Neben Economiesuisse sprachen sich auch mehrere weitere Wirtschaftsverbände zu Jahresbeginn 2019 für das institutionelle Rahmenabkommen mit der EU aus, wenngleich man noch einigen Klärungsbedarf und einiges Verbesserungspotenzial sah. In der «Weltwoche» verkündete Monika Rühl, Vorsitzende der Geschäftsleitung von Economiesuisse, man befürworte das Abkommen, weil es den Zugang zum EU-Binnenmarkt sichere und die Rechtssicherheit zwischen der Schweiz und der EU verbessere. Bedingungslosen Zuspruch erhielt das Abkommen vom Wirtschaftsdachverband indes nicht: So seien etwa die hohen Schweizer Löhne zu schützen und durch die vorgesehene vereinfachte Niederlassungsmöglichkeit dürfe nicht der Anschein gemacht werden, EU-Bürger hätten Anrecht auf Schweizer Sozialhilfe. Ferner müsse garantiert werden, dass die Schweiz ihr Steuersystem «aufrechterhalten» könne. Diese Punkte, so liess Economiesuisse-Präsident Heinz Karrer gegenüber den Medien verlauten, gelte es noch präzise abzuklären. Ähnlich äusserten sich auch Swissmem-Präsident Hans Hess, SBVg-Präsident Herbert Scheidt oder SAV-Präsident Valentin Vogt: Es gebe zwar Diskussionsbedarf, doch grundsätzlich sei das Abkommen wichtig und richtig, da es die Prosperität der Schweiz sichere.
Vorerst verhalten gab sich der Schweizerische Gewerbeverband: SGV-Direktor Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) meinte etwa, der Bundesrat dürfe den Vertrag nicht unterzeichnen und müsse eine bessere Version aushandeln. Im April gab der Verband dann bekannt, man wolle sich zum Vertragstext erst wieder äussern, wenn eine definitive Fassung vorliege. Zudem sei nun die Abstimmung zur Begrenzungsinitiative abzuwarten: Würde diese angenommen, hätte sich das mit dem Abkommen sowieso erübrigt.

Im Dezember wurde vom Bundesrat ein erster Entwurf zum Rahmenvertrag mit der EU veröffentlicht, worauf die Meinungen der Wirtschaftsverbände insbesondere betreffend des Lohnschutzes auseinandergingen, wie etwa der «Blick» berichtete. Während SAV-Präsident Valentin Vogt und Hans Hess, Präsident von Swissmem, das Abkommen verteidigten, da sie etwa den Lohnschutz auch im Zusammenhang mit den flankierenden Massnahmen nicht als gefährdet betrachteten, enervierten sich die Gewerkschaften darüber, dass der Lohnschutz Teil der Verhandlungen geworden sei. Der neue SGB-Präsident Pierre-Yves Maillard (sp, VD) etwa verlangte in einem Interview mit der Aargauer Zeitung vom Bundesrat, sich an sein Versprechen zu halten, wonach der Lohnschutz bei den Verhandlungen eine rote Linie sei, die nicht überschritten werden dürfe. Eine ähnliche Meinung vertrat auch Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) vom SGV, denn der Lohnschutz, so Bigler gemäss «Blick», sei unverhandelbar. Würde der Lohnschutz Teil des Abkommens, müsste die Schweiz Richtlinien und Änderungen der EU automatisch übernehmen.
Später berichtete die Sonntagszeitung darüber, dass sich der Disput unter den Verbänden weiter zuspitzte, als Vogt ohne Absprache mit dem Gewerbeverband signalisierte, «den Rahmenvertrag mit grossen Geschenken an die Gewerkschaften retten» zu wollen. Ein Skandal sei dies für Bigler, so die Sonntagszeitung, denn für diesen stehe fest, dass der Vertrag in dieser Form nicht unterschrieben werden dürfe. Später zog Vogt seine Offensive zurück, denn die Gewerkschaften sowie der Gewerbeverband blieben ihrer Position treu.
Economiesuisse-Präsident Heinz Karrer schliesslich hatte bereits im Herbst in der NZZ seine Überzeugung bekannt gegeben, dass im Hinblick auf die Verhandlungen über das Rahmenabkommen mit der EU eine dynamische Übernahme von EU-Gesetzgebungen seitens der Schweiz möglich sei. Da ein Schiedsgericht jeweils die Verhältnismässigkeit überprüfen würde, sodass die EU keine unverhältnismässigen Retorsionsmassnahmen beschliessen könnte, sehe er im Rahmenabkommen gar einen «grosse[n] Vorteil für die Schweiz». Die Gesprächsverweigerung der Gewerkschaften halte er daher für «unschweizerisch», wie das St. Galler Tagblatt zitierte.

