Im September 2023 veröffentlichte der Bundesrat die Botschaft zur Änderung des Bundesgesetzes über die Schweizerischen Bundesbahnen (SBBG) mit dem Ziel, die nachhaltige Finanzierung der SBB zu fördern und die Liquidität des BIF zu gewährleisten. Die finanzielle Lage der SBB habe sich laut dem Bundesrat seit der Covid-19-Pandemie stark verschlechtert, so dass die Zielgrösse der maximalen Nettoverschuldung, welche der SBB vorgegeben wird, nicht mehr eingehalten werden könne. Mit der Vorlage solle nun der zunehmenden Verschuldung der SBB entgegengewirkt und dadurch gewährleistet werden, dass die SBB ihre Aufgaben, wie beispielsweise den Ausbau der Bahninfrastruktur, weiterhin ohne Einschränkungen wahrnehmen könne.
Die Botschaft umfasste drei Teilbereiche; einen einmaligen Kapitalzuschuss von CHF 1.15 Mrd., eine Änderung der Finanzierungsinstrumente der SBB und eine Anpassung des Schwerverkehrsabgabegesetzes (SVAG). Mit dem Kapitalzuschuss von CHF 1.15 Mrd. ans Eigenkapital der SBB wollte der Bundesrat die zunehmende Nettoverschuldung der SBB entschärfen und eine Motion der KVF-SR umsetzen. Die Höhe des Zuschusses leitete der Bundesrat aus den Verlusten im Fernverkehr während der Pandemiejahre 2020-2022 ab.
Nach geltendem Recht werden der SBB rückzahlbare Darlehen aus dem Bundeshaushalt in Form von Tresoreriedarlehen gewährt. Diese Darlehen unterliegen nicht der Schuldenbremse. Der Bundesrat forderte im zweiten Bereich der Vorlage, dass die Form dieser Darlehen ab einer bestimmten Höhe des Verschuldungsniveaus – der Bundesrat ging dabei von CHF 11.4 Mrd. aus – von Tresorerie- zu Haushaltsdarlehen umgewandelt werden. Diese Darlehen über dem Verschuldungsmaximum unterständen somit der Schuldenbremse und müssten vom Parlament gutgeheissen werden. Mit der Anpassung des SVAG wollte der Bundesrat drittens bezwecken, dass zwei Drittel der Schwerverkehrsabgabe dem BIF zugewiesen werden und somit dessen Liquidität gesichert wird. Lägen die Reserven des BIF aber über einem angemessenen Mass, könnten die Überschüsse in den Strassenverkehr investiert werden, statt sie in den BIF einzulegen. Das SVAG legt bisher fest, dass der Ertrag aus der leistungsabhängigen Schwerverkehrsabgabe zu zwei Dritteln dem Bund zur Verfügung steht, welcher diese Einnahmen grösstenteils für die Finanzierung von Eisenbahngrossprojekten verwenden soll. Nun sollen diese Mittel ausschliesslich in den BIF fliessen, bis dessen Fondsreserve auf das Niveau von CHF 300 Mio. angewachsen ist.
Die geplante Änderung des SBBG war laut dem Bundesrat in der Vernehmlassung von einer grossen Mehrheit der Stellungnehmenden gutgeheissen worden. Hingegen sprachen sich beispielsweise die SVP, die FDP und das Cargo Forum Schweiz gegen die Änderung der Darlehenshandhabung aus. Da die SBB über eine Staatsgarantie verfüge, solle sie nicht parallel auch Tresoreriedarlehen erhalten. An anderer Stelle wurde bemängelt, dass die Anpassung der Darlehenshandhabung die langfristige Planbarkeit der SBB beeinträchtigen könnte (SP, SGB, SEV). Im Rahmen des geplanten Kapitalzuschusses und der Anpassung des SVAG brachten verschiedene Kantone Bedingungen ein. Der Kapitalzuschuss dürfe nicht in andere Kürzungen im Bereich des öffentlichen Verkehrs resultieren und die Produktivitätssteigerung der SBB müsse weiterhin gewährleistet werden. Die Massnahmen bezüglich des BIF sollen zudem nicht zu Verzögerungen in der Umsetzung der Ausbauschritte der Bahninfrastruktur führen. Einige Vernehmlassungsteilnehmende lehnten sowohl den Kapitalzuschuss als auch die Anpassung der BIF-Reservehandhabung grundsätzlich ab (FDP, SVP, economiesuisse, ASTAG). Da die Vorlage in der Vernehmlassung im Grossen und Ganzen aber laut dem Bundesrat auf breite Unterstützung gestossen sei, beschloss dieser im Anschluss an die Vernehmlassung, ohne Änderungen an seinem Vorschlag festzuhalten.