiative sous peine de réintroduire l'ancien article constitutionnel désormais dépassé, elle empêchait la libre formation de la volonté populaire.

Examinant à son tour l'initiative du VKMB, le Conseil des Etats a, à l'unanimité des voix, recommandé son rejet en invoquant les mêmes griefs que ceux avancés par le Conseil national. Sur la question juridique mentionnée ci-dessus, les représentants des cantons ont également suivi l'opinion de la grande chambre.

Défendant également le principe du contre-projet, la commission du Conseil national a néanmoins jugé que la proposition de la petite Chambre ne prenait pas suffisamment en compte les revendications des vainqueurs des votations du mois de mars, et n'avait de ce fait que peu de chances de l'emporter en votation populaire. Par conséquent, elle a élaboré un projet plus exigeant du point de vue du respect de l'environnement et plus à même, selon elle, de satisfaire les consommateurs. En effet, d'une part, outre de soumettre également l'octroi de paiements directs au respect d'exigences écologiques minimales, la version de la commission prévoit l'adoption par la Confédération de normes obligeant les producteurs à déclarer la provenance, la qualité et les méthodes de fabrication de leur produits; d'autre part, elle proscrit l'utilisation abusive d'éléments fertilisants, de produits chimiques et autres matières auxiliaires. Par rapport à l'initiative «paysans et consommateurs», l'article proposé à la Chambre du peuple renonce néanmoins à des prescriptions trop détaillées en matière de protection des animaux ainsi qu'à toute mention d'une taxe d'incitation sur les engrais.

En plénum, la grande Chambre, de même que le gouvernement, a donné sa préférence de manière très nette à l'article proposé par sa propre commission, à l'exception de quelques députés automobilistes et agrariens, qui ont appuyé sur proposition du député Weyeneth (udc, BE) la version du Conseil des Etats, et des députés de l'AdI favorables à l'initiative «paysans et consommateurs». De nombreux orateurs ont fait valoir que ce projet était susceptible de faire l'objet d'un large consensus au sein de la population. Le seul aspect du contre-projet à faire l'objet d'une discussion a porté sur l'alinéa stipulant que les agriculteurs devraient fournir la preuve du respect d'exigences à caractère écologique pour pouvoir prétendre à des paiements directs. Les groupes bourgeois ont tenu à préciser que cet alinéa ne devait en aucun cas être interprété comme excluant le versement à l'avenir des paiements directs complémentaires. Le rapporteur de la commission, le libéral Gros (GE) ainsi que le conseiller fédéral Delamuraz ont tenu à les rassurer en insistant sur le fait que l'alinéa concerné signifiait uniquement qu'à l'avenir les paiements directs pour prestations écologiques constitueraient la part principale des aides publiques au monde agricole.

Dès le lendemain de la votation sur l'initiative en faveur des petits paysans, l'USP lança la sienne intitulée «pour une agriculture paysanne compétitive et responsable de l'environnement». La récolte des signatures démarra tambour battant, I'USP ayant mobilisé toutes ses énergies. La centrale paysanne, consciente du désir de changement manifesté par le souverain, a agi ainsi, selon son directeur Melchior Ehrler, pour éviter que l'on ne fasse une politique agricole sans les paysans. Dans le même temps, l'Alliance des Indépendants (Adl) et le groupe de travail pour une Nouvelle politique agricole (NAP, sigle alémanique) annonçaient leur intention de lancer leurs propres initiatives. Après de longues négociations, ces deux derniers sont arrivés à un accord et présenteront un texte unique qui reste à rédiger.

Les trois projets originels ont un tronc commun qui comprend la volonté d'une agriculture plus proche de l'environnement, plus favorable aux exploitations paysannes familiales et moins industrielle. Cependant, les modalités diffèrent et des divergences existent. Le texte de l'AdI est le plus «européen» et insiste sur un plus grand respect des lois du marché en même temps qu'une meilleure protection de la nature par le biais de bases fourragères suffisantes, de paiements directs et de taxes sur les engrais chimiques. Celui de la NAP est axé sur des objectifs écologiques où la Confédération et les cantons auraient un rôle accru. Il vise à protéger les petites exploitations, à diminuer le nombre d'unités de bétail autorisé à l'hectare et à assurer que les fourrages importés soient produits selon des normes identiques à celles de la Suisse. L'initiative de I'USP est celle qui apporte le moins de changements à la politique officielle. Toutefois, elle permet à la centrale paysanne de soutenir le principe d'un usage plus généralisé des paiements directs. Néanmoins, la plupart du revenu paysan devrait toujours être assurée par les prix agricoles. Ce projet veut également encourager les exploitations paysannes qui cultivent le sol et qui ont une base fourragère propre. La Confédération devrait adapter la production aux conditions d'écoulement et réglementer l'utilisation des produits auxiliaires. L'objectif d'avoir une production susceptible d'assurer l'indépendance du pays est maintenu. Pour leur part, J.-P. Delamuraz et l'Office fédéral de l'agriculture ont estimé qu'il n'y a pas besoin de nouvelles initiatives pour procéder aux réformes nécessaires.