Durant l’été, la visite de Doris Leuthard à Bruxelles et la perspective de la publication du rapport sur la politique européenne en automne ont relancé le débat sur l’adhésion à l’UE. Si les avis divergent sur le fond, l’ensemble des acteurs ont estimé que la situation de la Grèce a rendu politiquement très invraisemblable une adhésion à court terme. Ainsi, l’UDC s’est opposée à tout rapprochement avec l’UE arguant que la Suisse perdrait sa souveraineté. Le PS et les écologistes se sont eux montrés favorables à une adhésion à l’UE avec conditions, considérant qu’elle permettrait des avancées à différents niveaux malgré les tendances néolibérales à l’œuvre. Le PLR a prôné la continuation de la voie bilatérale. La conférence des gouvernements cantonaux s’est elle montrée favorable à un accord-cadre avec l’UE tout en rejetant une reprise automatique. Elle a estimé que ce dernier est une bonne solution et peut répondre à leur perte d’autonomie dans la reprise du droit européen. Avenir Suisse a considéré qu’une adhésion à l’espace économique européen ou à l’UE sont les meilleures solutions. Economiesuisse a estimé qu’il n’y a pas d’alternative à la voie bilatérale. L’USAM a souligné que les petites et moyennes entreprises n’ont pas forcément les mêmes intérêts que l’industrie, l’agriculture ou la finance. L’Union suisse des professions libérales (USPL) s’est alignée sur la position de l’UE et a affirmé que la position réactive de la Suisse pénalise certaines professions et certains pans de l’économie helvétique.

Le directeur de l’OMC, Pascal Lamy, a organisé une conférence ministérielle à Genève en juillet pour tenter de conclure les négociations du Cycle de Doha. Après neuf jours de discussions, les négociations sont toutefois restées dans l’impasse, en grande partie à cause du différend opposant les USA et l’Inde (qui parlait au nom de cent pays en développement). Cette dernière cherchait en effet à arracher des concessions aux pays industrialisés pour protéger des millions d’agriculteurs des pays du Sud d’une forte hausse des importations. Mais les USA, ainsi que d’autres pays exportateurs d’ailleurs, sont demeurés hostiles à une clause de sauvegarde limitant l’accès aux marchés agricoles des pays en développements. De plus, aucun consensus n’a pu être trouvé sur d’autres dossiers, dont celui du coton, de la banane ou des indications géographiques. L’USP, qui avait menacé de lancer un référendum en cas d’aboutissement des négociations à l’OMC, s’est déclarée soulagée de l’interruption des négociations, à l’inverse d’Economiesuisse.

Le 1er août pourtant, la Suisse a accepté le compromis élaboré lors de la Conférence de Genève (Cet accord donne un cadre aux discussions qui vont se poursuivre jusqu’à la prochaine conférence ministérielle de l’OMC à Hongkong en décembre 2005). La Suisse devra finalement abaisser ses tarifs douaniers, mais gardera la possibilité de déterminer quels produits « sensibles » méritent une protection accrue. Le conseiller fédéral Joseph Deiss, responsable du dossier au gouvernement, a estimé que le texte adopté répondait aux intérêts de la Suisse. Selon lui, la Suisse savait qu’elle devrait céder du terrain sur l’agriculture, mais l’a fait dans une mesure compatible avec le rythme de réforme agricole. Quant à l’USP, elle a dénoncé cet accord par la voix de son vice-président, le conseiller national genevois John Dupraz (rad), qui le considère comme un « diktat des cinq grands exportateurs agricoles ». Le président de l’USP, le conseiller national UDC Hansjörg Walter (TG) a, de son côté, tempéré la situation. Il a déclaré que l’accord en question était très ouvert et que la Suisse pouvait poursuivre sa politique agricole, tout en soulignant que cela ne signifiait pas la « fin de l’alerte ». Fervente partisane de l’accord depuis le départ, economiesuisse a de son côté salué celui-ci.

En visite officielle, le président mexicain Vicente Fox a cherché à établir des contacts avec les milieux économiques suisses. À ce titre, il a rencontré la crème des entreprises, réunies pour l’occasion par l’association economiesuisse.

