Nachdem der Lobbyismus des Bauernverbands bereits 2015 Gegenstand von Kritik war, liessen diverse Schweizer Medien auch 2016 nicht davon ab. Stein des Anstosses war die Zustimmung des Nationalrats in der Sondersession Ende April zu einem umstrittenen Gesetzesentwurf, der Bauern beim Verkauf von Bauland steuerlich entlasten sollte. Eine solche Regelung war bis 2011 in Kraft gewesen, bevor das Bundesgericht Ende 2011 entschied, dass Bauern Gewinne aus dem Verkauf von Bauland vollumfänglich versteuern müssen. Der Schweizerische Bauernverband (SBV), allen voran dessen Präsident Markus Ritter (cvp, SG), hatte vor der Abstimmung im Nationalrat intensiv für die Wiedereinführung dieses Gesetzes geweibelt. Gemäss Medienberichten entgingen dem Bund insgesamt 400 Millionen Franken an Steuer- und AHV-Einnahmen, wenn das Gesetz wieder eingeführt werden würde.

Überrascht über den Entscheid des Nationalrats untersuchten die Medien in der Folge die Einflussnahme Ritters auf seine Ratskollegen. Die CVP-Fraktion würde merklich öfter die Anliegen der Bauern unterstützen seit Ritter 2012 Präsident des SBV wurde. Damit sei eine „Agrar-Allianz“ im Nationalrat entstanden, bestehend aus der CVP-, der SVP- und der BDP-Fraktion, die im Nationalrat über eine Mehrheit verfügen. Durch das Betreiben von Kuhhandel würden dabei unentschlossene Parlamentarier überzeugt: Die Unternehmenssteuerreform III sei von Ritter zuerst kritisiert worden, bevor er den Wirtschaftsvertretern die Unterstützung der Bauern zusicherte, um im Gegenzug deren Stimmen für das eigene Anliegen zu erhalten. In einem Interview mit der Aargauer Zeitung verteidigte sich der höchste Schweizer Bauer: Mit der steuerlichen Entlastung für Bauern, die ihr Bauland verkauften, solle eine Gleichbehandlung von Bauern, Privatpersonen und Firmeninhabern geschaffen werden – etwas, das vom Schweizerischen Gewerbeverband (SGV) jedoch bestritten wurde. Es sei zudem „kein Selbstläufer“, Politiker der CVP-, SVP- und BDP-Fraktionen, in denen die Bauern allesamt nicht in der Mehrheit sind, von den Anliegen des Bauernverbands zu überzeugen. Zum Vorwurf des Kuhhandels sagte Ritter, dass der Bauernverband grundsätzlich jedes Geschäft einzeln prüfe und es dem Verband nicht um Gegengeschäfte gehe, sondern um „das Finden von Mehrheiten“.

Ständeräte zeigten sich im Sommer jedoch sehr skeptisch gegenüber dem Entscheid der grossen Kammer. Die Bauern würden ihren Rückhalt in der Bevölkerung überschätzen, sagte Ruedi Noser (fdp, ZH) und Anita Fetz (sp, BS) unterstellte den Bauernvertretern im Parlament, dass sie „unverfroren überall zugreifen“. Auch die Bauland-Affäre von Bundesrat Guy Parmelin (svp) dürfte zum schweren Stand des Gesetzesvorhabens bei den Ständeräten beigetragen haben. Denn anfangs Mai enthüllte der Blick, dass sich Parmelin im Bundesrat für die Annahme des Gesetzes stark machte, von dem er selber als Miteigentümer einer Baulandparzelle profitiert hätte. In der Dezembersession beschloss der Ständerat mit 27:12 Stimmen denn auch deutlich, nicht auf die Vorlage einzutreten, womit das Geschäft an den Nationalrat zurückging.

Der Gewerbeverband verabschiedete an seiner Delegiertenversammlung vom 11. September in Lausanne ein wirtschaftspolitisches Aktionsprogramm. Dieses wendet sich gegen Behinderungen und Belastungen der Wirtschaft, wie sie zum Beispiel die geplante Energieabgabe oder die von der Genschutz-Initiative verlangten Verbote darstellen. In der Sozialpolitik lehnt das Programm jeden Ausbau im Sozialversicherungsbereich ab. Bei den Bemühungen zur Sicherung der bestehenden Sozialwerke erklärte sich der SGV nur bei der Invalidenversicherung mit Beitragserhöhungen einverstanden. Hauptthema an der Delegiertenversammlung war allerdings nicht dieses Programm, sondern die Klagen über die als zu restriktiv empfundene Kreditpolitik der Banken, welche viele Kleinbetriebe in den Ruin treiben würde.