Alors que la Confédération avait repris la main en fin d'année 2020, la gestion de la crise du Covid-19 a continué à créer des remous durant les premiers mois de l'année 2021. Face à l'augmentation du nombre de cas en janvier, les mesures ont été durcies, avec notamment la fermeture des commerces non-essentiels. Dès lors, des tensions sont apparues entre les cantons qui voulaient un allégement des mesures et ceux qui prônaient la prudence.
Le mois de février, caractérisé par les semaines de relâches hivernales et le beau temps en montagne, fût le théâtre de quelques épisodes démontrant l'esprit frondeur de certains gouvernements cantonaux. Mécontents de la fermeture des restaurants et des terrasses sur les pistes de ski, qui obligeait les touristes à se masser aux alentours pour consommer leur repas, les cantons de Schwyz, Obwald, Nidwald, Uri, Glaris et du Tessin ont contrevenu aux directives fédérales en permettant, explicitement ou tacitement, l'ouverture des terrasses. Après avoir tenté sans succès de convaincre le conseiller fédéral en charge de la santé Alain Berset que leur fermeture était contre-productive, ils ont fait marche arrière et se sont conformés à l'obligation.
Néanmoins, cet événement s'inscrivait dans la volonté globale des cantons d'ouvrir plus rapidement que prévu par la Confédération. Dans cette optique, nombre d'entre eux exigèrent dans le courant du mois de février un calendrier de réouverture clair, permettant ainsi aux citoyennes et citoyens ainsi qu'aux commerces et entreprises touchés par les fermetures d'avoir des perspectives à moyen-terme. Ils s'appuyaient alors sur le nombre de cas à la baisse malgré les variants plus contagieux ainsi que l'arrivée des vaccins pour justifier leurs demandes.
Dans ce climat, le fédéralisme a à nouveau fait l'objet de nombreux débats dans la presse. Ses bienfaits ont notamment été reconnus dans le cadre de la stratégie de test de masse. D'abord déployé dans les Grisons, le système a ensuite été étendu dans toute la Suisse – la Confédération ayant décidé d'endosser les coûts des tests. L'objectif était ainsi de repérer les personnes asymptomatiques, responsables selon l'OFSP de plus de la moitié des transmissions du virus. Le «laboratoire» grison permit ainsi de démontrer l'efficacité de cette stratégie. Le nombre de nouvelles infections dans le canton chuta en effet de 73 pour cent dans les semaines suivant l'introduction, selon le Blick.

Un état d'esprit de "Guerre des langues" s’est immiscé dans la sphère de la formation. Alors qu’en 2004, les cantons avaient négocié un compromis sur l’enseignement des langues, de nombreuses interventions cantonales ont mis en difficulté cet accord. A Schaffhouse, le Grand Conseil a accepté une motion qui vise à supprimer le français de l’enseignement primaire. Le canton de Thurgovie lui a emboité le pas avec l’adoption d’une motion similaire. Du côté de Nidwald, le Conseil d’Etat a approuvé une initiative qui entendait évincer le français, avant d’être désapprouvé par son parlement. Puis, finalement, dans les Grisons et à Lucerne, deux initiatives, qui souhaitent qu’une seule langue étrangère soit enseignée à l’école primaire, ont abouti. Si certaines initiatives n’attaquaient pas ouvertement le français, différents politiciens romands ont néanmoins fortement réagi. Le débat s’est rapidement embrasé: les arguments pédagogiques se sont heurtés à l’idée de cohésion nationale. Le ministre de l’Intérieur Alain Berset a été contraint de réagir. Il a indiqué qu’il était prêt à agir si nécessaire, afin de préserver la cohésion nationale et les valeurs culturelles helvétiques. Finalement, la Conférence Suisse des directeurs cantonaux de l’instruction publique (CDIP) a jugé qu’il était inadmissible de ne pas enseigner les langues nationales dès le primaire. De plus, elle a ajouté que les cantons avaient le devoir de faire respecter le compromis de 2004. A travers un vote consultatif, les différentes organisations cantonales d’enseignants ont estimé qu’une seule langue étrangère devait être enseignée au primaire et que cette langue devait être une langue nationale. Puis, Berne, s’est immiscé dans le débat. Deux interpellations de Christian Levrat (ps, FR) et de Raphaël Comte (plr, NE) ont soulevé la question au sein de la chambre des cantons, avant que le Conseil national adopte un postulat de sa Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) qui vise l’établissement d’un programme d’échanges linguistiques au niveau de l’école obligatoire et du secondaire II.