Le Conseil fédéral a approuvé le message concernant l’accord de trafic aérien entre la Suisse et l’Allemagne et l’a transmis aux Chambres fédérales. A l’exception du Parti socialiste et des Verts, l’accord a fait l’unanimité contre lui. Le PRD, l’UDC, le PDC, le PL, Economiesuisse, Aerosuisse, Swiss et l’aéroport de Kloten se sont mobilisés afin de s’opposer à sa ratification et afin d’exiger une renégociation de ce qu’ils jugeaient comme discriminatoire et en violation avec le droit européen et les accords bilatéraux. Le Conseil d’Etat zurichois a également opéré une volte-face afin de le dénoncer. Le parlement zurichois en a fait de même. Premier à se saisir du sujet, le Bundestag allemand a ratifié l’accord. En cas de refus suisse, il a menacé la Suisse de mesures unilatérales plus strictes et de retirer la gestion de l’espace du sud de l’Allemagne à Skyguide. Lors du vote au Conseil national, la cohorte du non a toutefois refusé d’entrer en matière sur l’accord par 105 à 79. Les opposants invoquaient la nécessité d’appuyer Unique et Swiss, par rapport à un accord qu’ils jugeaient mal négocié. Le vote suivait les recommandations de la Commission des transports, mais se mettait en porte-à-faux avec celles de la Commission des affaires extérieures. A quelques jours d’intervalle, le Bundesrat allemand rejetait également l’accord, acceptant un recours du Land de Bade-Wurtemberg. L’accord retournait au Bundestag. Suite à ces votes, Skyguide a milité pour le traité, argumentant qu’en cas de non-ratification, il perdrait le contrôle de cette zone et des revenus qui pourraient en être tirés. (L’entrée en vigueur du traité devait permettre à Skyguide de vendre ses prestations, qui jusqu’alors étaient gratuites.) Afin d’empêcher l’entrée en vigueur du deuxième volet de l’accord aérien, Swiss et Unique ont déposé une plainte auprès du tribunal administratif du Bade-Wurtemberg. La nouvelle réglementation interdisait les vol les week-ends et les jours fériés allemands de 20 heures à 9 heures. Par 29 contre 10, le Conseil des Etats a suivi la proposition de sa CTT en acceptant d’entrer en matière sur l’accord et en le lui renvoyant, afin d’examiner les possibilités de renégociation et les effets de l’acceptation ou du rejet de la ratification. En agissant de la sorte, les Etats se sont donnés jusqu’en mars 2003 pour analyser la situation, mais ils ont surtout privilégié le débat plutôt qu’un conflit ouvert avec l’Allemagne. Le Conseil fédéral a quant à lui chargé Moritz Leuenberger de mener un entretien exploratoire avec l’Allemagne sur le contenu de l’accord. En effet, Berlin n’excluait plus une idée de renégociation sur un dossier qui n’avait pas avancé au Bundestag.

Grâce au soutien des ses quatre membres socialistes et démocrates-chrétiens, le Conseil fédéral a adopté les protocoles et les a transmis aux Chambres pour ratification. Le PRD, l’UDC, l’USAM et Economiesuisse ont réitéré leur opposition. Le Conseil fédéral leur a répondu en précisant que le Protocole sur les transports ne s’oppose pas à un deuxième tunnel au Gothard, car l’axe n’est pas considéré comme une nouvelle route. Quant à l’entorse à l’accord bilatéral sur les transports, Moritz Leuenberger n’a pas caché qu’il souhaitait engager les autres pays dans la même voie que la Suisse, à savoir celle du transfert modal des marchandises de la route vers le rail. Afin d’ancrer la position centrale de la Suisse, le Conseil fédéral a également retenu la candidature de Lugano pour accueillir le Secrétariat permanent. Les dossiers de Davos, Lucerne et Sion ont été écartés. Le Tessin soumettra sa candidature le 28 février 2002 au comité de la Conférence alpine. Lugano affrontera celles d’Innsbruck (A), de Bolzano (I) et de Grenoble (F).

