Rund neun Monate nachdem der Nationalrat nach ausführlicher Diskussion entschieden hatte, die Initiative für Ernährungssicherheit als Erstrat zur Annahme zu empfehlen, gelangte das Anliegen in den Ständerat. Die Mitglieder der WAK-SR erklärten zu Beginn der Sitzung, dass sie sich aufgrund der ausführlichen Diskussion im Nationalrat ein umfassendes Bild vom Initiativtext gemacht hätten und dabei auch die noch ausstehenden weiteren landwirtschaftlichen Volksinitiativen, namentlich die Fair-Food-Initiative, die Initiative für Ernährungssouveränität sowie die Hornkuh-Initiative mit einbezogen hätten. Aufgrund der so gewonnenen Erkenntnisse entschieden sie, der viel diskutierten Initiative für Ernährungssicherheit einen direkten Gegenentwurf gegenüberzustellen, welcher zwar die Grundforderung des originalen Initiativtextes nach dem Schutz des Kulturlandes übernimmt, jedoch klarer und marktorientierter formuliert ist. Unter anderem schliesst der Gegenentwurf im Gegensatz zum Initiativtext zum Schutz der Ernährungssicherheit die gesamte Kette der Lebensmittelproduktion von der Produktion über die Verarbeitung bis zum Konsum mit ein. Ein weiterer Unterschied zum Initiativtext besteht darin, dass der Gegenentwurf die Ernährungssicherheit der Schweiz in einen globalen Kontext setzt und so vom Bund fordert, dass Voraussetzungen geschaffen werden, um grenzüberschreitende Handelsbeziehungen, welche zu einer nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, zu pflegen. Weiter enthält der Gegenentwurf einen Absatz, welcher die Forderung nach einem ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln in der Verfassung verankert. Die Kommission empfahl ihrer Kammer den Gegenvorschlag mit 8 zu 4 Stimmen bei 1 Enthaltung zur Annahme. Dieser Entscheidung schloss sich auch Bundesrat Schneider-Ammann an.
Eine Minderheit der Kommission, angeführt durch Ruedi Noser (fdp, ZH), erläuterte, dass sowohl der Initiativtext als auch der Gegenvorschlag rein deklaratorischer Natur seien und dass aus keinem der Texte ein gesetzgeberischer Handlungsbedarf resultiere. Bei der Annahme einer der beiden Entwürfe würde es faktisch zu keiner Veränderung kommen. Aus diesem Grund schlug die Minderheit vor, sowohl die Initiative als auch den Gegenvorschlag Volk und Ständen zur Ablehnung zu empfehlen. Die Voten im Rat schlossen mehrheitlich an diese beiden Lager an, wobei der Gegenvorschlag schlussendlich mehr zu überzeugen vermochte und mit 38 zu 4 Stimmen klar angenommen wurde. Der Bauernverband äusserte sich gegenüber der Presse positiv zu den Entwicklungen und kündigte an, die Initiative zurückzuziehen, sollten sich beide Räte auf den Gegenvorschlag einigen.

Nachdem der Lobbyismus des Bauernverbands bereits 2015 Gegenstand von Kritik war, liessen diverse Schweizer Medien auch 2016 nicht davon ab. Stein des Anstosses war die Zustimmung des Nationalrats in der Sondersession Ende April zu einem umstrittenen Gesetzesentwurf, der Bauern beim Verkauf von Bauland steuerlich entlasten sollte. Eine solche Regelung war bis 2011 in Kraft gewesen, bevor das Bundesgericht Ende 2011 entschied, dass Bauern Gewinne aus dem Verkauf von Bauland vollumfänglich versteuern müssen. Der Schweizerische Bauernverband (SBV), allen voran dessen Präsident Markus Ritter (cvp, SG), hatte vor der Abstimmung im Nationalrat intensiv für die Wiedereinführung dieses Gesetzes geweibelt. Gemäss Medienberichten entgingen dem Bund insgesamt 400 Millionen Franken an Steuer- und AHV-Einnahmen, wenn das Gesetz wieder eingeführt werden würde.

Überrascht über den Entscheid des Nationalrats untersuchten die Medien in der Folge die Einflussnahme Ritters auf seine Ratskollegen. Die CVP-Fraktion würde merklich öfter die Anliegen der Bauern unterstützen seit Ritter 2012 Präsident des SBV wurde. Damit sei eine „Agrar-Allianz“ im Nationalrat entstanden, bestehend aus der CVP-, der SVP- und der BDP-Fraktion, die im Nationalrat über eine Mehrheit verfügen. Durch das Betreiben von Kuhhandel würden dabei unentschlossene Parlamentarier überzeugt: Die Unternehmenssteuerreform III sei von Ritter zuerst kritisiert worden, bevor er den Wirtschaftsvertretern die Unterstützung der Bauern zusicherte, um im Gegenzug deren Stimmen für das eigene Anliegen zu erhalten. In einem Interview mit der Aargauer Zeitung verteidigte sich der höchste Schweizer Bauer: Mit der steuerlichen Entlastung für Bauern, die ihr Bauland verkauften, solle eine Gleichbehandlung von Bauern, Privatpersonen und Firmeninhabern geschaffen werden – etwas, das vom Schweizerischen Gewerbeverband (SGV) jedoch bestritten wurde. Es sei zudem „kein Selbstläufer“, Politiker der CVP-, SVP- und BDP-Fraktionen, in denen die Bauern allesamt nicht in der Mehrheit sind, von den Anliegen des Bauernverbands zu überzeugen. Zum Vorwurf des Kuhhandels sagte Ritter, dass der Bauernverband grundsätzlich jedes Geschäft einzeln prüfe und es dem Verband nicht um Gegengeschäfte gehe, sondern um „das Finden von Mehrheiten“.

Ständeräte zeigten sich im Sommer jedoch sehr skeptisch gegenüber dem Entscheid der grossen Kammer. Die Bauern würden ihren Rückhalt in der Bevölkerung überschätzen, sagte Ruedi Noser (fdp, ZH) und Anita Fetz (sp, BS) unterstellte den Bauernvertretern im Parlament, dass sie „unverfroren überall zugreifen“. Auch die Bauland-Affäre von Bundesrat Guy Parmelin (svp) dürfte zum schweren Stand des Gesetzesvorhabens bei den Ständeräten beigetragen haben. Denn anfangs Mai enthüllte der Blick, dass sich Parmelin im Bundesrat für die Annahme des Gesetzes stark machte, von dem er selber als Miteigentümer einer Baulandparzelle profitiert hätte. In der Dezembersession beschloss der Ständerat mit 27:12 Stimmen denn auch deutlich, nicht auf die Vorlage einzutreten, womit das Geschäft an den Nationalrat zurückging.