Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte den AHV-Steuer-Deal. Die WAK-SR beantragte der kleinen Kammer, alle Änderungen des Nationalrats anzunehmen. Bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) hatte die WAK-NR über den Sommer zahlreiche Abklärungen getroffen, um die der Ständerat gebeten hatte, und nun entsprechende formelle Verbesserungen vorgenommen. Auch die beiden inhaltlichen Änderungen zum KEP hiess die ständerätliche Kommission gut und der Ständerat akzeptierte sie stillschweigend. Umstrittener war hingegen die Änderung des Nationalrats bezüglich der Gemeinden. Auch hier sehe die WAK-SR keine Schwierigkeiten, zumal den einzelnen Gemeinden daraus kein Rechtsanspruch entstehe, erklärte Pirmin Bischof (cvp, SO). Gemäss Bundesrat Maurer habe die entsprechende Formulierung bei den Kantonsvertreterinnen und -vertretern zudem «nicht viel mehr als ein Achselzucken» ausgelöst. Der Finanzminister erwartete daher diesbezüglich keinen Widerstand von den Kantonen. Einige Ständeräte erachteten die Formulierung jedoch als problematisch. Sie kritisierten insbesondere den Eingriff in die Organisationsfreiheit der Kantone heftig. Einen Antrag Eberle (svp, TG) auf Streichung beider Versionen – die Auswirkungen des Gesetzes auf die Gemeinden sollten also weder berücksichtigt, noch abgegolten werden – lehnte der Ständerat jedoch mit 30 zu 12 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) ab und nahm die Vorlage stillschweigend an.
Bevor das Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung (STAF) jedoch reif war für die Schlussabstimmungen, mussten noch einige Änderungswünsche der Redaktionskommission behandelt werden. Die beiden Räte akzeptierten diese stillschweigend und brachten die Vorlage anschliessend mit 112 zu 67 Stimmen (bei 11 Enthaltungen) respektive 39 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) unter Dach und Fach.

Bereits zu diesem Zeitpunkt waren sich die Kommentatoren in den Medien einig, dass das Volk 2019 sehr wahrscheinlich über das STAF abstimmen wird. Die Jungparteien der Grünen und der Grünliberalen hatten zu diesem Zeitpunkt bereits angekündigt, das Referendum ergreifen zu wollen. Widerstand gegen die Vorlage hatten unter anderem auch Westschweizer Gewerkschaften, Grüne und Jungsozialisten angekündigt. Unklar waren noch die Haltungen der SP und der Gewerkschaften, die in ausserordentlichen Delegiertenversammlungen gefasst werden sollten. Hingegen betonten Vertreter der SVP mehrfach, dass die Partei das Referendum nicht ergreifen, jedoch vermutlich die Nein-Parole zum Gesetz ausgeben werde.

L'initiative pour la souveraineté alimentaire des syndicats Uniterre et L'autre syndicat passe aux mains de la chambre haute. Isidor Baumann (pdc, UR) expose les raisons pour lesquelles aucun membre de la commission compétente (CER-CE) – après avoir auditionné deux membres du comité d'initiative et tenu compte des prises de position du SECO, de l'OFAG ainsi que de l'OSAV – ne soutient le présent texte: cette initiative va, à leurs yeux, trop loin et ne pourrait pas être appliquée sur certains points. De plus, elle risque de provoquer la mise en place de nouvelles mesures étatiques et d'augmenter les coûts tant pour la Confédération que pour les consommatrices et consommateurs. Il ajoute que les mesures préconisées concernant la protection douanière pourraient entrer en conflit avec les accords de l'OMC. Finalement, la commission estime que le texte sur la sécurité alimentaire remplit déjà une grande partie des volontés de la présente initiative, la rendant superflue. La CER-CE propose donc, par 11 voix contre 0 et 2 absentions, aux membres du Conseil des Etats de la rejeter.
En comparaison avec les discussions ayant eu lieu au Conseil national, celles menées dans la chambre haute ont été concises. Trois sénateurs – Konrad Graber (pdc, LU), Peter Föhn (udc, SZ) et Peter Hegglin (odc, ZG) – exposent les raisons de leur opposition au texte, invoquant des arguments similaires à ceux délivrés par la commission compétente, à savoir, que le texte est superflu et qu'une implication plus grande de l'Etat dans ce domaine ne profiterait à personne. Seul le sénateur genevois Robert Cramer (verts, GE) se fait le défenseur de l'initiative, sans pour autant avoir déposé de proposition visant à l'acceptation du texte. Pour lui, l'initiative est une possibilité offerte de changer de cap concernant la politique agricole actuellement en place et ainsi que celle réfléchie par le Conseil fédéral. L'initiative veut, en effet, mettre en place une politique alimentaire orientée sur «la santé, la régionalité, le climat, la biodiversité et la responsabilité sociale» selon les mots du sénateur vert.
Le conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann revient, à son tour, sur les raisons invoquées par l'exécutif de ne pas soutenir cette initiative. Il explique tout d'abord que celle-ci est débattue dans un contexte bien particulier, à savoir au milieu de discussions sur la vue d'ensemble sur le développement à moyen terme de la politique agricole, sur la Politique agricole 22+, ainsi que sur les accords entre les pays du MERCOSUR et les pays de l'AELE. Il considère que cela amène une certaine confusion quant aux volontés du Conseil fédéral dans ce domaine. L'acceptation en septembre 2017 du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire a permis d'inscrire dans la Constitution un certain nombre de points donnant une base pour l'orientation future de l'agriculture suisse, rendant l'initiative discutée superflue selon l'exécutif. De plus, et comme déjà exposé à la chambre basse, certaines des demandes de l'initiative vont à l'encontre de la politique agricole suisse, comme par exemple l'augmentation du nombre d'actifs dans l'agriculture.
Aucune proposition d'acceptation du texte n'ayant été déposée, le Conseil des Etats adhère, de facto, à la décision du Conseil national, à savoir proposer de rejeter l'initiative.