Après discussions, la Confédération et les cantons, à l’exception du Valais, se sont mis d’accord au sujet de la ratification des protocoles d’application de la Convention alpine. Ils étaient au nombre de neuf : aménagement du territoire et développement durable, agriculture de montagne, forêts de montagne, protection de nature et entretien des paysages, tourisme, énergie, transports, protection des sols et règlement des différends. Le Valais redoutait un antagonisme entre le développement touristique et les impératifs de la protection de la nature. Néanmoins, il s’est finalement rétracté et a accepté les protocoles additionnels, mais à la seule condition de rédiger un protocole socio-économique supplémentaire. Celui-ci devait, d’après lui, garantir un équilibre entre volonté de protection et développement économique des régions alpines. Le PRD a réagi en appelant le parlement à rejeter la ratification des protocoles. Economiesuisse en a fait de même. Le protocole des transport posait problème au parti radical, car il empêchait la construction de nouvelles routes transalpines et entrait, selon lui, en contradiction avec l’accord bilatéral sur les transports signé avec l’UE. Celui-ci laissait le libre choix du moyen de transport, élément que le protocole n’évoquait pas. Les radicaux y décelaient une manœuvre du Conseil fédéral pour empêcher le doublement du tunnel du Gothard. Outre ce point, le PRD craignait aussi le protocole sur le principe de subsidiarité, qui risquait selon eux de faire perdre aux cantons certaines compétences. L’UDC a maintenu sa position aux côtés des radicaux. Le PDC s’est dit prêt à approuver les protocoles, à condition que ceux-ci soient complétés par un volet "Economie et Société". Le PS a été le seul parti gouvernemental à approuver sans réserve les décisions prises par le Conseil fédéral.

Pascal Couchepin a également effectué une visite officielle au Mexique entouré d’une délégation comprenant entre autres le président du Vorort (Union suisse du commerce et de l’industrie). Il y a notamment signé avec son homologue mexicain une déclaration d’intention concernant la coopération économique et commerciale. A moyen terme, le but est d’aboutir à un accord de libre-échange commercial entre les deux pays. Un mois plus tard, le chef du département de l’économie publique s’est rendu au Canada où il a signé un accord bilatéral concernant la reconnaissance mutuelle des produits industriels des deux pays. Avec cet accord, les exportateurs suisses sont traités similairement à ceux de l’UE sur le marché canadien. Pascal Couchepin s’est également entretenu lors de sa visite du projet d’accord de libre-échange entre l’AELE et le Canada qui pourrait être conclu dès 1999.

Face à la menace d'un référendum de la part des milieux agricoles principalement, le chef du DFEP et le secrétaire d'Etat Franz Blankart ont insisté à de multiples reprises sur la signification des accords de l'Uruguay Round pour la Suisse, dont près de la moitié du produit national brut est réalisée à l'étranger. Ils ont par ailleurs rappelé que les dispositions de ces accords ne pouvaient être l'objet de dérogations et qu'un "GATT à la carte" était ainsi exclu. La menace d'un référendum s'est cependant largement dissipée suite aux prises de position des acteurs concernés durant la procédure de consultation. Celle-ci a révélé qu'à l'exception des démocrates suisses, tous les destinataires qui ont répondu (notamment tous les cantons, les partis gouvernementaux, le Vorort, l'USAM, l'USP et l'USS) se sont prononcés en faveur de la ratification des accords issus du Cycle d'Uruguay. Toutefois, la mise en application des résultats de la négociation a suscité des réserves et critiques, principalement en matière de politique agricole: si l'UDC a lié son acceptation à la prise en compte des besoins de l'agriculture, le PSS et l'AdI ont regretté que le protectionnisme reste de mise dans ce domaine. Les milieux agricoles ont, pour leur part, souhaité une compensation intégrale de toute perte de revenu imputable à la mise en oeuvre du nouveau système commercial multilatéral. Par ailleurs, le PSS et les Verts ont craint que les accords du GATT n'entraînent une harmonisation vers le bas des normes de protection de la santé, de l'environnement, du consommateur et des animaux. On relèvera encore que la majorité des destinataires ont désiré que les accords issus du Cycle d'Uruguay soient soumis au référendum facultatif. Seuls le parti évangélique suisse et quelques associations écologistes, dont le WWF, ont requis le référendum obligatoire, ce qui a été déclaré contraire aux dispositions constitutionnelles par le Conseil fédéral. Observant le principe selon lequel il convenait de ne procéder qu'aux seules modifications législatives nécessaires à la ratification des accords du GATT, le gouvernement a en outre décidé de ne pas prendre en compte certaines demandes relatives à des mesures d'accompagnement en matière d'agriculture et de coopération internationale au développement.

La procédure de consultation relative au projet de révision de la loi sur le matériel de guerre a donné lieu à des prises de position divergentes. A l'exception du PDC qui a globalement soutenu les dispositions légales contenues dans le projet du Conseil fédéral, les points de vue des différents acteurs consultés ont en effet révélé un important clivage gauche-droite. D'une part, le PRD, l'UDC et les milieux de l'économie (Vorort et Société suisse des constructeurs de machines, notamment) se sont inquiétés des répercussions que la révision de la loi aurait sur l'économie suisse. Ils se sont dès lors prononcés pour un remaniement de fond du projet du gouvernement, à l'instar du canton de Nidwald où est localisée le producteur d'avions Pilatus. D'autre part, si le PS et les Verts ont salué l'élargissement de la notion de matériel de guerre prévu dans le projet, ils ont néanmoins réaffirmé leur volonté d'instaurer une interdiction totale des exportations de ce type.

