Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Le DETEC a déposé un recours auprès du Tribunal fédéral (TF) contre une décision du Tribunal administratif de Nidwald. Le DETEC avait fait recours auprès du Tribunal administratif du canton contre la décision du gouvernement de Nidwald d’autoriser la décharge de Cholwald à entreposer des ordures ménagères jusqu’à la fin 2002. Le recours a été rejeté par le Tribunal administratif en juin de l’année sous revue. En faisant recours auprès du TF, le DETEC s’est conformé à la décision de l’exécutif (de 1996) d’interdire la mise en décharge des déchets combustibles à partir de l’an 2000. Le gouvernement du canton du Tessin a également souhaité exploiter ses décharges à ciel ouvert jusqu’à la moitié de 2001, malgré l’interdiction fédérale. Il a demandé au conseiller fédéral Leuenberger un statut d’exception afin d’être autorisé à maintenir ses décharges en attendant la construction de l’usine d’incinération prévue. Le Tessin espère que la nouvelle construction sera terminée à la mi-2001, ce qui n’est pas garanti en raison d’éventuelles oppositions. Le gouvernement tessinois a refusé, d’ici là, à exporter ses déchets vers la Suisse alémanique en raison des coûts supplémentaires estimés à 10 millions de francs (selon l’Office pour la protection des eaux du Tessin). En novembre, l’OFEFP a rappelé, dans un communiqué, que toutes les décharges devaient être fermées à la fin 1999, sans exception aucune. Il a également recommandé de stopper les importations de déchets de l’étranger.