Einen, allerdings auf niedriger Flamme gehaltenen Konflikt erlebte der SGB bei der Beurteilung der Zweitauflage des von ihm 1996 erfolgreich bekämpften Arbeitsgesetzes. Das von der Gewerkschaft Druck und Papier (GDP) zusammen mit Westschweizer Gewerkschaftern (unter anderem der Waadtländer Gewerkschaftsbund) lancierte Referendum unterstützte er nicht, da in den parlamentarischen Verhandlungen mit der Erfüllung der beiden Hauptforderungen (Zeitzuschläge und Sonntagsarbeitverbot) das Maximum herausgeholt worden sei. Zuhanden der Volksabstimmung gab er – wie auch die SP und der CNG – die Ja-Parole aus, während die GDP zusammen mit der PdA für eine Ablehnung warb.
Der SGB lancierte zusammen mit der SP zwar einige Volksinitiativen, marschierte aber bei der Parolenfassung für Volksabstimmung nicht immer im Gleichschritt mit den Sozialdemokraten. Bei der von der SP unterstützten Genschutz-Initiative hatte der grösste Teilverband, die GBI, welche auch die Interessen der Chemieangestellten vertritt, die Nein-Parole beschlossen. Im SGB war zwar in einer Eventualabstimmung eine Mehrheit der Delegierten für eine Unterstützung der Initiative, schliesslich setzte sich aber die Stimmfreigabe durch. Zu der von der SP mitgetragenen S.o.S.-Initiative für eine Abschaffung der präventiven Polizei gab der SGB keine Abstimmungsparole heraus, und zu der von der SP unterstützten «Droleg»-Initiative gab er die Stimme frei. Einig mit der SP war man sich hingegen bei der Unterstützung der beiden Referenden gegen das revidierte Asylgesetz und die dazu gehörenden dringlichen Massnahmen.