En juin de l’année sous revue, l’Association Transports et Environnement (ATE) a présenté un projet d’initiative populaire fédérale visant à modifier la clé de répartition des recettes des taxes routières, afin que les transports publics en reçoivent la moitié et non plus seulement le quart. Le produit de la vente des vignettes autoroutières resterait acquis à la route, par contre les recettes des autres taxes seraient versées dans un pot commun, puis réparties à raison de 45% pour les transports publics (contre 24% actuellement) et 53% pour les routes (aujourd’hui: 74%). Par cette réallocation de moyens au fonds des transports publics (FTP), l’ATE entend assurer le financement de la réalisation des projets non retenus, faute d’argent, pour la première étape du développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB 1). Le Touring Club Suisse (TCS) a jugé cette initiative scandaleuse et dangereuse, dans la mesure où elle remet en question le financement du fonds d’infrastructure, notamment la part de CHF 5,5 milliards dévolue à l’élimination des goulets d’étranglements. L’initiative, soutenue par le PS, les Verts, Ecologie libérale (VD) et des organisations écologistes, sera formellement lancée début 2009.

Se penchant sur l'initiative Avanti, la CTT-CN a proposé au terme d'un vote serré (14 à 11) un contre-projet qui englobait toutes les revendications d'Avanti (doublement du Gothard et extension à six pistes de l'A1) et allait même plus loin que le texte des milieux routiers. Les membres de la commission y ont en effet intégré le financement du trafic dans les villes et dans les agglomérations que le gouvernement proposait en charge. Et en prime, ils ont ajouté la création d'un fonds routier juridiquement autonome. Celui-ci serait financé par le transfert des recettes des taxes sur les carburants – CHF 3,7 milliards étaient à disposition. Le fonds, limité dans le temps, et ne serait pas soumis au principe du frein à l'endettement. L'idée d'un tel fonds était d'assurer un financement aux travaux prévus. Concernant l'initiative des Alpes, la commission maintenait le texte, mais une exception était faite à l'interdiction d'augmenter la capacité des routes alpines de transit: elle touchait la construction de voies de circulation supplémentaires entre Erstfeld et Airolo (Gothard). Réagissant, la gauche et les associations environnementales ont fait part de leur opposition. Kaspar Villiger en a fait de même quant à un éventuel transfert des taxes de carburant au fonds routier. En votation, le Conseil national a accepté par 94 voix contre 83 et 7 abstentions le contre-projet de la CTT-CN et repoussé l'initiative Avanti. L'UDC, le PRD et le PL ont été les artisans de la victoire du contre-projet, au grand dam du PS et des Verts. Le PDC a tenté de proposer une solution médiane au doublement du Gothard: il demandait de ne pas inscrire le deuxième tunnel directement dans le contre-projet, mais de préciser qu'il fallait quand même en prévoir la planification. Cette proposition a été rejetée par 87 voix contre 37 et 59 abstentions (socialistes et écologistes). Sur le fonds routier, le National a décidé que le solde devra toujours rester positif et qu'aucun versement d'intérêts ne sera prévu en cas d'utilisation d'une partie des montants disponibles à d'autres fins.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.