Im Juni 2016 hatte der Bundesrat seine Botschaft zur Teilrevision des Bundesgesetzes über die Binnenschifffahrt vorgelegt. Die zentralen Punkte der Teilrevision waren die Einführung einer risikoorientierten Sicherheitsaufsicht und eines Sicherheitsnachweises in der gewerblichen Fahrgast- und Güterschifffahrt, die Schaffung einer Grundlage für die Anwendung der Atemalkoholprobe analog zum Strassenverkehr sowie die Schaffung einer rechtlichen Grundlage für zentrale Register über die Schiffe, deren Halter und die Fahrberechtigungen. Der Bundesrat beschränkte sich hierbei darauf, die Schaffung der Register zu ermöglichen – diese seien von den Kantonen gewünscht worden und sollten gemäss der bundesrätlichen Botschaft von diesen geschaffen, verantwortet und finanziert werden.
Im Dezember 2016 nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts auf und entschied abweichend vom Bundesrat: Er strich die Artikel zur Schaffung der zentralen Register und änderte das Altersjahr für die ärztliche Untersuchung der Fahreignung von 70 auf 75.
Am 2. März 2017 kam das Geschäft in den Nationalrat. Eine Minderheit Wobmann (svp, SO) beantragte, nicht darauf einzutreten. Die Teilrevision sei nicht nötig und daher nur eine Aufblähung des Gesetzes. Der Rat trat jedoch auf die Vorlage ein und folgte dem Ständerat in dessen Abweichungen von der Vorlage des Bundesrates. Einzig eine Differenz bei den Voraussetzungen für die Erteilung des Führerausweises wurde geschaffen.
Der Ständerat lenkte schon am 8. März 2017 ein und stimmte dem Nationalrat zu. In den Schlussabstimmungen vom 17. März nahm der Ständerat die Teilrevision des Bundesgesetzes über die Binnenschifffahrt bei 2 Enthaltungen einstimmig an, der Nationalrat stimmte mit 133 zu 64 Stimmen (aus der SVP-Fraktion) ohne Enthaltungen zu.
Laut dem Verband der Schweizerischen Schifffahrtsunternehmen habe der mit der Gesetzesänderung an die Schifffahrtsunternehmen übertragene Sicherheitsnachweis hohe Kosten für die Unternehmen zur Folge. Der Verband verzichtete aber darauf, das Referendum zu ergreifen.

Der Verband Schweizerischer Schifffahrtsunternehmungen (VSSU) führte Verhandlungen mit dem Verband öffentlicher Verkehr (VöV) zur besseren Berücksichtigung der Schifffahrtsgesellschaften bei der Verteilung der Einnahmen aus dem Generalabonnement-Erlös (derzeit 1.10 bis 1.20 pro GA). Für die Schifffahrtsunternehmen käme allenfalls auch die Einführung einer Pauschale (z.B. 5.- pro Fahrt mit GA) in Frage.

Le Conseil fédéral a mis en consultation les propositions de ce rapport, réaffirmant toutefois sa préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Il a en outre ajouté que les trois nouvelles mesures de financement proposées - à savoir la hausse de 10 centimes sur les carburants, la taxe ferroviaire et le prélèvement des 2/3 du produit de la taxe poids lourd - seraient soumises sous la forme d'un seul article constitutionnel à l'approbation du peuple et des cantons.

Lors de la procédure de consultation, les réactions n'ont de loin pas été positives. Ainsi, les cantons romands et bernois ont accueilli assez froidement les propositions du groupe de travail, rejetant catégoriquement la variante consistant à construire prioritairement le tunnel du Gothard ainsi qu'émettant des doutes sur la sécurité et la rentabilité d'un tunnel du Lötschberg sur une seule voie. Les cantons de Suisse orientale ont quant à eux rejeté la proposition de renoncer au raccordement avec leur région. Enfin, ceux de Suisse centrale, de concert avec le Tessin et Zurich, ont exigé que les voies d'accès soient réalisées en même temps que le tunnel de base, même s'il fallait renoncer pour ce faire à toute construction au Lötschberg. Sur la question du financement, les cantons se sont exprimés de manière plus unanime et plus positive, même si certains ont proposé un recours plus massif à l'emprunt ou une hausse de la TVA. Les associations de défense des utilisateurs de la route ont à l'inverse critiqué principalement le mode de financement. Le Touring Club suisse (TCS), l'Association suisse des transports routiers (ASTAG) et la Fédération routière suisse (FRS) ont rejeté la proposition d'augmenter le prix de l'essence, estimant inadmissible que ce soient les utilisateurs de la route qui financent pour près de 70 pour cent les projets ferroviaires. L'ASTAG a réitéré son opposition catégorique au montant de la taxe poids lourd. Selon le lobby routier, une taxe sur la consommation, sous la forme d'une hausse de la TVA ou d' une taxe sur l'énergie fossile, ainsi qu' un recours plus important à l'emprunt seraient préférables. L'Association Transport Environnement (ATE) et le Service d'information des transports publics (LITRA) ont en revanche accueilli favorablement les propositions du Conseil fédéral en matière de financement, envisageant même une hausse du prix de l'essence plus importante. Concernant la question des deux variantes, l'ACS, la FRS et l'ATE se sont exprimés en faveur de la construction en priorité du tunnel de base du Gothard, les autres organisations s'abstenant de prendre position sur ce point.

Le référendum lancé par les écologistes, les automobilistes et un comité uranais en 1991 a abouti en début d'année, difficilement et après diverses péripéties.