Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification.

Les cantons d'Obwald, de Schwytz et des Grisons ont déposé chacun une initiative demandant l'édulcoration de l'article 24sexties de la constitution (Rothenthurm). Selon leurs textes, il s'agirait de pondérer la protection des marais avec les intérêts de l'économie régionale tels que tourisme, armée, loisirs, commerces et industries. En outre, la clause de rétroactivité contenue dans la disposition transitoire devrait être abrogée.