En 1992, le Conseil fédéral avait présenté un contre-projet aux deux initiatives populaires, «Pour une agriculture compétitive et respectueuse de l'environnement», lancée par l'USP, et «Paysans et consommateurs — Pour une agriculture en accord avec la nature», émanant des organisations de consommateurs, de paysans, de protection de l'environnement et de l’AdI.

Opposée à l'initiative populaire de l'USP et jugeant le contre-projet du Conseil fédéral trop sommaire, la commission de l'économie et des redevances du Conseil des Etats a élaboré un nouvel article constitutionnel 31 octies spécifique sur l'agriculture, qui définit avec plus de précision les tâches de la Confédération dans ce domaine; outre les principes généraux de la garantie de l'approvisionnement de la population, de l'utilisation durable des bases naturelles d'existence, de l'entretien du paysage rural et de l'occupation décentrée du territoire, l'article précise également les différentes mesures, notamment les paiements directs, que peut prendre la Confédération pour promouvoir les exploitations paysannes. Après avoir rejeté plusieurs propositions d'amendements, le Conseil des Etats a accepté à l'unanimité l'article proposé par sa commission; au vu de cette large approbation, le Conseil fédéral s'est par la suite rallié au projet adopté par les sénateurs.

Par ailleurs, sur proposition d'U. Zimmerli (udc, BE), qui, se basant sur la loi sur les rapports entre les Conseils, a rappelé que deux initiatives sur un même sujet devaient être traitées séparément par les Chambres fédérales et même que les délibérations sur la deuxième devaient avoir lieu après la votation sur la première, le Conseil des Etats a décidé de suspendre les délibérations sur l'initiative des consommateurs et des organisations de protection de l'environnement jusqu'à la votation populaire sur la première initiative et le contre-projet du Conseil des Etats.

Le Conseil fédéral a présenté son message sur les initiatives «pour une agriculture paysanne compétitive et respectueuse de l'environnement», déposée par l'USP,et «paysans et consommateurs – pour une agriculture en accord avec la nature», provenant de l'Adl et d'organisations de consommateurs, de paysans et de protection de l'environnement. Pour le gouvernement, les différentes tâches de l'agriculture qu'elles énumèrent sont globalement comparables à celles mentionnées dans le 7e rapport et mettent en lumière la nécessité d'assigner un devoir de «multi-fonctionnalité» à l'agriculture. Concernant les mesures proposées par les initiants, si, là-aussi, il y a recoupement avec le 7e rapport (paiements directs, amélioration des bases de production, mesures visant à orienter la production), le Conseil fédéral estime néanmoins que cela ne doit pas figurer dans la constitution, mais être réalisé au niveau des lois et des ordonnances. Par ailleurs, il considère que les mesures de protection à la frontière contenues par les deux textes sont tout à fait inadéquates dans le cadre des engagements pris au GATT et du processus d'intégration européenne. En conséquence, il a proposé le rejet de ces deux initiatives.

Cependant, le gouvernement a estimé nécessaire d'inscrire dans la constitution le principe de la «multifonctionnalité de l'agriculture», conformément à la nouvelle orientation de la politique agricole officielle. Il a ainsi proposé un contre-projet direct aux initiatives qui consiste, non pas en un nouvel article constitutionnel, mais en la modification de l'article 31bis 3e alinéa, lettre b permettant de compléter les tâches de l'agriculture pour lesquelles la Confédération peut édicter des dispositions en dérogeant au principe de la liberté du commerce et de l'industrie.

De fait, un projet d'article fut mis en consultation au printemps 1992. La majorité des partis, cantons et organisations a estimé que le projet du Conseil fédéral était insuffisant et qu'il fallait citer exhaustivement les missions dévolues à l'agriculture et définies dans le 7e rapport. Le texte finalement proposé aux Chambres contient ainsi, parmi les buts de l'activité fédérale dans le domaine agricole, l'encouragement d'«une agriculture productive, respectueuse de l'environnement et des animaux, servant à la sécurité alimentaire du pays, assurant une utilisation durable des bases naturelles de la vie et l'entretien du paysage rural et contribuant à l'occupation décentralisée du territoire». Pour leur part, les promoteurs des deux initiatives ont considéré ce contre-projet comme insuffisant et ont décidé de maintenir leurs textes.

Dès le lendemain de la votation sur l'initiative en faveur des petits paysans, l'USP lança la sienne intitulée «pour une agriculture paysanne compétitive et responsable de l'environnement». La récolte des signatures démarra tambour battant, I'USP ayant mobilisé toutes ses énergies. La centrale paysanne, consciente du désir de changement manifesté par le souverain, a agi ainsi, selon son directeur Melchior Ehrler, pour éviter que l'on ne fasse une politique agricole sans les paysans. Dans le même temps, l'Alliance des Indépendants (Adl) et le groupe de travail pour une Nouvelle politique agricole (NAP, sigle alémanique) annonçaient leur intention de lancer leurs propres initiatives. Après de longues négociations, ces deux derniers sont arrivés à un accord et présenteront un texte unique qui reste à rédiger.

Les trois projets originels ont un tronc commun qui comprend la volonté d'une agriculture plus proche de l'environnement, plus favorable aux exploitations paysannes familiales et moins industrielle. Cependant, les modalités diffèrent et des divergences existent. Le texte de l'AdI est le plus «européen» et insiste sur un plus grand respect des lois du marché en même temps qu'une meilleure protection de la nature par le biais de bases fourragères suffisantes, de paiements directs et de taxes sur les engrais chimiques. Celui de la NAP est axé sur des objectifs écologiques où la Confédération et les cantons auraient un rôle accru. Il vise à protéger les petites exploitations, à diminuer le nombre d'unités de bétail autorisé à l'hectare et à assurer que les fourrages importés soient produits selon des normes identiques à celles de la Suisse. L'initiative de I'USP est celle qui apporte le moins de changements à la politique officielle. Toutefois, elle permet à la centrale paysanne de soutenir le principe d'un usage plus généralisé des paiements directs. Néanmoins, la plupart du revenu paysan devrait toujours être assurée par les prix agricoles. Ce projet veut également encourager les exploitations paysannes qui cultivent le sol et qui ont une base fourragère propre. La Confédération devrait adapter la production aux conditions d'écoulement et réglementer l'utilisation des produits auxiliaires. L'objectif d'avoir une production susceptible d'assurer l'indépendance du pays est maintenu. Pour leur part, J.-P. Delamuraz et l'Office fédéral de l'agriculture ont estimé qu'il n'y a pas besoin de nouvelles initiatives pour procéder aux réformes nécessaires.