De façon générale, le traité de l'EEE a été accueilli plutôt favorablement par la classe politique et les milieux économiques. Au mois de mars, le Vorort avait annoncé qu'il jugeait, au vu de l'état des négociations, que le projet d'accord lui paraissait trop déséquilibré et qu'il était assimilable à une adhésion à la CE sans la participation aux décisions. A l'occasion de la signature du traité, l'association patronale a cependant exprimé sa satisfaction concernant la partie économique de l'accord. Par contre, sur le volet institutionnel, le traité ne peut être pour elle qu'une solution transitoire; c'est pourquoi elle le considère comme "une étape utile et acceptable vers une adhésion totale". Pour l'Association suisse des banquiers (ASB), l'absence d'une véritable participation à l'élaboration et à l'application de la législation européenne pose plus rapidement que prévu la question d'une éventuelle adhésion de la Suisse à la CE. La Société suisse des industries chimiques a critiqué le traité de l'EEE en raison du droit de codécision insuffisant pour les pays de l'AELE. Une adhésion pure et simple à la Communauté lui paraît préférable. L'Union suisse des arts et métiers (USAM), qui avait émis plusieurs réserves à l'égard de l'EEE, a réagi avec scepticisme en critiquant notamment l'absence d'un véritable droit de coopération dans le domaine institutionnel. Soulignant la bonne protection des consommateurs en vigueur dans la CE, le Forum suisse des consommatrices (KF) approuve pleinement le traité de l'EEE. Pour l'Union syndicale suisse (USS), la demande d'adhésion devrait se faire au début de l'année 1992, en collaboration avec l'Autriche, la Suède et probablement la Finlande. Tout en s'opposant radicalement à l'adhésion à la CE, l'Union suisse des paysans (USP) a approuvé prudemment le traité en se réjouissant que l'agriculture soit restée en dehors des négociations, mais craint que le choix d'adhérer à la CE ne prenne rapidement le dessus.

Dans le secteur de la libre circulation des personnes, les règles communautaires qui seraient reprises prescrivent l'abolition de toute discrimination fondée sur la nationalité dans l'emploi et les conditions de l'exercice du travail. Dans ce contexte, la politique menée par la Suisse à l'égard des étrangers pose problème, notamment au niveau du statut des saisonniers. Cependant, en novembre, les autorités helvétiques renoncèrent à demander une dérogation permanente à la reprise de l'acquis communautaire concernant le plafonnement de la main-d'oeuvre étrangère. Cet abandon fut néanmoins subordonné à l'instauration d'une clause de sauvegarde permettant à la Suisse de déroger aux règles de l'EEE en la matière en cas de situation exceptionnelle. Si l'USS revendique l'abolition du statut de saisonnier dans sa forme actuelle, afin de le limiter aux véritables occupations cycliques dans les régions de montagne, les organisations faîtières de l'économie (USAM, Vorort, Union centrale des associations patronales suisses) se prononcent pour son maintien intégral, avec toutefois une attribution du contingent favorable aux entreprises ayant des activités saisonnières.

En 1990, le Vorort se prononça en faveur de la participation helvétique à l'EEE, mais sous un certain nombre de conditions parmi lesquelles figure la co-décision. En cas d'échec des négociations, il serait favorable à un mini-traité qui normaliserait un nombre limité de domaines d'intérêt commun. Dans son optique, une adhésion de la Confédération à la CE reste, pour le moment, non envisageable. Si l'Union suisse des arts et métiers (USAM) se déclara ouverte à I'EEE, le nombre de réserves qu'elle émit peut légitimement faire douter de ses intentions. Elles ont trait à des limitations dans les quatre libertés de circulation, par exemple le maintien du statut de saisonnier et de la politique de stabilisation des étrangers. L'Action pour une Suisse indépendante et neutre (ASIN), présidée par le démocrate du centre zurichois Christoph Blocher et comprenant également l'ancien directeur de l'USAM Otto Fischer, s'exprima très clairement contre l'EEE, qui ne ferait qu'entraîner une satellisation de la Confédération. A l'inverse, les parlementaires formant le "Club Suisse-EEE" soutinrent l'idée d'une adhésion à ce traité tout comme les onze députés constituant le groupe en faveur d'une adhésion de la Suisse à la Communauté européenne.