In Beantwortung eines Postulats der KVF-SR hatte der Bundesrat Ende 2010 seinen Grundlagenbericht zu den anstehenden Sanierungs- und Instandsetzungsarbeiten am Gotthard-Strassentunnel präsentiert. Während der Zeitplan (2020–2050) weitgehend unbestritten war, gaben die Frage nach dem Sinn und Zweck einer zweiten Tunnelröhre sowie deren Vereinbarkeit mit dem Alpenschutzartikel Anlass zu heftigen Diskussionen. Unterstützt von VCS, WWF und weiteren Umweltschutzorganisationen propagierte die Alpeninitiative die komplette und dauerhafte Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, begleitet von einem Fahrverbot für überregional verkehrende Lastwagen zwischen Biasca und Erstfeld sowie einem Verladeshuttle für PKWs auf der alten Bahnstrecke zwischen Airolo und Göschenen. Der Bundesrat hielt im Bericht fest, den kostspieligen Bau einer zweiten Röhre, dessen Investitionskosten das Bundesamt für Strassen (Astra) auf CHF 2 Mrd. (bei jährlichen Unterhaltskosten CHF von 10 Mio.) schätzt, mit seinem Verlagerungskonzept (Güter durch den neuen Eisenbahn-Basistunnel, Personen durch den Eisenbahn-Scheiteltunnel) vermeiden zu wollen. Zudem wies die Regierung auch auf die möglichen verfassungsrechtlichen Konsequenzen einer zweiten Strassentunnelröhre in Bezug auf den Alpenschutzartikel hin. Wirtschaftskreise und mit ihnen viele bürgerliche Politiker aus den hauptsächlich vom Transitverkehr betroffenen Kantonen sahen bei einer richtungsgetrennten, einspurigen Verkehrsführung keinen Widerspruch zum Alpenschutzartikel und forderten den Bau einer zweiten Tunnelröhre (dessen Baukosten sie auf die Hälfte des vom Astra errechneten Betrags schätzten) vor Beginn der Sanierungsarbeiten. Im Verlauf des Berichtsjahrs tendierten die Tessiner, Urner und Bündner Regierungen verstärkt zur Option zweite Röhre. Dabei betonten die beiden Letzteren, am Alpenschutzartikel festhalten zu wollen. Die Bündner Regierung drohte für den Fall der Vollsperrung des Strassentunnels mit der Kontingentierung von Güterfahrten auf der A13 am San Bernardino. Das Gotthard-Komitee, die Interessengemeinschaft der 13 Kantone und der Wirtschaft entlang der Gotthard-Achse, vermochte im Sommer des Berichtsjahrs keinen Entscheid für oder gegen den Bau eines zweiten Strassentunnels zu fällen.

