Mitte Dezember 2017 gab der Bundesrat den Medien bekannt, dass er die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» ablehne, ihr aber mit einem indirekten Gegenvorschlag begegnen möchte. Die Initiative für ein nationales Verbot sei abzulehnen, weil die Kantone selber entscheiden können sollten, ob sie die Gesichtsverhüllung im öffentlichen Raum verbieten wollen oder nicht. So hätten die Kantone Tessin und St. Gallen ein solches Verbot befürwortet, während es in Zürich, Solothurn, Schwyz, Basel-Stadt und Glarus abgelehnt worden sei. Diesen unterschiedlichen Befindlichkeiten gelte es Rechnung zu tragen. Der Bundesrat anerkenne jedoch, dass die Gesichtsverhüllung problematisch sein könne, und zwar zum einen, wenn jemand zur Verhüllung gezwungen werde, und zum anderen im Kontakt mit den Behörden. Er wollte sich dieser Problematik daher mit einem indirekten Gegenvorschlag annehmen, der Regelungen auf Gesetzesebene vorsehe, ohne den Kompetenzbereich des Bundes zu überschreiten. Konkret solle es im Strafgesetzbuch ausdrücklich verboten werden, jemanden zur Verhüllung des Gesichts zu zwingen. Zudem solle der Kontakt mit Bundesbehörden und Bundesrecht vollziehenden Behörden unter Androhung von Strafe unverhüllt erfolgen müssen. Der Bundesrat beauftragte das EJPD mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vernehmlassungsvorlage bis Ende Juni 2018.
Bei den Initianten vermochte der Vorschlag des Bundesrats wenig Eindruck zu erwecken; er sei «schwammig» und entspreche nicht dem Anliegen der Initiative, so Walter Wobmann (svp, SO) gegenüber der Basler Zeitung. Das Komitee halte an der Initiative fest und blicke der Abstimmung nach wie vor zuversichtlich entgegen. Die SVP lehnte den bundesrätlichen Vorschlag ebenfalls als «wirkungslos» ab, wie in der Presse zu lesen war. Auf wenig Gegenliebe stiess der Vorschlag indes auch bei den Grünen. Nationalrat Balthasar Glättli (gp, ZH) bezeichnete ihn gegenüber der Basler Zeitung als «falsch und überflüssig», weil Nötigung ohnehin strafbar sei, und machte ihm in der Aargauer Zeitung den gleichen Vorwurf wie der Initiative selbst, nämlich zur «Stimmungsmache gegen Muslime in der Schweiz» beizutragen. Positiver äusserten sich die CVP und die SP zur Stossrichtung des Bundesrates, wenngleich sich die SP weiter auf ihren eigenen direkten Gegenentwurf zur Verbesserung der Gleichstellung der Frauen konzentrieren wollte. SP-Nationalrat Cédric Wermuth (sp, AG) bedauerte im Tages-Anzeiger, dass der Bundesrat sich nicht getraut habe, «die Debatte neu auszurichten», und dass der Gegenvorschlag «keine Antwort auf das Unbehagen» liefere, das hinter der Initiative stehe. Von verschiedenen Seiten wurde der bundesrätliche Vorschlag auch als nicht oder nur schwer umsetzbar kritisiert, da Frauen, die gezwungen werden, sich zu verschleiern, dies eher nicht bei der Polizei zur Anzeige bringen würden. Ständerat Andrea Caroni (fdp, AR), der bereits ein Gegenkomitee zur Initiative gegründet hatte, begrüsste dagegen den Vorschlag des Bundesrates. Er sei zwar nicht «das Ei des Kolumbus», eröffne aber die Möglichkeit für eine gezielte Debatte über die Probleme im Zusammenhang mit der Gesichtsverhüllung und über allfällige Lösungen, so Caroni gegenüber «Le Temps».

