In der Zivilgesellschaft wurde die neue Agrarpolitik grundsätzlich positiv aufgenommen. Einzig einige betroffene Interessengruppen äusserten Kritik: So bedauerten etwa die Fédération suisse du franches-montagnes (FM) und die Fédération d’élevage du cheval de sport CH (FECH) den Entscheid, die Freiberger Pferde nicht durch Importkontingente zu schützen. Der Dachverband des Handels (Handel Schweiz) beanstandete die fortwährende Subventionierung der Landwirtschaft, während der Schweizerische Getreideproduzentenverband (SGPV) im Gegenteil befürchtete, dass Grosskultur-Betriebe wie etwa Raps-, Sonnenblumen- oder Getreideproduzenten nicht mehr genügend unterstützt würden und es deshalb vermehrt zu Importen kommen werde. Im Sommer wurde von der Kleinbauern-Vereinigung eine Petition mit 16 000 Unterschriften zur Stärkung kleiner und mittlerer Bauernbetriebe eingereicht: Der Verein fürchtete, dass wegen der Neuberechnung der Standardarbeitskraft (SAK) viele Höfe weniger oder gar keine Direktzahlungen mehr erhalten würden. Die Thematik war im Parlament nicht behandelt worden; der Bundesrat hatte aber in der Botschaft zur Agrarpolitik festgehalten, dass er die Definitionsmerkmale für eine SAK strenger gestalten wolle, um dem technischen Fortschritt der letzten Jahre gerecht zu werden. Da sich während der Vernehmlassung zu den Verordnungen offenbar auch andere Interessengruppen kritisch zu dieser Anpassung geäussert hatten, beschloss der Bund, vorerst darauf zu verzichten: Man wollte stattdessen die Ergebnisse eines Berichts abwarten, der die Zweckmässigkeit und Präzision der Einheit SAK grundsätzlich reflektieren und eventuelle Alternativen aufzeigen soll. Der Genfer Winzer Willy Cretegny beschloss zusammen mit der welschen Bauerngewerkschaft Uniterre, das Referendum gegen die Agrarpolitik zu ergreifen. Die Landwirtschaftskammer des Schweizerischen Bauernverbands (SBV) entschied jedoch, auf ein Referendum zu verzichten. Cretegny schaffte es denn auch nicht, die benötigten Unterschriften innerhalb der Sammelfrist zusammenzutragen.