Trente ans après sa mise en service, en 1980, le tunnel routier du Saint-Gothard a une nouvelle fois suscité de vives discussions au cours de l’année sous revue. Après que l’OFROU a annoncé que sa réfection nécessiterait la fermeture complète du tunnel, les partis bourgeois se sont mobilisés en faveur de la construction d’un second tube tant au niveau cantonal que fédéral. Au parlement, 100 conseillers nationaux et 28 sénateurs, tous issus des rangs bourgeois, ont déposé à l’automne des propositions individuelles en ce sens. À l’inverse, les partis de gauche, les organisations de protection de l’environnement et l’Initiative des Alpes ont rejeté cette proposition au motif qu’elle allait à l’encontre l’objectif de transfert de la route au rail et violait en ce sens l’article constitutionnel sur la protection des Alpes. Dans le canton d’Uri, l’initiative populaire cantonale lancée par les jeunes UDC en faveur d’un second tube a abouti, tandis que les sections tessinoises des partis bourgeois et la Lega dei Ticinesi ont pris position dans le même sens. Au mois de septembre, le Conseil national a adopté, par 90 voix contre 56, un postulat Rime (udc, FR) (08.3560) visant à ce que le Conseil fédéral examine la possibilité du percement d'un second tube. En fin d’année, le Conseil fédéral a présenté un rapport complet concernant la réfection du tunnel routier du Saint-Gothard en réponse au postulat de la CTT-CE que lui avait transmis la chambre des cantons l’année précédente. Prévue entre 2020 et 2025, la réfection vise à rehausser le plafond intermédiaire du tunnel, à renouveler le système d’évacuation des eaux et à conformer les installations de sécurité aux normes actuelles. Compte tenu de l’ampleur de l’entreprise, le gouvernement juge nécessaire la fermeture complète du tunnel durant environ 900 jours, évoquant deux options quant à la planification des travaux. La première consiste en la fermeture annuelle du tunnel durant environ deux ans et demi. Réalisés d’une traite, les travaux coûteraient CHF 650 millions. La seconde option prévoit quant à elle la fermeture du tunnel 280 jours par an (de mi-septembre à fin juin) durant trois ans et demi et des coûts de réfection de CHF 752 millions. Quant à la gestion du trafic durant la réfection, le Conseil fédéral propose le transfert de la route au rail du transport des personnes, via le tunnel de faîte du Saint-Gothard (Göschenen-Airolo), et des marchandises, grâce au tunnel de base du Gothard (Erstfeld-Bodio). Le gouvernement juge cependant que ces solutions ne suffiront pas à empêcher les répercussions négatives de la fermeture du tunnel routier pour les cantons d’Uri et du Tessin. La construction d’un second tube n’est toutefois pas nécessaire : outre son coût élevé (environ CHF 2 milliards), elle exigerait une modification de la Constitution et ne serait pas achevée d’ici au lancement des travaux de réfection. Le Conseil fédéral a par ailleurs assuré que les cantons concernés et les commissions des transports des chambres seront associés aux discussions concernant les deux options préalablement à la décision définitive du collège gouvernemental.

Début juin, le Conseil fédéral a adopté le message sur le projet de législation concernant le trafic des marchandises appelée à remplacer dès 2011 l’actuelle loi sur le trafic des marchandises. Le projet conserve plusieurs éléments critiqués lors de la consultation de l’année précédente. Malgré l’opposition du PS, des Verts, de l’Initiative des Alpes (IA) et des associations écologistes, le Conseil fédéral a révisé le calendrier de la réalisation de la réduction du nombre de courses de camions à travers les Alpes à 650'000/an. Estimant irréaliste le délai fixé à 2009, il préconise de repousser l’échéance à 2019, soit deux ans après la mise en service du tunnel de base du Gothard, lorsque les gains de productivité seront pleinement disponibles. En dépit des vives critiques des partis bourgeois et de l’Association suisse des transporteurs routiers (ASTAG), le gouvernement a décidé de maintenir la principale innovation du projet, à savoir la création d’une Bourse du transit alpin. Ce nouvel instrument doit permettre de contingenter les courses à travers les Alpes en mettant aux enchères un nombre restreint de droits de passages. En incitant au transfert du trafic des marchandises vers le rail, cette bourse contribuera à la réduction du trafic routier alpin. L’efficacité de ce dispositif dépendra toutefois de l’issue des négociations avec la Communauté européenne et les autres pays alpins concernant la coordination nécessaire à la mise en place de la bourse. L’association Initiative des Alpes a déposé un recours auprès de l’Assemblée fédérale arguant que la prolongation du délai pour la réduction du trafic routier alpin était contraire à la Constitution. La commission de gestion du Conseil national l’a rejeté au motif que l’objet contesté figurait à l’ordre du jour du parlement.

