Zwei Tage nach dem Ständerat verhandelte auch der Nationalrat erneut über die Verpflichtungskredite ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Nachdem der Ständerat an der Differenz festgehalten hatte, beantragte auch die Kommissionsmehrheit der KVF-NR Festhalten: Die umstrittene Umfahrung Oberburg war ursprünglich im Nationalrat auf Antrag der KVF-NR ins Programm aufgenommen worden und die Kommissionsmehrheit sah keinen Grund, von ihrer Haltung abzurücken. Ein Minderheitsantrag Hadorn (sp, SO) verlangte die Zustimmung zum Ständerat und damit das Fallenlassen der Umfahrung Oberburg. Gestritten wurde im Plenum hauptsächlich über den Baubeginn in Oberburg: Während Bundesrätin Sommaruga betonte, dass der Bau auch bei Aufnahme ins Programm nicht vor 2022/2023 beginne, vertrat Nationalrat Grunder (bdp, BE) die Ansicht, bei diesem Termin handle es sich um die sichtbaren Bauarbeiten, die Vorarbeiten inklusive dem Bau der Tunnelbohrmaschine würden sofort beginnen, weshalb eine Nicht-Aufnahme ins Agglomerationsprogramm eben doch zu Verzögerungen führen würde.
Obschon die Verkehrsministerin wie in bisher jeder Debatte zum Geschäft erneut die Wichtigkeit der Gleichbehandlung aller Regionen beschwor und bei der Umfahrung Oberburg eine Bevorzugung gegenüber Projekten in Schwyz, St. Gallen, Basel Stadt und Genf ausmachte, stimmte der Nationalrat mit 131 gegen 56 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auch dieses Mal für Festhalten.

Après négociations, les six cantons de Suisse centrale (UR, SZ, NW, OW, LU et ZG) se sont accordés pour réaliser leur réseau RER – S-Bahn Zentralschweiz. La création se fera en deux phases : d’abord la mise en place de deux réseaux autour de Zoug et Lucerne, puis une fusion des deux en un seul réseau. Vingt-quatre nouvelles stations, neuf dans l’agglomération de Lucerne, dix dans les alentours de la gare principale de Zoug vont être construites et 60 trains supplémentaires devraient être introduits. Une partie du projet est déjà accomplie : les premiers éléments du nouveau S-Bahn rouleront dès 2002 au Seetal. Les coûts sont estimés à CHF 190 millions, dont CHF 70 millions pour le souverain zougois et CHF 105 millions pour celui lucernois.