Mit dem 1992 in Kraft getretenen Gewässerschutzgesetz wurden die Kantone zur Gewässersanierung angehalten, um in Flüssen unterhalb von bestehenden Kraftwerken bis Ende 2012 eine ausreichende Restwassermenge sicherzustellen. Im Berichtsjahr wurde bekannt, dass nur die Kantone Basel-Landschaft und Genf dieser Verpflichtung fristgerecht nachkommen können. In 16 Kantonen könne die Gewässersanierung voraussichtlich 2015 abgeschlossen werden; die restlichen Kantone – mit Ausnahme von Schaffhausen und Appenzell Innerrhoden, die keinen Sanierungsbedarf aufwiesen – befänden sich noch stärker im Verzug. Dieser Umstand, der zur Verendung von Tausenden von Fischen und Kleinlebewesen führe, erzürnte Umwelt- und Fischereiverbände. Die Kantone begründeten die Verzögerungen mit Kapazitätsengpässen, anderweitigen Prioritäten – namentlich die Gefahrenkarte und die Festlegung des Gewässerraumes – sowie mit schleppenden Verhandlungen mit den Kraftwerkbetreibern.

Im Berichtsjahr publizierte das UVEK die Anhörungsergebnisse zur Umsetzung der parlamentarischen Initiative der UREK-SR zu Schutz und Nutzung der Gewässer, welche auch einer Anpassung der Gewässerschutzverordnung bedurfte. Notwendig geworden sind die Anpassungen aufgrund der Annahme des indirekten Gegenvorschlages zur – daraufhin bedingt zurückgezogenen – Volksinitiative „Lebendiges Wasser“. Die Anpassung betrifft in erster Linie die Renaturierung der Gewässer, Massnahmen im Bereich Schwall und Sunk, Geschiebehaushalt sowie die Finanzierung. Die Umweltorganisationen sowie die Hälfte der Kantone bewerteten den Entwurf positiv. Über 70 der 173 eingegangenen Stellungnahmen äusserten sich jedoch auch negativ zum Entwurf und 34 Vernehmlassungsteilnehmer lehnten ihn sogar vollständig ab. Zu Letzteren gehörten neben sechs Kantonen auch der Bauernverband und die SVP. Bedenken äusserten des Weiteren Vertreter der Elektrizitätswirtschaft und die Kraftwerke. Umstritten war insbesondere die Festlegung der Breite des Gewässerraumes. Während Umwelt- und Fischereiverbände eine weitere Ausdehnung des Gewässerraumes forderten, erachtete die Mehrheit der restlichen Vernehmlassungsteilnehmer den in der Anhörung präsentierten Wortlaut als zu weitgehend. Darüber hinaus wurde stark kritisiert, dass die Regelungen den Kantonen zu wenig Spielraum gewähren würden. Der Bundesrat hielt jedoch daran fest, den Gewässerraum genau zu definieren, wie dies auch die Kernforderung der zurückgezogenen Initiative vorsah. Damit werden ca. 4000 km Ufer von Fliessgewässern revitalisiert. Darüber hinaus sei der Gewässerraum bei Gewässern mit mehr als 15 m Breite für die Gewährleistung der natürlichen Funktionen und für den Hochwasserschutz zu reservieren. Der Bundesrat zeigte sich jedoch auch zu Kompromissen bereit. Nach diesen darf der Gewässerraum in urbanen Zentren in gewissen Fällen vermindert werden und auf die Festlegung eines Grenzwertes für den Wasserstand bei Wasserkraftanlagen wird verzichtet. Der Bundesrat bleibt dabei, dass die Landwirte den Gewässerraum in ländlichen Gebieten nur extensiv nutzen dürfen. Für diese Einschränkung werden die Landwirte jedoch entschädigt und zwar mit Aufstockung des Landwirtschaftsbudgets um CHF 20 Mio. pro Jahr. Die Verordnung trat in dieser Form am 1. Juni 2011 in Kraft. Die Kantone sind angehalten, innerhalb von vier Jahren die Grundlagen zur Planung der Revitalisierung und der Massnahmen zur Sanierung der Wasserkraftwerke zu schaffen.

La persévérance des pêcheurs et des protecteurs de la nature neuchâtelois a fini par payer. Dès la fin de 2004, le Doubs retrouvera sa vitalité sur quelque 70 kilomètres de son cours grâce à un investissement de 5,5 millions de francs : le barrage du Châtelot sera équipé d’une turbine, installée à sa base, qui permettra d’assurer un débit minimum de 2 mètres cubes. Jusqu’alors et suivant les conditions climatiques, l’ouvrage franco-helvétique, inauguré en 1953, rejetait en aval des quantités d’eau très variables, qui pouvaient se réduire à un mince filet. En France comme en Suisse, les atteintes à la faune et à la flore, qu’impliquaient ces variations de débits, étaient dénoncées depuis des années. La clé de répartition de l’investissement nécessaire à la turbine est de 2,5 millions de francs pour la Société des forces motrices du Châtelot, de 520 000 pour la Confédération, de 450 000 pour le canton de Neuchâtel et de 1,5 millions pour la France. A cela s’ajoute un crédit du Fonds suisse pour le paysage.

Repoussée à deux reprises déjà durant l'année 1996, la décision que doit prendre le Conseil fédéral concernant l'inscription éventuelle des marais du Grimsel (BE) dans l'inventaire des sites marécageux dignes d'être protégés a été suspendue jusqu'à ce que les incertitudes qui planent sur l'approvisionnement énergétique de la Suisse à partir de 2015 puissent être levées. Dans l'intervalle, le gouvernement a opté pour la protection provisoire du site bernois, empêchant par là-même la réalisation à court terme du projet d'extension de la centrale hydro-électrique du Grimsel-Ouest. A l'annonce de cette décision, les associations écologistes ainsi que les partis de la gauche bernoise se sont déclarés déçus de la tournure donnée à ce dossier par le Conseil fédéral. Soulagés de ne pas voir leur projet définitivement condamné, les partisans de la construction du barrage ont pour leur part pris acte de la stratégie de temporisation du gouvernement avec un certain optimisme, et ce malgré la menace que fait planer le processus de libéralisation du marché suisse de l'électricité sur la rentabilité de cette installation devisée à quelque CHF 3 à 4 milliards.