Le Conseil fédéral a mis à l’enquête la "variante plaine" dans le cadre du tracé des NLFA à Uri. Il n’en a pas fait de même avec la "variante montagne", car pour lui l’option plaine primait et il voulait aller de l’avant afin de tenir les délais. Un commencement rapide des travaux entre Altdorf et Erstfeld était crucial pour respecter les délais de la réalisation du tunnel de base du Gothard. Or, le risque d’un retard de deux ans, à cause de la longueur de la procédure dans le canton d’Uri, planait sur la mise en service des NLFA, prévue pour 2010-2011. La réponse des uranais (citoyens, communes, organisations de protection de l’environnement, associations et canton) à la variante plaine s’est soldée par 900 oppositions. Ces derniers ont réaffirmé leur préférence pour la variante montagne, à savoir un passage intégral ou partiel dans la montagne. Le tracé mis à l’enquête entre le tunnel de l’Axen à Flüelen et le portail du futur tunnel de base (au nord d’Erstfeld) prévoit de traverser Uri à l’air libre sur six ou sept kilomètres. La digue où circuleront les trains rapides sera beaucoup plus élevée que l’actuelle, atteignant six mètres de haut (plus de deux mètres de parois antibruit). Près d’Erstfeld, la plate-forme s’élargira de 60 mètres, car on y installera des voies d’attente où les futurs longs convois de marchandises (1,5 km) céderont la place aux trains voyageurs. La variante montagne a reçu un appui inattendu sous la forme des résultats d’une étude commandée par la Confédération. Ceux-ci estimaient les variantes partiellement ou entièrement souterraines (dans la montagne) comme "techniquement réalisables". Toutefois, les experts reconnaissaient qu’aucune conclusion définitive ne pouvait être tirée quant à la variante idéale et, que si ce tracé réduisait les nuisances, son financement coûterait entre CHF 550 et 700 millions de plus que la variante plaine. Sur base de ces résultats, la commission des transports du National a demandé au Conseil fédéral d’étudier l’intégration de ce tronçon dans le plan sectoriel. Le gouvernement pouvait encore le faire, car le financement du projet devait encore passer devant le parlement. Pendant ce temps, Peter Föhn (udc, SZ) a retiré son initiative parlementaire intitulée "Tracé de la NLFA dans le canton d’Uri. Variante montagne" (01.425). A la lumière de ce rapport et des oppositions lors de la mise à l’enquête, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait en tenir compte comme base de décision pour la suite des travaux.

L’accord sur les transports terrestres a été accueilli dans l’ensemble positivement par les milieux consultés. Seuls la Fédération suisse des cheminots (SEV) et Pro Bahn Schweiz se sont montrés réellement sceptiques. Nombreux ont critiqué l’octroi de contingents de 40 t durant la période transitoire et jugés les taux de la RPLP trop bas pour permettre le transfert du trafic transalpin sur le rail. Pratiquement tous les milieux ont qualifié de nécessaires les mesures d’accompagnement, mais de grandes divergences sont apparues quant à leur forme et mise en œuvre. Seul le Centre Patronal les rejeta catégoriquement; l’Union suisse des arts et métiers aurait préféré les séparer de l’accord. Concernant le transfert, les partis gouvernementaux ont exigé un objectif annuel de 650 000 camions au maximum dès 2007. Les associations écologistes, le comité de l’initiative des Alpes et la SEV ont souhaité un objectif maximal de 500 000 trajets pour la même date, ainsi que des objectifs intermédiaires. Pratiquement tous les milieux consultés ont demandé que la Confédération augmente ses dépenses pour promouvoir le transport ferroviaire. Les partis gouvernementaux ont souhaité un plafond de dépenses annuel de CHF 300 millions, les CFF de CHF 350 millions et les associations écologistes de CHF 500 millions. Le Vorort, par contre, s’est opposé à une telle augmentation. Les avis ont été partagés sur la répartition des contingents de 40 t entre les transporteurs suisses: les associations écologistes et la SEV ont souhaité que les transporteurs suisses obtiennent la moitié du contingent de ceux de l’UE; les partis gouvernementaux, la CGC, les associations de transport routier et le Vorort ont réclamé un contingent identique. Ces derniers ont également contesté que l’octroi de ces contingents soit subordonné à l’obligation d’utiliser également le rail. Le renforcement des contrôles du trafic lourd à été généralement approuvé. Les cantons se sont déclarés prêts à participer au contrôle des poids lourds, à condition que les contributions pour la surveillance policière de la circulation soient à nouveau versées par les taxes sur les carburants. Plusieurs milieux concernés, dont les associations écologistes et la Conférence des gouvernements cantonaux, ont réclamé l’inscription dans la loi sur la circulation routière de l’interdiction de circuler la nuit et le dimanche. Finalement, l’UDC a estimé incontournable une modification de l’article constitutionnel sur la protection des Alpes en raison de l’accord sur les transports terrestres.

