Der Verband Schweizerischer Schifffahrtsunternehmungen (VSSU) führte Verhandlungen mit dem Verband öffentlicher Verkehr (VöV) zur besseren Berücksichtigung der Schifffahrtsgesellschaften bei der Verteilung der Einnahmen aus dem Generalabonnement-Erlös (derzeit 1.10 bis 1.20 pro GA). Für die Schifffahrtsunternehmen käme allenfalls auch die Einführung einer Pauschale (z.B. 5.- pro Fahrt mit GA) in Frage.

Mit einer im Jahr 2006 beschlossenen Teilrevision des Umweltschutzgesetzes und des Natur- und Heimatschutzgesetzes wurde unter anderem konkretisiert, dass beschwerdeberechtigte Umweltorganisationen keine wirtschaftlichen Tätigkeiten ausführen dürfen – mit Ausnahme solcher Aktivitäten, die der Erreichung der ideellen Zwecke der Organisation dienen. Eine darauffolgende Überprüfung durch das UVEK führte zu Tage, dass sechs der berechtigten Umweltorganisationen, darunter der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS), wirtschaftlichen Tätigkeiten nachgingen, die einer genaueren Überprüfung bedürfen. Diese ergab jedoch, dass sich die Tätigkeiten all dieser Organisationen im gesetzlichen Rahmen befinden und aufgrund dessen keiner Organisation das Beschwerderecht zu entziehen sei. Eine Anhörung ergab, dass im Speziellen die Wirtschaftsverbände und Automobilorganisationen der Ansicht waren, dem VCS sei das Beschwerderecht zu entziehen. Dabei wurde darauf hingewiesen, dass rund 55% der Einnahmen des VCS durch das Versicherungsgeschäft erfolgten.

L’accord sur les transports terrestres a été accueilli dans l’ensemble positivement par les milieux consultés. Seuls la Fédération suisse des cheminots (SEV) et Pro Bahn Schweiz se sont montrés réellement sceptiques. Nombreux ont critiqué l’octroi de contingents de 40 t durant la période transitoire et jugés les taux de la RPLP trop bas pour permettre le transfert du trafic transalpin sur le rail. Pratiquement tous les milieux ont qualifié de nécessaires les mesures d’accompagnement, mais de grandes divergences sont apparues quant à leur forme et mise en œuvre. Seul le Centre Patronal les rejeta catégoriquement; l’Union suisse des arts et métiers aurait préféré les séparer de l’accord. Concernant le transfert, les partis gouvernementaux ont exigé un objectif annuel de 650 000 camions au maximum dès 2007. Les associations écologistes, le comité de l’initiative des Alpes et la SEV ont souhaité un objectif maximal de 500 000 trajets pour la même date, ainsi que des objectifs intermédiaires. Pratiquement tous les milieux consultés ont demandé que la Confédération augmente ses dépenses pour promouvoir le transport ferroviaire. Les partis gouvernementaux ont souhaité un plafond de dépenses annuel de CHF 300 millions, les CFF de CHF 350 millions et les associations écologistes de CHF 500 millions. Le Vorort, par contre, s’est opposé à une telle augmentation. Les avis ont été partagés sur la répartition des contingents de 40 t entre les transporteurs suisses: les associations écologistes et la SEV ont souhaité que les transporteurs suisses obtiennent la moitié du contingent de ceux de l’UE; les partis gouvernementaux, la CGC, les associations de transport routier et le Vorort ont réclamé un contingent identique. Ces derniers ont également contesté que l’octroi de ces contingents soit subordonné à l’obligation d’utiliser également le rail. Le renforcement des contrôles du trafic lourd à été généralement approuvé. Les cantons se sont déclarés prêts à participer au contrôle des poids lourds, à condition que les contributions pour la surveillance policière de la circulation soient à nouveau versées par les taxes sur les carburants. Plusieurs milieux concernés, dont les associations écologistes et la Conférence des gouvernements cantonaux, ont réclamé l’inscription dans la loi sur la circulation routière de l’interdiction de circuler la nuit et le dimanche. Finalement, l’UDC a estimé incontournable une modification de l’article constitutionnel sur la protection des Alpes en raison de l’accord sur les transports terrestres.

Le Conseil fédéral a mis en consultation les propositions de ce rapport, réaffirmant toutefois sa préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Il a en outre ajouté que les trois nouvelles mesures de financement proposées - à savoir la hausse de 10 centimes sur les carburants, la taxe ferroviaire et le prélèvement des 2/3 du produit de la taxe poids lourd - seraient soumises sous la forme d'un seul article constitutionnel à l'approbation du peuple et des cantons.

Lors de la procédure de consultation, les réactions n'ont de loin pas été positives. Ainsi, les cantons romands et bernois ont accueilli assez froidement les propositions du groupe de travail, rejetant catégoriquement la variante consistant à construire prioritairement le tunnel du Gothard ainsi qu'émettant des doutes sur la sécurité et la rentabilité d'un tunnel du Lötschberg sur une seule voie. Les cantons de Suisse orientale ont quant à eux rejeté la proposition de renoncer au raccordement avec leur région. Enfin, ceux de Suisse centrale, de concert avec le Tessin et Zurich, ont exigé que les voies d'accès soient réalisées en même temps que le tunnel de base, même s'il fallait renoncer pour ce faire à toute construction au Lötschberg. Sur la question du financement, les cantons se sont exprimés de manière plus unanime et plus positive, même si certains ont proposé un recours plus massif à l'emprunt ou une hausse de la TVA. Les associations de défense des utilisateurs de la route ont à l'inverse critiqué principalement le mode de financement. Le Touring Club suisse (TCS), l'Association suisse des transports routiers (ASTAG) et la Fédération routière suisse (FRS) ont rejeté la proposition d'augmenter le prix de l'essence, estimant inadmissible que ce soient les utilisateurs de la route qui financent pour près de 70 pour cent les projets ferroviaires. L'ASTAG a réitéré son opposition catégorique au montant de la taxe poids lourd. Selon le lobby routier, une taxe sur la consommation, sous la forme d'une hausse de la TVA ou d' une taxe sur l'énergie fossile, ainsi qu' un recours plus important à l'emprunt seraient préférables. L'Association Transport Environnement (ATE) et le Service d'information des transports publics (LITRA) ont en revanche accueilli favorablement les propositions du Conseil fédéral en matière de financement, envisageant même une hausse du prix de l'essence plus importante. Concernant la question des deux variantes, l'ACS, la FRS et l'ATE se sont exprimés en faveur de la construction en priorité du tunnel de base du Gothard, les autres organisations s'abstenant de prendre position sur ce point.