Le Conseil fédéral avait décidé, dans le cadre de sa volonté de réduire les produits phytosanitaires et la réduction des rejets d'intrants fertilisants, d'instaurer une exigence de 3,5 pour cent de surfaces de promotion de la biodiversité dans les grandes cultures. Alors que cette mesure devait entrer en vigueur en 2023, la situation instable avec la guerre en Ukraine a incité le Conseil fédéral à la repousser à 2024. Selon l'USP et BioSuisse qui se sont exprimées ensemble à ce sujet au printemps 2023, la mise en oeuvre de cette mesure est complexe et prend du temps. Il a donc été demandé de repousser encore cette exigence d'une année supplémentaire, c'est-à-dire en 2025. Cette doléance a été reprise par la sénatrice saint-galloise Esther Friedli (udc, SG) qui suggère au Conseil fédéral de s'asseoir à une table avec les acteurs du terrain pour repenser cette mesure. Consciente de la nécessité de préserver la biodiversité, la sénatrice UDC rappelle toutefois que «auch bei gut gemeinten Massnahmen gilt: Gut gemeint ist nicht immer gut». Elle a ainsi évoqué des cas d'exploitations tentant de contourner la volonté du législateur, soit en cultivant des surfaces qui étaient jusqu'à présent dédiées à la biodiversité pour les utiliser dans un deuxième temps afin de répondre à ces nouvelles exigences, soit en n'annonçant plus les grandes surfaces agricoles, cette mesure ne s'appliquant qu'aux domaines possédant plus de 3 hectares de terres ouvertes. De plus, les producteurs de semences ont annoncé être proche de la rupture de stock s'agissant des semences pour les bandes fleuries. Toutes ces incertitudes pourraient finalement nuire à la biodiversité selon l'élue saint-galloise, car une bonne collaboration avec le monde agricole est nécessaire. Ses propos ont été suivis des prises de parole du centriste Othmar Reichmut (SZ) et de l'écologiste et paysanne Maya Graf (BL), tous deux en faveur de la motion. Cette dernière souhaite que cette année supplémentaire soit utilisée pour réfléchir à d'autres solutions, comme la prise en compte des cultures extensives ou des cultures mélangeant céréales et sous-cultures de fleurs.
Conscient des défis et des retours des acteurs sur le terrain, le conseiller fédéral en charge des questions agricoles, Guy Parmelin, a quand même demandé à la chambre haute de rejeter cette motion. Ses services s'attèleront, quoi qu'il arrive, à une adaptation de cette mesure pour 2025. La position du Conseil fédéral n'a été suivie que par 9 parlementaires issus du PLR et de la gauche, tandis que 30 autres sénatrices et sénateurs de droite comme de gauche ont soutenu la proposition Friedli.
À noter que ce n'est pas la première fois que cette mesure est débattue en chambre, alors que l'UDC avait convoqué une session extraordinaire sur l'approvisionnement du pays en denrées alimentaires en 2022 (au Conseil national et au Conseil des Etats). De plus, quelques jours avant les délibérations sur cette présente motion, la chambre haute rejetait une initiative déposée par le canton de Genève pour un abandon total de l'exigence des 3,5 pour cent.

Le Conseil national a débattu sur deux journées de l'initiative sur l'élevage intensif et du contre-projet du Conseil fédéral. Lançant les débats sur ces deux textes, les représentant.e.s de la commission en charge de ce dossier ont dénoncé l'initiative et un contre-projet aux nombreuses lacunes, Fabio Regazzi (centre, TI) fustigeant même un texte extrême. Avec Esther Friedli (udc, SG), ils ont tous deux fait remarquer que la législation sur le bien-être animal était d'ores et déjà particulièrement poussée en Suisse en comparaison internationale et que l'élevage de masse n'existait pas dans notre pays. Inscrire le nom d'un label privé dans la Constitution (l'initiative souhaite que les normes bio s'appliquent à l'élevage animal) ne serait pas acceptable, sans parler du fait que la demande des consommatrices et consommateurs ne suivraient probablement pas (aujourd'hui moins de 2 pour cent de la viande porcine répond aux normes bio par exemple). Les deux parlementaires ont, de plus, fait part de leurs craintes quant à une baisse de la production animale suisse, une augmentation des prix de produits suisses et des importations – bien que devant respecter les normes appliquées en Suisse – accrues de ces biens de consommation. 14 membres de la commission sont de cet avis, tandis que 5 autres soutiennent l'initiative (et 5 abstentions).
