Nachdem der Ständerat in der ersten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens ohne lange Diskussion entschieden hatte, an seinem ersten Beschluss festzuhalten, kam die Revision des Landesversorgungsgesetzes wieder zurück in den Nationalrat. In der zweiten Besprechung ging der Nationalrat einen Kompromiss ein und liess von der Bevorzugung der Holzwirtschaft ab. Dies wurde möglich, weil die geschlossene Grünliberale Fraktion sowie ein grosser Teil der Freisinnigen Fraktion den Kurs wechselten und in der zweiten Abstimmung dafür einstanden, dem Ständerat zu folgen. So wurde im Gesetz festgehalten, dass die Holzbranche die Möglichkeit erhält, die Kosten, die durch eine potentielle Mehrnutzung im Krisenfall entstehen könnten, durch einen Ausgleichsfond zu decken. Falls ein solcher Ausgleichsfond geschaffen wird, kann der Bundesrat Forstwirtschaftsbetriebe, die sich nicht am Fonds beteiligen, dazu verpflichten, Beiträge zu leisten. Weiterhin hielt der Nationalrat aber an seinem Standpunkt fest, auf einheimische landwirtschaftliche Produkte keine Garantiefondsbeiträge zu erheben.
Mit dieser letzten Differenz gelangte der Entwurf dann wieder in den Ständerat. Kommissionspräsident Isidor Baumann (cvp, UR) erläuterte, dass die Kommission die Differenz nochmals beraten habe und ihr dabei zusätzlich eine Berechnung des Schweizerischen Bauernverbandes sowie eine Stellungnahme des WBF bzw. BWL zur Verfügung standen. Unter Berücksichtigung dieser Zahlen sowie von weiteren, bereits im Nationalrat hervorgebrachten Argumenten kam die Mehrheit der Kommission zum Schluss, dass es Sinn mache, dem Vorschlag des Nationalrates zu folgen. Nachdem Bundesrat Schneider-Ammann nochmals dazu aufgefordert hatte, beim Entwurf des Bundesrates zu bleiben und keine Branche zu bevorzugen, kam es zur Abstimmung. Mit 23 zu 17 Stimmen entschied die Mehrheit der Ständeratsmitglieder, dem Nationalrat zu folgen und damit die letzte Differenz zu begleichen. Somit stand also fest, dass auf inländische Nahrungs- und Futtermittel sowie Saat- und Pflanzgut keine Garantiefondsbeiträge erhoben werden.
In der Schlussabstimmung wurde das Bundesgesetz über die wirtschaftliche Landesversorgung von beiden Räten ohne weitere Diskussion angenommen. Die Verhandlung über das neue Landesversorgungsgesetz erregte kaum mediale Aufmerksamkeit. Die Referendumsfrist verstrich ungenutzt und die Gesetzesrevision trat am 01. Juni 2017 in Kraft.