Début juin, le Conseil fédéral a adopté le message sur le projet de législation concernant le trafic des marchandises appelée à remplacer dès 2011 l’actuelle loi sur le trafic des marchandises. Le projet conserve plusieurs éléments critiqués lors de la consultation de l’année précédente. Malgré l’opposition du PS, des Verts, de l’Initiative des Alpes (IA) et des associations écologistes, le Conseil fédéral a révisé le calendrier de la réalisation de la réduction du nombre de courses de camions à travers les Alpes à 650'000/an. Estimant irréaliste le délai fixé à 2009, il préconise de repousser l’échéance à 2019, soit deux ans après la mise en service du tunnel de base du Gothard, lorsque les gains de productivité seront pleinement disponibles. En dépit des vives critiques des partis bourgeois et de l’Association suisse des transporteurs routiers (ASTAG), le gouvernement a décidé de maintenir la principale innovation du projet, à savoir la création d’une Bourse du transit alpin. Ce nouvel instrument doit permettre de contingenter les courses à travers les Alpes en mettant aux enchères un nombre restreint de droits de passages. En incitant au transfert du trafic des marchandises vers le rail, cette bourse contribuera à la réduction du trafic routier alpin. L’efficacité de ce dispositif dépendra toutefois de l’issue des négociations avec la Communauté européenne et les autres pays alpins concernant la coordination nécessaire à la mise en place de la bourse. L’association Initiative des Alpes a déposé un recours auprès de l’Assemblée fédérale arguant que la prolongation du délai pour la réduction du trafic routier alpin était contraire à la Constitution. La commission de gestion du Conseil national l’a rejeté au motif que l’objet contesté figurait à l’ordre du jour du parlement.

Après l’accord sur les transports terrestres conclu au niveau ministériel avec l’UE à la fin de l’année précédente, les milieux écologistes et syndicalistes ont fait pression sur le gouvernement afin d’obtenir des mesures d’accompagnement efficaces aux accords. En février, ils ont remis au conseiller fédéral Leuenberger un projet de loi concernant des mesures d’accompagnement strictes pour tempérer les effets de l’accord sur les transports avec l’UE et réaliser les buts de l’initiative des Alpes. Une augmentation des contrôles policiers sur les camions, un doublement de la redevance poids lourds forfaitaire et une limitation du nombre des 40 tonnes (t) suisses ont été demandés. Le DETEC a indiqué que ces revendications seraient examinées dans le cadre des mesures d’accompagnement à l’accord. En février, le Conseil fédéral a doublé les taux de la redevance forfaitaire sur le trafic des poids lourds avec effet au 1er janvier 2000.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.