Après l’accord sur les transports terrestres conclu au niveau ministériel avec l’UE à la fin de l’année précédente, les milieux écologistes et syndicalistes ont fait pression sur le gouvernement afin d’obtenir des mesures d’accompagnement efficaces aux accords. En février, ils ont remis au conseiller fédéral Leuenberger un projet de loi concernant des mesures d’accompagnement strictes pour tempérer les effets de l’accord sur les transports avec l’UE et réaliser les buts de l’initiative des Alpes. Une augmentation des contrôles policiers sur les camions, un doublement de la redevance poids lourds forfaitaire et une limitation du nombre des 40 tonnes (t) suisses ont été demandés. Le DETEC a indiqué que ces revendications seraient examinées dans le cadre des mesures d’accompagnement à l’accord. En février, le Conseil fédéral a doublé les taux de la redevance forfaitaire sur le trafic des poids lourds avec effet au 1er janvier 2000.

Les écologistes, ainsi que les organisations de protection de l'environnement, ont d'ailleurs fortement critiqué le traité sur le transit. Selon eux, il ne garantit aucune politique environnementale en matière de transit à long terme. Au contraire, ses dispositions seraient plutôt de nature à favoriser, ou en tout cas à ne pas empêcher, un accroissement du trafic motorisé. En outre, de par sa durée limitée, il pourrait voir la Suisse aux prises avec la construction des nouvelles transversales sans bénéficier de la solidarité de la CE.

Lors du débat au Conseil national, la majorité des groupes s'est prononcée pour l'entrée en matière. Certains (PDC) ont insisté sur la nécessité de préserver l'environnement dans le cadre de ce projet, d'autres (AdI et PL) se sont inquiétés de l'explosion des coûts de la NLFA. Les écologistes, en revanche, ont proposé de ne pas entrer en matière; ils remettaient globalement en cause le phénomène de la mobilité croissante et jugeaient les NLFA absurdes. Les démocrates suisses se sont également prononcés pour le renvoi, estimant que Alptransit était une ingérence de la CE dans la souveraineté helvétique. Les automobilistes ont fait de même, car ils désiraient que Bruxelles prenne en charge les 25 pour cent du financement qui doivent être puisés dans la caisse sur le produit des droits d'entrée sur les carburants. La Chambre a cependant accepté le projet de sa commission. Celui-ci, afin de répondre aux désirs des régions concernées et de pouvoir prendre en compte les contraintes locales, laisse une certaine flexibilité dans la localisation des entrées et sorties des tunnels. De la sorte, les autres revendications (venant notamment de Zurich, du Valais, de Lucerne et du Tessin) n'ont pas été retenues. En outre, de nombreuses propositions ont été rejetées. Ce fut notamment le cas, principalement pour des raisons financières, de celles de certains élus valaisans qui ont repris le projet de leur canton (Y). Il en alla de même de celles des députés alémaniques Biel (adi, ZH) et Luder (udc, BE) qui désiraient renoncer à la construction du tunnel du Lötschberg. Celles dés socialistes et des écologistes, qui visaient à obtenir des garanties supplémentaires en faveur de la protection de l'environnement et à prendre des mesures contraignantes afin de faire passer le trafic de transit de la route au rail, furent également repoussées.