Nachdem der Lobbyismus des Bauernverbands bereits 2015 Gegenstand von Kritik war, liessen diverse Schweizer Medien auch 2016 nicht davon ab. Stein des Anstosses war die Zustimmung des Nationalrats in der Sondersession Ende April zu einem umstrittenen Gesetzesentwurf, der Bauern beim Verkauf von Bauland steuerlich entlasten sollte. Eine solche Regelung war bis 2011 in Kraft gewesen, bevor das Bundesgericht Ende 2011 entschied, dass Bauern Gewinne aus dem Verkauf von Bauland vollumfänglich versteuern müssen. Der Schweizerische Bauernverband (SBV), allen voran dessen Präsident Markus Ritter (cvp, SG), hatte vor der Abstimmung im Nationalrat intensiv für die Wiedereinführung dieses Gesetzes geweibelt. Gemäss Medienberichten entgingen dem Bund insgesamt 400 Millionen Franken an Steuer- und AHV-Einnahmen, wenn das Gesetz wieder eingeführt werden würde.

Überrascht über den Entscheid des Nationalrats untersuchten die Medien in der Folge die Einflussnahme Ritters auf seine Ratskollegen. Die CVP-Fraktion würde merklich öfter die Anliegen der Bauern unterstützen seit Ritter 2012 Präsident des SBV wurde. Damit sei eine „Agrar-Allianz“ im Nationalrat entstanden, bestehend aus der CVP-, der SVP- und der BDP-Fraktion, die im Nationalrat über eine Mehrheit verfügen. Durch das Betreiben von Kuhhandel würden dabei unentschlossene Parlamentarier überzeugt: Die Unternehmenssteuerreform III sei von Ritter zuerst kritisiert worden, bevor er den Wirtschaftsvertretern die Unterstützung der Bauern zusicherte, um im Gegenzug deren Stimmen für das eigene Anliegen zu erhalten. In einem Interview mit der Aargauer Zeitung verteidigte sich der höchste Schweizer Bauer: Mit der steuerlichen Entlastung für Bauern, die ihr Bauland verkauften, solle eine Gleichbehandlung von Bauern, Privatpersonen und Firmeninhabern geschaffen werden – etwas, das vom Schweizerischen Gewerbeverband (SGV) jedoch bestritten wurde. Es sei zudem „kein Selbstläufer“, Politiker der CVP-, SVP- und BDP-Fraktionen, in denen die Bauern allesamt nicht in der Mehrheit sind, von den Anliegen des Bauernverbands zu überzeugen. Zum Vorwurf des Kuhhandels sagte Ritter, dass der Bauernverband grundsätzlich jedes Geschäft einzeln prüfe und es dem Verband nicht um Gegengeschäfte gehe, sondern um „das Finden von Mehrheiten“.

Ständeräte zeigten sich im Sommer jedoch sehr skeptisch gegenüber dem Entscheid der grossen Kammer. Die Bauern würden ihren Rückhalt in der Bevölkerung überschätzen, sagte Ruedi Noser (fdp, ZH) und Anita Fetz (sp, BS) unterstellte den Bauernvertretern im Parlament, dass sie „unverfroren überall zugreifen“. Auch die Bauland-Affäre von Bundesrat Guy Parmelin (svp) dürfte zum schweren Stand des Gesetzesvorhabens bei den Ständeräten beigetragen haben. Denn anfangs Mai enthüllte der Blick, dass sich Parmelin im Bundesrat für die Annahme des Gesetzes stark machte, von dem er selber als Miteigentümer einer Baulandparzelle profitiert hätte. In der Dezembersession beschloss der Ständerat mit 27:12 Stimmen denn auch deutlich, nicht auf die Vorlage einzutreten, womit das Geschäft an den Nationalrat zurückging.

Die Landwirtschaft prägte während der Wintersession 2014 die Debatten zum Bundeshaushalt 2015. Vertreter der bäuerlichen Kreise zeigten sich entsetzt über den Vorschlag des Bundesrates, bei den Direktzahlungen 177 Millionen Franken einzusparen. Man habe ihnen bei der Einführung der neuen Agrarpolitik, welche grosse Anpassungen von Seiten der Bauern erfordere, versprochen, dass im Gegenzug die finanzielle Unterstützung stabil bleiben würde. Weniger als ein Jahr nach der Umsetzung des revidierten Landwirtschaftsgesetzes begehe die Exekutive nun Vertragsbruch. Die Behörden argumentierten vergeblich, dass es sich beim Bundesbeschluss über die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft lediglich um die Definition von Obergrenzen gehandelt habe. Durch die Schuldenbremse sei man jetzt zu diesen Einschränkungen gezwungen. Der Nationalrat erhöhte in der ersten Lesung nach längeren Diskussionen das Agrarbudget um 115 Millionen Franken. Anita Fetz (sp, BS) profilierte sich in der kleinen Kammer zum wiederholten Male als Kontrahentin der Bäuerinnen und Bauern: Sie hatte bereits bei den Diskussionen zur neuen Agrarpolitik dagegen plädiert, den finanziellen Rahmen für die Landwirte auszudehnen. Auch sie vermochte das Steuer allerdings nicht herumzureissen. Nachdem die Auseinandersetzungen um das Agrarbudget die Räte bis zur Einigungskonferenz geführt hatten – die NZZ titelte bereits, dass die Budgetdebatte zur „Bauerndebatte“ ausarte – wurde beschlossen, die Direktzahlungen auf dem Vorjahresniveau zu belassen.