Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification.

Les cantons d'Obwald, de Schwytz et des Grisons ont déposé chacun une initiative demandant l'édulcoration de l'article 24sexties de la constitution (Rothenthurm). Selon leurs textes, il s'agirait de pondérer la protection des marais avec les intérêts de l'économie régionale tels que tourisme, armée, loisirs, commerces et industries. En outre, la clause de rétroactivité contenue dans la disposition transitoire devrait être abrogée.

L'Allemagne, la France, l'Italie, la Yougoslavie, le Liechtenstein, l'Autriche et la Suisse ainsi que la CE ont décidé de mener une politique globale de conservation des Alpes par le biais d'une Convention sur la protection des Alpes qui tire son origine d'une résolution établie à la conférence de Berchtesgaden (RFA) en 1989. Une série de protocoles doit préciser les mesures à prendre et les lignes de conduite à tenir pour atteindre ce but. Cela concerne notamment cinq domaines: la protection de la nature et du paysage, les transports, l'économie de montagne, le tourisme et l'aménagement du territoire. Les transports forment le volet le plus important; il s'agit de diminuer les risques qu'ils font peser sur les hommes, les animaux et les plantes, en particulier par le transfert de la route au rail du transit de marchandises. Le projet de Convention mis en consultation par le Conseil fédéral a reçu un bon accueil de la part de la majorité des cantons, partis et organisations concernés. Certains opposants, notamment les cantons montagnards comme UR, GR, VS, TI, 0W et GL, ont cependant estimé qu'il portait atteinte à la souveraineté cantonale et qu'il pourrait nuire au développement économique des régions de montagne. La Suisse a ainsi signé la convention en novembre, à Salzbourg, tout en émettant certaines réserves et en signalant que le bon déroulement des négociations sur les protocoles additionnels serait une condition de la ratification.