Le contre-projet du Conseil fédéral n'a, lui aussi, pas trouvé les faveurs de la CER-CN, mais cette fois par 14 voix contre 10, sans abstention. Celui-ci souhaite imposer les programmes, pour l'heure volontaires, SST et SRPA sur la sortie et le bien-être des bovins, et récolte un large soutien auprès des gouvernements cantonaux. Mais la majorité de la commission a fait remarquer que le contre-projet du Conseil fédéral irait à l'encontre des objectifs de baisse des émissions d'ammoniac qui viennent d'être mis à jour et désavantagerait la production suisse face à la production étrangère (cette dernière n'étant pas touchée par le projet des autorités). Une proposition de minorité a été déposée par le parlementaire vert et lui-même éleveur de bétail Kilian Baumann (BE) pour que la commission élabore un contre-projet indirect. Mais, tout comme le projet du Conseil fédéral, la proposition Baumann a été refusée en commission par 14 voix contre 10, pour les mêmes raisons. En chambre, le député bernois a plaidé pour un renvoi en commission, permettant d'élaborer un contre-projet indirect en se basant sur les plans du Conseil fédéral. Il n'a pas hésité à critiquer la position de l'Union Suisse des Paysans (USP) qui se refuse ici, ou déjà lors des débats sur les deux initiatives populaires s'attaquant aux pesticides (l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse), à tout compromis. Samuel Bendahan (ps, VD) s'est fait le représentant de la minorité soutenant le contre-projet direct du Conseil fédéral, tandis que Jürg Grossen (pvl, BE) a proposé de préciser le projet des autorités (concernant la taille maximale des groupes d'animaux et l'obligation de déclaration d'informations relatives au bien-être animal des produits importés).
Concernant la position des partis, on retrouve deux blocs principaux. D'un côté, les groupes des Verts, du PS et des Vert'libéraux se sont montrés ouverts à la discussion, ont même appelé à accepter l'initiative (les Verts). D'un autre côté, on trouve un refus net de la part des groupes de l'UDC, du Centre et du PLR, de toutes les options présentées aux parlementaires. Les débats, en mode ping-pong, se sont focalisés principalement sur trois aspects: l'intervention de l'Etat dans le marché agricole (l'Etat doit-il fixer des normes plus élevées ou est-ce aux consommatrices et consommateurs de décider, par le biais des labels préexistants, de ce qu'ils veulent manger?), la définition du bien-être animal, avec de nombreux exemples positifs ou négatifs exposés par les parlementaires et les craintes d'une augmentation des importations en cas d'acceptation du texte.
Dans l'ordre, la proposition de minorité Baumann a été refusée par 106 voix contre 81, la minorité Bendahan, quant au projet du Conseil fédéral, par 107 voix contre 81 (1 abstention) – la minorité Grossen étant donc caduque, il n'y a pas eu de vote – et la minorité Rytz (verts, BE) d'accepter l'initiative par 111 voix contre 60 et 19 abstentions (venant principalement du camps socialiste). A noter que parmi le groupe du Centre, les trois parlementaires issus du PEV ont voté tant en faveur de la minorité Baumann qu'en faveur de la minorité Bendahan.
Une ouverture de la discussion semblait pourtant possible, tant la Société Vétérinaire Suisse (SVS) que trois grands détaillants alimentaires suisses (Coop, Denner et Migros) ayant annoncé soutenir l'élaboration d'un contre projet indirect pour améliorer la situation. La SVS a déclaré qu'agir dans ce domaine répondrait à une nécessité factuelle tout à fait soutenable économiquement tandis que les grands distributeurs ont dit qu'un renforcement du bien-être animal dans la législation serait bienvenu. C'est maintenant au Conseil des Etats de prendre position.