Im Sommer dieses Jahres fand die Flüchtlingsdebatte ihren Einzug auch offiziell in Institutionen, welche sich ausserhalb des tagespolitischen Geschehens bewegen – die Landeskirchen. Diverse Kantone schienen mit ihren bis dahin gängigen Unterbringungsmöglichkeiten wie Zivilschutzanlagen oder Pfadiheimen an ihre Kapazitätsgrenzen gestossen zu sein, weshalb sie sich entschieden, ein Gesuch an "höherer Stelle" einzureichen. Im Kanton Bern beispielsweise wurde nach einer Behördenanfrage eine Anzeige in den Pfarreiblättern geschaltet, in welcher man sich bei den Mitgliedern nach freiem Wohnraum für Flüchtlinge erkundete. Aber auch in den Kantonen Zug, Schwyz oder Luzern hoffte man auf die Hilfe kirchlicher Institutionen. Oft stiess man aber wider Erwarten auf verschlossene Pforten. Die Argumente für die ablehnende Haltung äusserten sich dabei oft in ähnlicher Weise: Es sei nicht genug Platz vorhanden, um zusätzlich Leute unterzubringen und zudem wäre die Nutzbarmachung des vorhandenen Platzes oft mit zusätzlichen Umbaumassnahmen verbunden. Des Weiteren befürchte man teilweise grosse Einschnitte im Alltag der bisherigen Bewohner – Störung der klerikalen Gepflogenheiten oder Einschränkung der Privatsphäre als Beispiele –, zumal man den Asylsuchenden keine besondere Unterhaltung bieten könne und diese folglich mit Nichtstun beschäftigt wären. Diese Haltung rief aber auch Kritiker auf den Plan: Viele Gotteshäuser schienen in der Frage der Nächstenliebe ihre Grenze beim traditionellen Engagement in der Form von Betreuungsprogrammen wie Deutschkursen oder Rechtsberatungen zu ziehen. Die Kritik richtete sich an dieser Stelle aber primär an die Kirchenoberen; die Kirchenbasis setze sich bereits für die Menschen in Not ein. So setzte beispielsweise Matthias Hui (Co-Redaktor der Zeitschrift "Neue Wege") gemeinsam mit anderen Mitgliedern aus seinem Netzwerk "Kirche? NordSüdUntenLinks" eine "Migrationscharta" auf, welche Kirchen konkret aufforderte, schärferen Protest gegen die heutige Migrationspolitik zu äussern und sich mehr in die Debatte einzubringen. Walter Müller, Sprecher der Bischofskonferenz, wollte diesbezüglich keinen Kommentar abgeben, liess es sich aber nicht nehmen zu betonen, dass die Tagespolitik kein Einmischungsfeld der Kirche darstelle.
Der Bischof des Bistums Basel, Felix Gmür, schien diesbezüglich aber eine gänzlich andere Meinung zu vertreten: Über Monate wurde er nicht müde, Kritik an der Asyldebatte in der Schweiz zu üben und die Engstirnigkeit mancher Politiker anzuprangern. Die Grenzen für Asylsuchende zu schliessen sei "völlig daneben" und bringe im Endeffekt niemandem etwas; die westlichen Länder müssten sich ihrer Verantwortung stellen. Auf diese Aussagen Gmürs folgte wiederum Kritik aus den Reihen der politischen Elite – überraschenderweise ausgerechnet von Seiten des CVP-Präsidenten Christophe Darbellay. Seiner Auslegung nach könne die Kirche nicht nur Offenheit predigen, sondern müsse ihren Worten auch Taten folgen lassen. Bischof Gmür liess sich diesbezüglich nicht zweimal bitten: Er setzte ein Zeichen, indem er Anfangs August 2015 ankündigte, dass das Bistum prüfen lassen wolle, ob die Wohneinheiten des Schlosses Steinbrugg in Solothurn für diesen Zweck geeignet seien. Im September konnte er sodann auch, nach einem Behördentreffen zwecks Klärung organisatorischer Fragen, einen positiven Bescheid verkünden; es sollen Wohneinheiten für bis zu zwölf Personen geschaffen werden, welche nach Umbauarbeiten – Rückbau von Büroräumlichkeiten – voraussichtlich ab Ende Oktober 2015 bezugsbereit sein könnten.

Die eskalierenden Spannungen im Bistum Chur veranlassten den Bundesrat nach Rücksprache mit den betroffenen Kantonsregierungen gegen Ende Jahr erstmals, in dieser Angelegenheit offiziell in Rom vorstellig zu werden. Der Sonderbotschafter beim Vatikan übermittelte dem Papst eine Botschaft, in welcher die Landesregierung der Sorge der sieben Bistumskantone (Graubünden, Glarus, Zürich, Uri, Schwyz, Ob- und Nidwalden) Ausdruck verlieh. Der Bundesrat bezog in der Intervention selber aber keine Stellung, da er die Affäre Haas nach wie vor als innerkirchliche Angelegenheit betrachtet.

In einem von der Römisch-katholischen Zentralkonferenz (RKZ) — der Vereingung der Kantonalkirchen — in Auftrag gegebenen Gutachten kamen namhafte Juristen, Politikwissenschafter und Theologen zum Schluss, die Einsetzung von Haas als Weihbischof mit Nachfolgerecht sei 1988 in Verletzung völkerrechtlicher und innerkirchlicher Bestimmungen erfolgt. Insbesondere seien die Konkordatsrechte des Kantons Schwyz verletzt und gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossen worden. Sie vertraten die Ansicht, eine Reform der Bischofswahlen dränge sich zwingend auf, da sonst entsprechend umstrittene Ernennungen in den Bistümern Basel und St. Gallen folgen könnten.

Die katholische Bischofskonferenz, welche nach wie vor ihre Hoffnungen in eine persönliche Intervention des Papstes setzt, distanzierte sich vom Gutachten der RKZ, welcher sie vorwarf, damit ihre Kompetenzen überschritten zu haben. Die Bündner Regierung gab ihrerseits ein Gutachten in Auftrag.